Le film s'inspire partiellement de la rébellion de Satsuma en 1877, une rébellion de samouraïs dirigée par Takamori Saigō contre l'armée impériale japonaise, et de l'histoire de Jules Brunet, un officier français qui démissionna de l'armée française par fidélité envers le dernier shogun Tokugawa Yoshinobu qui avait précédemment passé un traité d'amitié avec Napoléon III.
Sept ans après L'Affrontement final, Logan, l’éternel guerrier marginal, vit reclus dans les montagnes et fait difficilement le deuil de Jean Grey. Sur invitation donnée par Yukio, une mutante capable de lire l'avenir et de voir la mort des autres, il se rend au Japon où Yashida, un ancien officier japonais dont il a sauvé la vie en 1945 lors du bombardement de Nagasaki désormais mourant, lui propose un marché : en échange de sa capacité à guérir, il s'engage à le rendre mortel. Logan refuse.
Au cours d'une cérémonie de mariage en plein désert, un commando fait irruption dans la chapelle et tire sur les convives. Laissée pour morte, la Mariée enceinte retrouve ses esprits après un coma de quatre ans. Celle qui a auparavant exercé les fonctions de tueuse à gages au sein du Détachement International des Vipères Assassines n'a alors plus qu'une seule idée en tête : venger la mort de ses proches en éliminant tous les membres de l'organisation criminelle, dont leur chef Bill qu'elle se réserve pour la fin.
Après s'être débarrassée de ses anciennes collègues Vernita Green et O-Ren Ishii, la Mariée poursuit sa quête vengeresse. Il lui reste à régler le sort de Budd puis de Elle Driver avant d'atteindre le but ultime : tuer Bill.
Dans le Japon féodal, Kai est un enfant non désiré issu d'une relation entre une paysanne japonaise et un marin anglais. Il est abandonné dans la forêt des tengu, des démons obscurs. Ceux-ci lui apprennent « l'art de tuer » et l'élèvent jusqu'à ce qu'il décide de s'enfuir et que le daimyo de la province d'Ako, Naganori Asano, le recueille.
En 1586, à l'époque Sengoku, dans un Japon médiéval ravagé par des guerres civiles, les paysans sont fréquemment opprimés par des brigands qui les rançonnent. Une troupe de bandits à cheval s'apprête à attaquer un village mais décide de reporter l'attaque en attendant la prochaine récolte. Un des paysans, Yohei, a surpris la discussion et court aussitôt avertir les autres villageois. Ces derniers sont effondrés, à l'exception de Rikichi, qui essaie de trouver une solution. Ils finissent par consulter Gisaku, l'Ancien du village, qui, à la surprise de tous, rejoint l'avis de Rikichi et conseille d'engager des samouraïs pour défendre le village.
Après avoir participé à la guerre du Bakumatsu, Kenshin Himura erre dans la campagne japonaise, connu sous le surnom de Battosai, offrant aide et protection aux personnes dans le besoin pour expier les meurtres qu'il a commis.
Alors que la chute du Shogun plonge le pays dans le chaos, un assassin au service du gouvernement trahi par sa hiérarchie fomente une insurrection. Armé de son sabre à lame inversée, Kenshin prend part au combat que livrent les forces de police pour empêcher le despote de brûler Kyoto.
Au Japon, au XVII siècle. Quatre samouraïs poursuivent le prince Kenshin qui s'est révolté contre son père. Arrêté et emprisonné, Kenshin saisit un sceptre. De nos jours, à New York, la journaliste April O'Neil, est venu offrir à ses amis Leonardo, Donatello, Raphael, Michelangelo et Splinter le même sceptre qu'elle a trouvé chez un antiquaire. Alors qu'elle en lit l'inscription, elle disparaît et Kenshin apparaît à sa place. Les quatre tortues Ninja reviennent au XVII siècle pour délivrer April et aider la princesse Mitsu à résister à l'invasion des troupes du roi Norinaga. Elles seront aidées par un jeune pirate, Whit Whitley, l'ancêtre de Casey Jones…
Dans un flash-back, Hiko Seijūrō découvre un jeune Shinta en train de creuser des tombes pour les bandits et les esclavagistes tués au combat. Shinta explique que toutes les personnes ne sont que des corps après la mort. Hiko décide de prendre Shinta comme élève et le nomme "Kenshin". Ce dernier se réveille chez Maître Hiko et demande si son ami (Kaoru) a également été tué. Il est inconscient depuis trois jours et son maître lui dit que son ami est probablement mort. Kenshin demande à connaître la dernière technique Hiten Mitsurugi, "Amakakeru Ryu no Hirameki", afin de vaincre Shishio Makoto et d'empêcher son assaut. Hiko accepte et les deux se lancent dans un duel pour commencer son entraînement.
Dans le Japon des samouraïs, Zatoïchi est un voyageur aveugle, dont les yeux restent fermés, qui gagne sa vie en tant que joueur professionnel et masseur. Mais son handicap dissimule un guerrier stupéfiant dont l'extrême précision et la rapidité au sabre font de lui, un combattant de kenjutsu hors pair. Au fil de ses pérégrinations, Zatoïchi arrive dans un village sous la coupe d'un chef local, Ginzo, qui fait régner la terreur en se débarrassant de quiconque osera se dresser sur son chemin, par l'intermédiaire d'un redoutable samouraï rōnin, Hattori. Zatoïchi rencontre dans un bar deux geishas aussi belles que dangereuses, qui se rendent de ville en ville pour rechercher le meurtrier de leurs parents. Leur seul indice est un nom : Kuchinawa. Alors que les hommes de main de Ginzo découvrent Zatoïchi, le combat s'engage et la légendaire canne-épée de celui-ci entre en action.
Au XVI siècle, dans un Japon ravagé par la guerre, le vieux daimyo Hidetora Ichimonji décide de céder le contrôle de son fief à ses trois fils, Taro, Jiro et Saburo, afin de finir ses jours heureux et en paix. Mais les dissensions entre les trois frères plongent rapidement leurs familles, leurs foyers et la région dans le chaos.
Dans l'État du New Jersey, plus précisément dans la ville de Jersey City, un tueur à gages afro-américain vit selon les préceptes du Hagakure, code d'honneur des samouraïs du Japon médiéval. Il vit seul, très simplement, en nourrissant ses pigeons, se faisant appeler « Ghost Dog », littéralement en français « chien fantôme » ou « chien invisible ». Son sauveur à la suite d'un incident survenu huit ans auparavant, qu'il considère comme son « Maître », fait partie de la mafia italienne locale. Quand la fille du « Parrain » devient le témoin d'un des contrats de « Ghost Dog », celui-ci semble alors bien gênant pour les mafieux qui décident de s'en débarrasser au plus vite.
A retired samurai must redeem himself for a crime that he committed earlier in his life. A squire is sent by the prime minister of Japan to keep watch over him.