Pure Flix est une société de production cinématographique de films liés au christianisme évangélique. Son siège est situé à Scottsdale, aux États-Unis.
L'unité de Darren Turner, un aumônier de l'armée américaine dont la vie est entièrement consacrée au service de Dieu, est envoyée en Irak . Malgré le désir de rester en contact avec leurs proches, les dures réalités de la guerre pèsent chaque jour sur le déploiement prolongé du bataillon. Lorsqu'il rentre chez lui, Darren retrouve sa femme Heather et ses trois enfants, mais le retour tant attendu des soldats est très différent de ce que prévoyaient leurs familles. Les Turners doivent décider s'ils sont prêts à faire face à une autre bataille: la lutte pour sauver leur mariage.
Après la sortie de prison du révérend David Hill (comme on le voit dans le film précédent), une controverse est suscitée contre l'église St. James de Dave, située sur le campus universitaire. Cela amène le collège à entamer le processus de fermeture de l'église, à la grande consternation de Dave et de sa partenaire Jude. Lorsqu'ils ont été informés de la décision de fermer l'église et de la remplacer par un bâtiment permettant d'agrandir l'école, Dave et Jude ont entamé le processus de poursuite du collège pour sauver St. James. Les choses s'aggravent quand Adam Richertson, étudiant, en signe de protestation, jette une brique dans l'église, allume un feu qui tue Jude et détruit presque l'église. Dave est obligé de s'attaquer à la perte de son cher ami. Adam est horrifié par ses actes et envisage d’avouer le crime, ce qui le conduit à renouer le contact avec sa petite amie sceptique, Keaton.
En 1980, Lee Strobel est journaliste d'investigation athée au Chicago Tribune. La foi chrétienne évangélique nouvelle de sa femme, Leslie, perturbe son mariage. Il entame alors des recherches pour prouver que Jésus-Christ n'a jamais ressuscité...
La professeure d'histoire AP, Grace Wesley, une fervente chrétienne évangélique, remarque que l'une de ses étudiantes, Brooke Thawley, est retirée à la suite du décès accidentel de son frère. Brooke, très impliquée dans ses études, remarque l'attitude remplie d'espoir de Grace et demande où Grace trouve son optimisme. Grace répond "Jésus" et Brooke commence à lire la Bible elle-même. Alors que Grace donne des conférences sur Mahatma Gandhi et Martin Luther King, Jr., Brooke demande si leurs enseignements pacifiques ont un rapport avec le récit biblique du sermon sur la montagne. Grace répond par l'affirmative et relie des parties des Écritures à ses enseignements. Un élève envoie immédiatement un message à ses parents au sujet de la classe et la réaction qui en résulte attise la colère de la directrice Kinney. Elle réprimande Grace en disant que la foi de l'enseignante obscurcissait son jugement. Grace est ensuite traduite devant la commission scolaire, qui l'informe qu'une action en justice sera intentée contre elle car elle a violé la séparation de l'église et de l'État. Le cas de Grace attire l'attention de Tom Endler, un jeune avocat de la défense catholique qui est prêt à l'aider alors qu'il est lui-même un incroyant.
En 1973, Tony Nathan (Caleb Castille), est joueur de football américain avec d'autres élèves dans une équipe d'une école secondaire de Birmingham (Alabama) . Tandy Gerelds, un coach, va essayer de faire baisser les tensions raciales qui se font sentir dans l'équipe. Puis arrive Hank, qui par ses encouragements amènera un vent de changement.
Josh Wheaton (Shane Harper), un étudiant chrétien évangélique, est inscrit dans un cours de philosophie enseigné par le professeur Jeffrey Radisson (Kevin Sorbo). Ce dernier exige que ses étudiants signent une déclaration que « Dieu est mort » pour passer. Josh est le seul étudiant qui refuse de signer. Lui-même athée, Radisson demande à Josh de débattre du sujet avec lui et décide de laisser les membres de la classe décider du gagnant. La petite amie de Josh, Kara, demande à celui-ci soit de signer la déclaration « Dieu est mort » ou de laisser tomber la classe de Radisson, parce que cela mettrait en péril leur avenir académique. Kara rompt avec Josh qui tient à sa foi en Dieu. Radisson donne à Josh vingt minutes à la fin des trois premières sessions de cours pour faire valoir que Dieu existe. Dans la première session, Josh présente son témoignage que Dieu a créé l'univers. Dans la deuxième session, Josh fait valoir que la théorie de l'évolution n'est pas aussi solide que généralement présentée.
Allyson (Sarah Drew), Sondra (Patricia Heaton) et Izzy (Andrea Logan White) sont des mères au foyer qui vivent certaines difficultés. Elles décident de sortir ensemble pour un diner dans un restaurant et laissent leurs maris avec les enfants.
Louis Zamperini revient aux États-Unis, après avoir été emprisonné et torturé par la marine japonaise, lors de la Seconde Guerre mondiale . Après son mariage avec Cynthia Applewhite, il souffre de trouble de stress post-traumatique . Il fait la rencontre de Billy Graham et expérimente une nouvelle naissance .
Un marchand d'art, Ron Hall, rencontre un vagabond dangereux et violent, Denver Moore, et les deux hommes sympathisent très vite. Ron et sa femme Debbie s'attachent rapidement à cet étranger qui les réconciliera jusqu'au jour où Debbie est atteinte d'un cancer.
En 1980, Lee Strobel est journaliste d'investigation athée au Chicago Tribune. La foi chrétienne évangélique nouvelle de sa femme, Leslie, perturbe son mariage. Il entame alors des recherches pour prouver que Jésus-Christ n'a jamais ressuscité...