Au large de l'Alaska, l'océanographe Emma MacNeil étudie la migration des baleines à bord d'un sous-marin expérimental, sans la permission de son employeur. Au même moment, un hélicoptère militaire lance un sonar expérimental dans l'eau, ce qui désoriente les baleines qui vont se cogner dans un glacier, qui se rompt, libérant deux monstres préhistoriques pris dans la glace (un requin et une pieuvre géante).
Pendant la Seconde Guerre mondiale, un commando britannique a pour mission de couler le cuirassé allemand, le Tirpitz, réfugié dans un fjord de Norvège.
Le sous-marin HMS Sea Tiger, qui vient juste de rentrer au port, est brusquement rappelé en mer pour une mission spéciale : couler le Brandenburg, un navire de guerre allemand. En route, l'équipage apprend que leur cible a atteint la Baltique, mer sur laquelle de lourds moyens de défense ont été disposés ; au lieu de reculer, le Sea Tiger prend le Brandenburg en chasse. La tension grandit lorsque la cible se rapproche ; arrivés à portée de tir, ils lancent leurs torpilles, mais doivent battre retraite sans savoir si leur attaque a réussi. Bientôt, sous peine de ne plus jamais pouvoir rentrer, ils doivent trouver à se revitailler en carburant alors qu'ils se trouvent toujours dans les eaux ennemies…
Le film se déroule pendant la Seconde Guerre mondiale. Des bateaux remorqueurs sont envoyés en mission dans des eaux dangereuses pour secourir des navires alliés endommagés. Un Américain du nom de David Ross se fait confier par le capitaine du premier remorqueur la clef de l’appartement où vit la séduisante Stella. S’il arrivait quelque malheur au vrai propriétaire de la clef, un membre de l’équipage du remorqueur, Ross pourrait se servir de celle-ci.
L’action se situe à Melbourne en Australie. La Troisième Guerre mondiale a été déclenchée, et l'Australie, le dernier pays survivant, est dans l’attente inexorable d’être atteint à son tour par les mortelles radiations des armes atomiques.
Les habitants de la cité engloutie de Mu, disparue voilà 12000 ans, ont décidé d'investir la surface de la Terre. Ils font enlever la fille du Professeur Shinguji qui avait construit à la fin de la deuxième guerre mondiale, un sous-marin capable d'atteindre les fantastiques profondeurs de leur monde. Un terrible combat pour sauver la race humaine commence à la surface du globe quand les habitants de Mu lancent une fulgurante attaque et sous les eaux, où un gigantesque serpent de mer protège l'entrée de leur royaume...
Manu, pilote surdoué, et Roland, mécano inventif, deux amis à la vie à la mort, férus de sports extrêmes et d'aventures, voient leurs projets tomber à l'eau. Pour se consoler de leurs échecs, ils acceptent de partir à la recherche d'un trésor englouti au large des côtes congolaises, à la suite de l'écrasement d'un avion. Ils emmènent avec eux Laetitia, jeune artiste sculpteur déprimée par une exposition ratée.
Un bateau japonais sillonne l'océan Pacifique. A son bord se trouvent trois scientifiques chargés d'étudier les fonds marins : le commandant de l'expédition, Ken Tashiro, et ses deux assistants, l'américain Perry Lawton et le français Jules Masson. Le trio embarque dans un bathyscaphe. Mais rapidement les ennuis commencent avec la formation d'un volcan au fond de la mer. Les trois hommes sont entraînés dans une faille et perdent connaissance...
En 1868, un monstre mystérieux s'acharne sur les bateaux naviguant dans l'océan Pacifique. Alarmé par ce phénomène, le gouvernement américain arme une frégate. Ned, un fabuleux harponneur, Aronnax, un homme de science et son assistant partent à la recherche du supposé monstre marin...
L'équipage d'un sous-marin allemand sous le commandement du capitaine-lieutenant Liers est de nouveau en mer pendant la Première Guerre mondiale. Les hommes ont eu du mal à dire au revoir à leurs compagnes, mais le devoir les appelle. La mère de Liers a déjà perdu deux fils dans la guerre et redoute sa disparition.