Le docteur Daniel Jackson est rejeté par la communauté des autres égyptologues en raison de ses théories controversées sur la fonction des pyramides d'Égypte qui seraient des lieux d'atterrissage de vaisseaux spatiaux. Cependant, à la sortie d'une conférence, il est recruté par Catherine Langford pour travailler sur un projet secret de l’armée américaine.
Le lieutenant Sean « Topper » Harley est un pilote de chasse talentueux. Il est cependant complexé par le souvenir de son père qui jadis aurait été responsable de la mort de son coéquipier lors d'une mission aérienne. Retiré du monde dans un village indien, il est recruté par le commandant Block pour une délicate mission au Proche-Orient.
En octobre 1993, en Somalie, la guerre civile provoque une famine dans la population civile. Les forces de l'ONU sont attaquées par une faction dirigée par le général Mohamed Farrah Aidid. Les États-Unis envoient un détachement composé de membres de la Delta Force, des rangers et du 160th Special Operations Aviation Regiment (Airborne) ayant pour mission d'arrêter Aidid. Faute de pouvoir trouver Aidid en personne, l'unité s'en prend à ses lieutenants.
Un soir de tempête de neige, le convoi présidentiel roule depuis Camp David quand la voiture présidentielle dérape lors du passage d'un pont et menace de tomber dans l'eau glacée. Mike Banning, l'agent en chef des services chargé de la protection rapprochée parvient à sortir de la voiture le Président des États-Unis Benjamin Asher. Mais il ne parvient pas à sauver la femme du président, Maggie, qui meurt sous les yeux de leur fils, Connor. Banning est alors muté au département du Trésor, pour éviter au Président de le voir à nouveau.
En 1943, durant la Seconde Guerre mondiale, un avion s'écrase en mer. Huit membres de l'équipage meurent et seulement trois, dont l'athlète olympique américain Louis Zamperini, survivent durant 47 jours sur un canot de sauvetage. Ils sont ensuite capturés par la marine impériale japonaise et envoyés dans un camp de prisonniers de guerre, à Ōmori où ils sont soumis à des travaux forcés.
Ron Kovic, né un 4 juillet, au jour de l'Indépendance, et fervent patriote, est volontaire pour se battre au Viêt Nam. Il en revient paraplégique et remet en question ses valeurs sur la guerre.
1995. Le leader ultra-nationaliste russe, Vladimir Radtchenko, à la tête d'unités dissidentes de l'armée russe, menace l'ordre international en s'emparant d'une base de missiles nucléaires située dans l'est de la Russie.
Trente terroristes, avec à leur tête l'ancien agent de la CIA William « Bill » Strannix, envahissent le cuirassé américain USS Missouri alors que celui-ci fait son dernier voyage de Pearl Harbor vers la Californie où il doit être mis à la retraite. Neutralisant les soldats à bord du navire, les terroristes enferment l'équipage dans la cale avant du bateau, aidés secrètement par le Commandant en second du navire, le commandant Peter Krill. Les terroristes mettent ensuite en place un système pour s’emparer des missiles Tomahawk présents à bord du navire pour les revendre, les chargeant dans un sous-marin auparavant volé à la Corée du Nord.
Le major Vic 'Deak' Deakins (John Travolta) et le capitaine Riley Hale (Christian Slater) sont des pilotes de l'US Air Force. Le film commence par un match de boxe entre les deux où Deakins explique qu'il faut toujours surprendre son adversaire pour gagner. Il emporte le match. Hale qui considère Deakins comme son mentor lui donne le billet correspondant au pari sur le match en lui disant qu'il l'avait volé dans ses affaires.
Pendant la guerre du Viêt Nam, les services secrets militaires américains confient au capitaine Willard la mission de retrouver et d’exécuter le colonel Kurtz dont les méthodes sont jugées « malsaines ». Celui-ci, établi au-delà de la frontière avec le Cambodge, a pris la tête d’un groupe d’indigènes et mène des opérations contre l’ennemi avec une sauvagerie terrifiante.
Marcus, Mike, Matt et Danny sont quatre soldats des SEALs, une unité d'élite de la marine des États-Unis. Ils ont pour mission d'éliminer Ahmad Shah, haut responsable taliban responsable de la mort de vingt militaires de la Navy une semaine plus tôt. Ils se font déposer en hélicoptère et marchent jusqu'aux alentours du village où se trouve la cible.
Après les attentats du 11 septembre 2001, la CIA traque pendant près de dix années Oussama ben Laden, chef du réseau jihadiste Al-Qaïda, avant qu'une équipe des SEAL (principale force spéciale de la marine de guerre des États-Unis) parvienne à l'éliminer, le 2 mai 2011, vers 1 h du matin (heure locale), à Abbottabad (Pakistan), dans le cadre de l'opération Neptune's Spear (« Trident de Neptune »).
Un Navy Seal et un agent de la DEA, tous deux agents infiltrés mais chacun ignorant l'identité de l'autre, travaillent ensemble et dérobent plusieurs millions de dollars des caisses noires de la CIA, attirant beaucoup de monde à leurs trousses.
Le film relate les six premiers mois de la guerre du Pacifique entre le Japon et les États-Unis. Il se focalise du côté américain autour des pilotes du porte-avion USS Enterprise (CV-6) et de l'officier de renseignement Edwin T. Layton.