Le docteur Daniel Jackson est rejeté par la communauté des autres égyptologues en raison de ses théories controversées sur la fonction des pyramides d'Égypte qui seraient des lieux d'atterrissage de vaisseaux spatiaux. Cependant, à la sortie d'une conférence, il est recruté par Catherine Langford pour travailler sur un projet secret de l’armée américaine.
Dans un futur lointain, les pays de la Terre se sont regroupés au sein de la Fédération, un gouvernement mondial. Cette Fédération se lance alors dans la conquête de l’espace. Les terriens colonisent des planètes et explorent de nouveaux systèmes planétaires. Ils entrent également en relation avec des civilisations extraterrestres. Petit à petit, ils se trouvent menacés par l’une d'entre elles, la belliqueuse civilisation des Arachnides. En effet cette race d’insectes géants lance des attaques ponctuelles depuis son système de Klendathu.
Le film se déroule en l’an U.C. 0093, soit cinq ans après Mobile Suit Gundam ZZ et les événements de Neo Zeon. Depuis, l’AEUG a été dissoute et remplacée par Londo Bell. On y retrouve d’ailleurs plusieurs vétérans des séries précédentes comme Bright Noa (le commandant) ou Amuro Ray. De son côté, Char Aznable, l’ancien rival d’Amuro, manœuvre dans l’ombre et, au début de l’histoire, recrée Neo Zeon sur la colonie spatiale Side 3. Son but est cette fois de détruire la Terre afin de forcer l’humanité à coloniser l’espace ; il pense en effet que c’est le seul moyen pour faire évoluer les hommes en « newtype ». Les hostilités ne tardent pas à débuter avec la Fédération et celle-ci est forcée de faire appel à Londo Bell. Mais le conflit tourne très vite à l’avantage de Char et le gouvernement négocie alors en secret la reddition de Neo Zeon en échange de l’astéroïde Axis.
L'action se déroule durant les deux premières saisons de la série Battlestar Galactica mais selon le point de vue cylon. Elle débute quelques heures avant l'attaque des Douze Colonies et continue pendant près de 300 jours après l'attaque. L'histoire est centrée principalement sur deux versions de Cavil (Numéro Un), tout d'abord discutant entre eux à bord d'un vaisseau Résurrection en compagnie des corps en stase des 5 derniers, expliquant que le génocide annoncé des 12 colonies sera une leçon pour ceux-ci. Les deux copies vont alors suivre deux destins séparés. La première version ira sur Picon quelques heures avant le bombardement pour y rencontrer Ellen Tigh. Il survivra avec elle aux bombardements et finira comme aumônier à bord de la flotte, organisant les actions de sabotage et de désorganisation aux autres Cylons infiltrés (la mise en accusation de Gaius Baltar par Shelley Godfrey (Numéro Six), l'attentat kamikaze de la deuxième version de Doral (Numéro 5), la destruction des réserves d'eau et la tentative d'assassinat de William Adama par Boomer, etc. L'autre copie, partie sur Caprica pour y rencontrer Caprica Six afin de finaliser l'attaque générale des Cylons, et qui finira comme prêtre dans la résistance sur Caprica occupée par les Cylons.
En 2416, la guerre entre les humains et les extraterrestres continue de faire rage sur Mars. L'humanité avait commencé a terraformer Mars en 2023, et s'y est installée depuis 2085. Mais en 2376, la planète rouge est attaquée par une race extraterrestre a forte technologie qui se fait appeler Dieux. Ils proclament avoir créer l'humanité et lui avoir assigné la Terre comme seule résidence. La colonisation de Mars n'est pas autorisée et la population humaine sur Mars doit être détruite, à l'image de Sodome. Après 40 ans de guerre, le vaisseau croiseur amphibie Aoba développé en secret est désormais le dernier espoir pour la société humaine martienne. Le capitaine Kanki Akuh a pour mission d'approcher le vaisseau mère alien Hell et de le détruire.