William Turner et Elizabeth Swann sont sur le point de se marier, lorsqu'ils se font arrêter par Cutler Beckett, qui travaille pour la Compagnie britannique des Indes orientales. Ils ont en effet précédemment aidé le capitaine Jack Sparrow, un pirate, à échapper à la peine de mort. En échange de leur libération, William Turner accepte de partir comme émissaire à la recherche de Jack pour proposer un marché : l'amnistie et une lettre de marque pour devenir corsaire en échange de sa boussole. La boussole de Jack a une particularité : elle indique la direction de ce que le porteur désire le plus. Elizabeth arrive à s'échapper de la prison grâce à son père, le Gouverneur, dérobe une lettre de marque, et part à la poursuite de William.
Deux pêcheurs repêchent un vieillard. Amené devant le gouverneur de Cadix en Espagne, celui-ci révèle la position de la fontaine de Jouvence. Les Espagnols appareillent donc en direction de la fontaine. À Londres, le capitaine Jack Sparrow réussit à libérer Joshamee Gibbs, son bras droit, d'un procès où il aurait été certainement condamné à mort. Mais ils sont capturés à nouveau et Jack est conduit devant le roi George. Là, il est accusé de vouloir monter une expédition pour trouver la légendaire fontaine de Jouvence. Un autre personnage entre alors dans la pièce : son rival de toujours, l'impétueux capitaine Hector Barbossa, devenu corsaire du roi et unijambiste après une bataille où le Black Pearl, ancien navire de Jack, fut coulé. Jack s'évade à nouveau et retrouve son père qui lui donne quelques conseils pour retrouver la fontaine : trouver deux calices ayant appartenu à Juan Ponce de León, capitaine espagnol qui chercha la fontaine. Mais Jack ne possède aucun navire.
À Port Royal, la pendaison de plusieurs pirates ou complices de pirates est organisée sur ordre de Lord Cutler Beckett. L'âge de la piraterie touche à sa fin. Au même moment, Elizabeth Swann et le capitaine Hector Barbossa se rendent à Singapour afin de s'entretenir avec Sao Feng, l'un des neuf seigneurs des pirates du Tribunal de la Confrérie et seigneur de la mer de Chine méridionale. Barbossa annonce à Sao Feng qu'il a décidé de réunir les neuf seigneurs des pirates afin de contrer la menace grandissante de la Compagnie britannique des Indes orientales. Le Tribunal ne peut se réunir qu'avec la présence des neuf seigneurs. Or, il en manque un : le capitaine Jack Sparrow, qui, tué par le Kraken, n'a pas eu le temps de transmettre sa pièce de Huit avant de mourir. Barbossa insiste sur le fait qu'il faille ramener Jack du royaume des morts (l'Antre de Davy Jones), sans quoi le Tribunal de la Confrérie ne pourra pas se réunir. Sao Feng reste méfiant envers Barbossa, car il a récemment surpris William Turner dans ses appartements en train de lui voler ses cartes nautiques, qui permettent entre autres de trouver le chemin vers l'au-delà. S'ensuit alors une bataille entre les hommes de Cutler Beckett, qui viennent juste d'investir Singapour, et les pirates de Sao Feng. L'équipage restant du Black Pearl (à savoir Gibbs, Marty, Coton, Pintel et Ragetti, accompagnés de la sorcière vaudou Tia Dalma) se joignent eux aussi au combat. Peu après, les rescapés de Singapour appareillent grâce à Sao Feng, qui a pu leur fournir ses fameuses cartes nautiques, un équipage ainsi qu'une jonque, le Hai Pang. Ils effectuent alors un très long voyage à travers froid, vent et neige afin d'atteindre l'Antre de Davy Jones. Une nuit, ils arrivent finalement au bout du monde , qui se présente comme une immense chute d'eau. Barbossa reconnaît ses eaux mystérieuses puisqu'il en revient et certifie à l'équipage qu'il s'agit du bon chemin. L'équipage du Hai Peng ne peut rien faire, tombe dans l'immense chute d'eau et atterrissent dans l'Antre de Davy Jones.
