Le jour se lève sur la savane africaine. Les animaux de toutes sorte engagent un périple vers un piton rocheux. C'est le jour de la présentation aux animaux de Simba, fils du roi lion Mufasa et de la reine lionne Sarabi. Mufasa rend ensuite visite à son frère Scar, qui n'est pas venu à la cérémonie. Ce dernier est jaloux de son frère et convoite son trône. Avec les hyènes, il va échafauder un plan pour le débarrasser de son frère et de Simba, pour s'en emparer.
Le très jeune orphelin Mowgli a été découvert dans la jungle par la panthère noire Bagheera. Confié au clan des loups dirigé par Akela, le petit homme a été élevé par la louve Raksha. Quelques années plus tard, une période de sécheresse exceptionnelle oblige les animaux à se retrouver près de l'unique point d'eau, où la trêve de l'eau les empêche d'y attaquer qui que ce soit, jusqu'au retour de la pluie. Là, arrive le redoutable tigre Shere Khan, porteur de cicatrices des hommes, revenu après une longue période de chasse sur un territoire lointain. Considérant Mowgli comme une menace, Shere Khan promet de l'éliminer dès la fin de la trêve. Celle-ci terminée, Mowgli choisit d'abandonner son seul foyer pour éviter le pire à sa famille adoptive et se lance dans un voyage vers le village des hommes, guidé par Bagheera.
La quête éternelle du gland de Scrat a des conséquences sur le monde : en allant le chercher au centre de la Terre, il provoque la dislocation des plaques tectoniques et la dérive des continents. Manny et ses amis sont alors séparés d'Ellie et sa fille. Ils se retrouvent à errer dans l'océan sur un morceau de glace. Dans leur périple pour retourner chez eux, ils rencontreront des pirates déterminés à les empêcher de rentrer, parmi lesquels Kira, le futur amour de Diego.
L'histoire se déroule en Afrique, dans une contrée nommée la Terre des Lions, où les lions dirigent le monde animal du haut du Rocher de la Fierté. Le roi Mufasa et la reine Sarabi, aidés du mandrill Rafiki, chaman et conseiller du royaume, présentent leur nouveau-né Simba aux animaux. Mufasa montre à Simba la Terre des Lions et lui présente les responsabilités qu'engagent la royauté et "l'histoire de la vie", qui connecte tous les êtres vivants. Scar, le frère de Mufasa, convoite le trône et prévoit d'éliminer Mufasa ainsi que Simba afin de devenir roi. Il piège Simba et sa meilleure amie Nala en les guidant vers un cimetière des éléphants, où ils sont attaqués par trois hyènes tachetées, Shenzi, Banzai et Ed, qui sont de mèche avec Scar. Zazu, un calao à bec rouge, majordome de Mufasa, alerte ce dernier qui part sauver les lionceaux. Même s'il est énervé contre Simba pour lui avoir désobéi, Mufasa lui pardonne et explique à Simba que les grands rois du passé les surveillent dans le ciel étoilé, et qu'un jour il les rejoindra pour veiller sur son fils.
Alex le lion, Marty le zèbre, Gloria l'hippopotame et Melman la girafe cherchent toujours désespérément à rentrer chez eux ! Évidemment, le roi des lémuriens, King Julian XIII, son fidèle conseiller Maurice, le petit Morty, les chimpanzés Mason et Phil et les manchots Commandant, Kowalski, Rico et Soldat les suivent dans leurs péripéties… Leurs aventures les mènent en Europe où ils trouvent une couverture idéale : un cirque ambulant, qu'ils vont devoir ré-inventer — façon Madagascar bien sûr. Rentreront-ils chez eux sains et saufs ? Surtout si le capitaine Dubois et toutes les patrouilles de police d'Europe s'en mêlent.
Dix ans ont suffi à la grippe simienne pour décimer une grande partie de l'humanité. Dans les ruines de San Francisco, un groupe de survivants tente de rétablir le contact avec le monde extérieur. Il leur faut pour cela avoir accès à un barrage hydroélectrique, au cœur de la vallée environnante, territoire des singes. Ces derniers, guidés par César, se méfient des hommes. Le fragile équilibre est perturbé et la peur mène inévitablement les deux camps à s'affronter. Parmi les singes, Koba, ivre de vengeance envers les humains, va tout faire pour que l'affrontement entre les singes et les humains commence.
Vingt ans avant les événements du premier film, lord Shen, fils unique du dirigeant du clan des Paons, cherche à maitriser la poudre des feux d’artifices pour en faire une arme redoutable. Sachant par une divinatrice qu’il sera vaincu par un guerrier noir et blanc s'il poursuit sur la mauvaise voie, il ordonne le massacre de tous les villages panda de Chine. Les parents de Shen prennent alors la décision de rejeter leur fils et de l’envoyer en exil pour toujours.
Po est un jeune panda serveur de restaurant où il travaille sous les ordres de M. Ping, son père adoptif. Il est aussi un fan des arts martiaux et idolâtre les Cinq Cyclones, cinq combattants de Kung Fu qui protègent la vallée de la Paix, où il vit. Son rêve est de devenir un combattant aussi incroyable qu'eux, en dépit de sa carrure : il est faible, obèse et maladroit.
