Po est un jeune panda serveur de restaurant où il travaille sous les ordres de M. Ping, son père adoptif. Il est aussi un fan des arts martiaux et idolâtre les Cinq Cyclones, cinq combattants de Kung Fu qui protègent la vallée de la Paix, où il vit. Son rêve est de devenir un combattant aussi incroyable qu'eux, en dépit de sa carrure : il est faible, obèse et maladroit.
New York subit depuis quelque temps la criminalité causée par le Clan des Foot, dirigé par le terrible Shredder. Ce dernier contrôle toute la ville, de la police jusqu'aux politiques. Quatre Tortues Ninja sortent alors des entrailles de la Terre pour l’affronter. Ces quatre frères pourront compter sur le soutien de la jeune reporter April O'Neil et de son cameraman Vernon Fenwick…
Après son évasion de prison, Shredder s'allie avec le savant fou Baxter Stockman et deux hommes bêtes et costauds, Bebop et Rocksteady. Grâce à un puissant mutagène violet, ces deux derniers sont transformés en monstres ressemblant à un phacochère et un rhinocéros. De leur côté, les Tortues sont toujours aidées par April O'Neil, Vern Fenwick et un nouveau venu, le justicier hockeyeur masqué Casey Jones, pour contrecarrer ses plans. Cependant, ils doivent très vite faire face à une menace encore plus grande : Krang.
Un clan de voleurs silencieux sévit au cœur de New York. En pleine enquête sur ces mystérieux méfaits, la journaliste April O'Neil est sauvée d'une agression par Raphael, l'une des quatre tortues humanoïdes vivant dans les égouts avec Splinter, un rat expert en arts martiaux. Avec l'aide d'April et de Casey Jones, un justicier auto-proclamé aux méthodes douteuses, les tortues Ninja devront affronter le clan d'Oroku Saki alias Shredder, un vieil ennemi de leur maître...
Après avoir battu leur ennemi de toujours, Shredder, Leonardo, Raphael, Donatello et Michelangelo se sont éloignés les uns des autres et ne se parlent plus beaucoup. Leur vieux maître et père adoptif, Splinter essaie tant bien que mal de maintenir leur cohésion. De plus, il sent qu'une menace plane sur New York…
Shredder, toujours vivant, s'empare du fluide radioactif qui transforma jadis les quatre tortues en mutants humanoïdes. Il désire créer de nouvelles créatures féroces qui mettront la ville à feu et à sang. Raphael, Leonardo, Michelangelo et Donatello vont tenter de l'en empêcher avec l'aide de leur amie journaliste April O'Neil, du professeur Perry et de Keno, un jeune livreur de pizza amateur d'arts martiaux.
Samy, une petite tortue, naît sur une plage californienne. Il a beaucoup de mal à atteindre la mer. Il se fait attraper par un oiseau mais va s'en sortir avec Shelly, une autre mignonne tortue et ils tombent amoureux. Puis un ami de Shelly lui dit de partir. Samy partira à sa recherche sur cinquante ans d'un incroyable voyage. C'est en chemin qu'il rencontrera Ray, un bébé tortue luth qui va l'aider à retrouver l'amour de sa vie.
Sammy et Ray sont amis depuis toujours. Les deux tortues de mer vivent paisiblement sur une plage de sable fin. Ils aident les nouveau-nés, Ricky et Ella, à se jeter à l'eau pour la première fois. Mais les braconniers rôdent et cherchent de nouvelles attractions pour un aquarium géant à Dubaï. Capturés et emmenés, Sammy et Ray vont tout faire pour retrouver la liberté.
Au Japon, au XVII siècle. Quatre samouraïs poursuivent le prince Kenshin qui s'est révolté contre son père. Arrêté et emprisonné, Kenshin saisit un sceptre. De nos jours, à New York, la journaliste April O'Neil, est venu offrir à ses amis Leonardo, Donatello, Raphael, Michelangelo et Splinter le même sceptre qu'elle a trouvé chez un antiquaire. Alors qu'elle en lit l'inscription, elle disparaît et Kenshin apparaît à sa place. Les quatre tortues Ninja reviennent au XVII siècle pour délivrer April et aider la princesse Mitsu à résister à l'invasion des troupes du roi Norinaga. Elles seront aidées par un jeune pirate, Whit Whitley, l'ancêtre de Casey Jones…
En mer de Béring, une petite île est la proie d’étranges oiseaux carnivores se nourrissant de ses habitants. Lorsque l’un de ces "Gyaos" subit une mutation physique au contact de la matière radioactive, la situation dégénère. Tokyo se retrouve alors la proie de la créature gigantesque qui cherche un nouveau territoire de chasse. Face à cette menace, le gouvernement va devoir se résoudre à s’allier avec le prédateur ancestral de l’oiseau : le Gamera. Mais une alliance est-elle vraiment possible ?
Trois ans ont passé depuis l'attaque de la Légion et le monde est de nouveau tourmenté par des attaques de Gyaos. Les monstres volants réapparaissent en nombre croissant à travers le monde. Ce troisième volet de la série consacrée au monstre géant Gamera voit celui-ci confronté à l'éveil d'Iris, qui revèlera au monde sa véritable nature.
Un météore s’écrase au Japon, déversant des centaines de créatures arachnides extraterrestres dans Tokyo. L’armée, impuissante face à un tel phénomène, tente de résister autant que possible à l’envahisseur. Mais alors que la panique s’installe, et que ces créatures semblent vouloir installer leur...
La tortue Manuelita part en voyage en ballon, mais son ballon est détourné de son chemin. Parvenue à Paris, elle y tombe amoureux d'une jeune tortue mâle.
Dans un petit village de pêcheurs, un jeune graçon découvre un oeuf. Naît alors une petite tortue qui n'est pas comme les autres, c'est un Gamera : un animal aux grands pouvoirs qui ne cesse de grandir. Alors que sa famille adoptive tente de le protéger contre la société, une nouvelle menace fait son apparition. Le jeune Gamera pourra-t-il sauver le village ?
Momo, une petite fille, vit une vie paisible avec ses amis. Mais lorsque d'étranges hommes en gris arrivent en ville et proposent aux habitants de placer leur temps en épargne à la Banque du Temps pour l'utiliser plus tard, une étrange frénésie s'empare de la cité, obsédée par l'idée de ne plus gaspiller la moindre seconde. Pour déjouer les plans des Hommes en gris, qui utilisent le temps des habitants sans jamais le leur rendre, Momo doit partir à la recherche du professeur Secundus Minutus Hora et de la tortue Cassiopée.