La quête éternelle du gland de Scrat a des conséquences sur le monde : en allant le chercher au centre de la Terre, il provoque la dislocation des plaques tectoniques et la dérive des continents. Manny et ses amis sont alors séparés d'Ellie et sa fille. Ils se retrouvent à errer dans l'océan sur un morceau de glace. Dans leur périple pour retourner chez eux, ils rencontreront des pirates déterminés à les empêcher de rentrer, parmi lesquels Kira, le futur amour de Diego.
Âgé de 12 ans, le jeune Henry Turner a finalement réussi à trouver la localisation sous-marine du navire de son père : le Hollandais volant. Une nuit, il se faufile hors de chez lui pour aller en mer. Une fois arrivé au dessus de l'endroit précis où le navire est positionné, il se laisse couler avec des rochers et atterrit sur le pont. Le bateau émerge du fond de l'océan et Henry se retrouve nez-à-nez avec son père, Will Turner, et lui annonce qu'il a trouvé un moyen de briser sa malédiction et de le libérer du navire : le trident de Poséidon, capable de contrôler les océans et d'annuler toutes les malédictions maritimes. Bien que touché, Will ne croit pas qu'une telle chose soit possible et ordonne à son fils de ne jamais revenir et de ne pas risquer sa vie. Henry est renvoyé sur la terre ferme mais jure de retrouver le capitaine Jack Sparrow pour qu'il l'aide à sauver son père.
Au milieu du XVIII siècle, le gouverneur Weatherby Swann et sa fille Elizabeth, alors âgée de douze ans, sont en route vers Port Royal (en Jamaïque) à bord de l'Intrépide en compagnie du lieutenant de la Royal Navy James Norrington. Ils rencontrent un naufrage dans lequel ils trouvent un survivant, Will Turner. Il s'agit d'un enfant, qui porte sur lui un médaillon en or. Elizabeth le lui enlève afin que son père ne puisse pas savoir qu'il est en fait un pirate. Elle aperçoit dans le brouillard un navire aux voiles déchirées noires, le Black Pearl.
Grâce à la carte codée envoyée du grand-père de Sean (Josh Hutcherson), Alexander Anderson (Michael Caine), qui indiquait trois auteurs sur des histoires d'îles (voir plus bas), à recréer une unique carte qui indique la position exacte (latitude et longitude) d'une île mythique, dont Jules Verne fait mention dans un de ses romans. Sean et le petit ami de sa mère Élizabeth Anderson (Kristin Davis), Hank Parson (Dwayne Johnson), partent en mission pour retrouver le grand-père, qui aurait disparu sur cette île.
Le temps a passé et Peter Pan a vieilli. Il a épousé Moira, petite-fille de Wendy, avec qui il a eu deux enfants, et est devenu Peter Banning, un avocat d'affaires obsédé par son travail. Il n'a plus le moindre souvenir du Pays Imaginaire ni de son enfance, il est devenu un homme rationnel, pour qui l'histoire de Peter Pan n'est qu'un conte pour enfants. Mais le capitaine Crochet, supposé mort quand Peter quitta le Pays Imaginaire, réapparaît et fait enlever ses enfants. La fée Clochette vient chercher Peter pour l’emmener au Pays imaginaire où il se retrouve nez à nez avec Crochet lui-même.
En avril 2009, un esquif embarquant quatre pirates somaliens, aborde, après une première tentative ratée, le porte-conteneurs américain MV Maersk Alabama qui navigue au large de la corne d'Afrique. L'équipage se cache dans la salle des machines et parvient à rendre le bateau inopérable. Le chef des pirates part à sa recherche mais se fait neutraliser. Cependant, les trois autres pirates à bord détiennent le capitaine. Un marché est alors conclu : les pirates qui ont perdu leur esquif peuvent repartir dans le canot de survie et avec trente mille dollars en liquide. Mais au moment de l'échange du chef des pirates contre le capitaine, ce dernier se fait piéger dans le canot : il est de nouveau pris en otage. Le porte-conteneurs se met à suivre le canot, rejoint plus tard par un navire de la marine de guerre des États-Unis. Les preneurs d'otages espèrent atteindre la côte de la Somalie. Une équipe SEAL (des forces spéciales de la marine américaine) arrive à son tour, et prend la direction de l'opération. Le chef des pirates monte alors sur un navire de la Navy pour négocier. Pendant ce temps, des tireurs d'élite attendent d'avoir la possibilité d'abattre les trois pirates restants en même temps. Lorsque l'occasion se présente, l'ordre de tirer est donné. Les trois pirates s'écroulent, le capitaine est rapatrié sur le navire militaire, le chef des pirates est arrêté.