Dans le film précédent, Alex le lion, Marty le zèbre, Melman la girafe et Gloria l'hippopotame, assuraient des représentations très populaires au zoo de Central Park, vivant comme des vedettes hollywoodiennes. Attiré par la vie sauvage, Marty le zèbre tenta de s'échapper, ce qui conduisit les autorités à vouloir rendre ces animaux à la vie sauvage, au Kenya. Mais ils échouèrent sur l'île de Madagascar, faisant ainsi la connaissance de la faune indigène composée des sympathiques lémuriens et de leurs féroces prédateurs: les fossas.
Les quatre amis Phil, Alan, Doug et Stu s'envolent vers la Thaïlande pour assister au mariage de ce dernier. Cette fois, Stu ne veut prendre aucun risque : il opte pour un simple brunch d'avant mariage et refuse qu'Alan vienne au mariage, avant que Phil et Doug ne le poussent à le laisser venir.
En 1944, alors que la guerre du Pacifique fait rage, deux pilotes s'écrasent sur une île inconnue. L'un est Américain, l'autre est Japonais. Alors qu'ils s'affrontent sur place, ils sont brusquement interrompus par une gigantesque créature.
Dans les années 1930 à New York lors de la Grande Dépression, Ann Darrow, une jeune comédienne de vaudeville se retrouve au chômage après la fermeture de son théâtre. Parallèlement, un réalisateur ambitieux et mafieux, Carl Denham envisage de tourner un film d'aventure sur une île légendaire située dans l'océan Indien, après être entré en possession d'une carte mentionnant son existence. Mais les producteurs insatisfaits des premières prises de vue et du coût engendré, décident d'annuler la production. Carl décide alors de fuir en volant les bobines de film et charge son jeune assistant Preston, de préparer le départ le soir-même. Mais Preston lui annonce que l'actrice qui devait tenir le rôle a quitté l'équipe au dernier moment. Carl se dépêche alors de trouver une actrice correspondant à ses attentes avant ce soir. Il remarque Ann qui cherchait du travail avant qu'elle ne se fasse surprendre en train de voler une pomme. Carl intervient et lui évite des ennuis. Il lui offre un repas et lui explique qu'il recherche une actrice pour tourner une idylle romantique et aventurière sur un bateau en mentant cependant sur un point, que le film se tournera à Singapour. Au début, Ann refuse mais quand Carl annonce que le scénario sera écrit par Jack Driscoll, un auteur de pièces de théâtre connu qu'Ann admire par-dessus tout, elle accepte le rôle. Le soir, sur le quai où est accosté le navire Venture, Carl presse son commandant le capitaine Englehorn d'appareiller car il sait que des hommes en uniforme vont bientôt l'arrêter. Ann, inquiète, embarque finalement avec le reste de l'équipe, y compris le narcissique Bruce Baxter, le comédien du film. Carl retrouve Jack Driscoll sur le navire pour qu'il lui remette le script mais n'ayant fait qu'une ébauche, insiste pour que Jack l'accompagne pour le tournage. Ce dernier est cependant pressé de partir mais Carl lui annonce qu'il va le payer (chose qu'il ne fait jamais) et fait exprès de s'embrouiller dans les chiffres en rédigeant le chèque alors que le navire est sur le point de larguer les amarres. Jack tente tout de même de quitter le bateau mais trop tard : le Venture a déjà quitté le port au moment même où les producteurs et la police arrivent sur le quai.
Alex le lion, Marty le zèbre, Melman la girafe et Gloria l'hippopotame vivent au Zoo de Central Park, où ils assurent en journée la vedette auprès des visiteurs. Mais Marty, contrairement aux trois autres, rêve de la vie sauvage. Quand Marty parle à quatre manchots (Commandant, Rico, Kowalski et Soldat) qui veulent également s'enfuir du zoo pour la vie sauvage (L'Antarctique pour eux), Marty décide de réaliser son rêve. Plus tard, le soir, alors qu'il fête son anniversaire, Marty parle de son rêve à ses amis qui ne comprennent pas du tout ce choix, heureux de leur vie tranquille au zoo, et surtout d'accord sur le fait qu'il « ne faut mordre la main qui te nourrit ». Alex tente de convaincre Marty de changer d'avis, ce qui semble faire son effet quand Marty dit à Alex que ce rêve n'était qu'une blague.
Dans le monde des Esprits où il a trouvé sa place après sa mort, le Grand Maître Oogway est confronté à Kai, un ancien compagnon d’armes. Kai pourchasse depuis des siècles les maîtres du Kung Fu afin de les vaincre et de s’emparer de leur Chi, les réduisant à l’état de marionnettes de jade. Oogway ne lutte pas et se laisse capturer, assurant à Kai que son rôle n’a jamais été de le battre mais de permettre au Guerrier Dragon de le faire. Étant devenu assez puissant pour le faire, Kai retourne dans le monde des vivants où il constate avec dépit que tout le monde l’a oublié. Kai envoie des zombies de jade dans toutes les directions pour rechercher le Guerrier Dragon.