Peter est un orphelin et se fait enlever, lui et ses amis, au Pays Imaginaire. Mais la vie n'y est pas aussi féerique qu'elle semble le promettre. Il travaillera avec d'autres orphelins de toutes époques, de tous pays, dans une mine pour Barbe Noire à la recherche du « pixom ». Il réussira à s'échapper, et se mettra à la recherche des Fées en espérant qu'elles l'aident à retrouver sa mère.
L'histoire se déroule au XIX siècle, à l'époque victorienne. Le Capitaine Pirate et son équipage doivent affronter leurs ennemis de toujours, Black Bellamy, Hasting Jambe-de-bois et Liz la faucheuse, afin de remporter le prix du pirate de l'année. Mais ils doivent aussi déjouer les plans de la reine Victoria, qui hait les pirates et fait tout pour les faire capturer.
Wendy Darling vit avec ses parents et ses deux frères, John et Michael, à Londres. Peter Pan vient régulièrement écouter les histoires qu'elle narre à ses frères, sans qu'elle le sache. Une nuit, elle se réveille et l'aperçoit, croyant avoir rêvé.
Londres, au début du XX siècle. Le dramaturge J. M. Barrie est en manque d'inspiration. Son mariage ne va pas bien, sa dernière pièce est un désastre et il subit la pression de son producteur. Un jour, alors qu'il est dans le parc avec son chien Porthos, il rencontre Madame Sylvia Llewelyn Davies, qui est veuve, et ses quatre garçons. Une amitié très forte naît entre James, les quatre enfants et leur mère. Mais la grand-mère des enfants ne voit pas cette relation d'un bon œil car James est un homme marié. Leur bonheur disparaît lorsque Sylvia contracte la tuberculose.
Les années ont passé depuis que Peter Pan a dit au revoir à Wendy. Devenue mère de famille, elle vit toujours dans la maison de son enfance, on ne sait ce que sont devenus ses parents ainsi que Jean et Michel, on peut supposer qu'ils ont fait leur vie de leur côté. Elle n'hésite jamais à raconter les aventures de Peter Pan à ses deux enfants Jane et Danny. Le film commence pendant la Seconde Guerre mondiale en 1940 alors que Londres est bombardé par la Luftwaffe. Edouard, le mari de Wendy doit partir pour la guerre, elle se retrouve donc seule avec ses deux enfants et la chienne Nana Junior, la fille de Nana. En raison des bombardements, les enfants sont évacués vers les campagnes et Jane et Danny doivent partir aussi. Wendy demande alors à Jane de raconter les histoires de Peter Pan à Danny, celle-ci refuse en prétextant qu'il s'agit d'enfantillages.
Jim Hawkins est un jeune homme qui rêve d'aventure depuis tout petit. Un jour, un reptile humanoïde gravement blessé atterrit près de l'auberge de sa mère et lui remet un drôle d'objet en forme de sphère avant de mourir. Il est bientôt suivi par une horde de pirates et Jim, sa mère et le docteur Doppler, un client de l'auberge et ami de la famille, sont obligés de s'enfuir. L'auberge est détruite. Jim découvre alors que la sphère est en fait la carte du « Butin de mille univers » du plus célèbre pirate de tous les temps, le Capitaine Nathaniel Flint. Le docteur Doppler décide de monter une expédition pour retrouver cette planète. Arrive le jour du départ. Jim monte en tant que mousse sur le RLS Héritage du Capitaine Amélia; il doit assister le cuisinier, John Silver, un cyborg. Une relation paternelle va se créer entre ces deux personnages, Jim Hawkins comblant le manque affectif causé par l’abandon de son père. Mais Jim va bientôt s'apercevoir que celui-ci est à la tête d'une mutinerie pour récupérer le trésor.