Trois ans après les événements du premier film, Elsa commence à entendre une étrange voix venant du nord qui l’appelle. Réveillant d'anciens esprits nordiques, le royaume d'Arendelle se retrouve en danger.
Les Minions sont des petites créatures jaunes qui existent depuis la nuit des temps, ils sont l'évolution d'organismes unicellulaires jaunes qui n'ont qu'un seul but : servir les méchants les plus ambitieux de l'histoire. Après que leur stupidité a détruit tous leurs maîtres, dont un tyrannosaure Rex (tombé dans un volcan), un pharaon (écrasé sous une pyramide avec tout son peuple), Napoléon (ayant reçu un coup de canon) ou encore Dracula (exposé à la lumière du soleil), ils décident de s'isoler du monde et de commencer une nouvelle vie en Arctique. Une éternité après, en 1968, l'absence d'un maître les pousse dans la dépression. Kevin, Stuart et Bob (et Tim, son ourson en peluche) se mettent alors en quête d'un nouveau méchant. Ils se rendent à New York et, grâce à la famille Nelson, assistent à une convention de méchants, la Foire du Mal. Ils sont alors en concurrence pour le droit d'être les hommes de main de Scarlet Overkill, une méchante élégante et ambitieuse devenue la première femme super-méchante, déterminée à dominer le monde.
Woody, Buzz et les anciens jouets d'Andy sont désormais la propriété de Bonnie, une petite fille qui s'apprête à passer son premier jour en école maternelle. Woody n'est plus parmi les jouets préférés mais continue de s'assurer du bonheur de sa maitresse. Il se glisse ainsi dans le sac à dos de la fillette et la voit, lors de son premier jour, se fabriquer un jouet à partir d'une fourchette en plastique. Le jouet s'anime, prend le nom de Fourchette, mais a pleinement conscience d'être fait à partir de déchets. Woody passe donc le plus clair de son temps à sortir Fourchette des poubelles où il veut se jeter.
Andy entre à l'université à 17 ans, et cela fait des années qu'il n'a pas touché à ses jouets, dont le groupe a été très réduit à cause de dons durant son adolescence. Même les soldats verts, les trois restants, s'enfuient, pensant que leur devoir d'égayer Andy a été accompli. Il les range dans un sachet poubelle sauf Woody qu'il veut emmener à l'université. Il s'apprête à les ranger, mais Molly fait tomber un jouet parmi d'autres destinés à Sunnyside, une garderie. Il l'aide, mais l'échelle du plafond se replie et la mère tombe sur le sachet. Elle l'emmène près des poubelles, et les jouets s'en vont à temps, mais Woody qui les a retrouvés après avoir voulu les sauver les voit entrer dans la voiture de la mère qui veut emmener des jouets à la garderie. Il tente de les convaincre de sortir de là, mais le coffre est refermé. Woody est persuadé que ses amis le supplieront de rentrer une fois entrés. Ils arrivent dans la garderie en question, et la boite est placée dans la salle à jouets. Ils sortent accidentellement du carton, et les jouets déjà là les accueillent chaleureusement. Chacun se présente à tous, et là, un ours en peluche rose appelé Lotso arrive. Il explique que, dans cet endroit, ils ne seront jamais délaissés. Les enfants, lorsqu'ils grandissent, amènent d'autres enfants et ainsi de suite. Puis, il appelle Ken, qui présente la salle. Il fait le tour du coin, et c'est à la fin qu'ils voient leur pièce à eux : la salle des chenilles (la salle de Lotso et des autres étant celle des papillons). Ken et Barbie, un des ex-jouets de Molly, se déclarent leurs sentiments et seule Barbie échappe à la destinée terrifiante qui les attend. En effet, Ken l'emmène avec lui. Lotso et son assistant Big Baby laissent les jouets dans la salle. Woody avoue que c'est un endroit magnifique. Il décide cependant de partir, laissant même Pile-Poil qui voulait l'accompagner. Il sort par la porte, passe par les toilettes et monte sur le toit, avant de trouver un cerf-volant auquel il s'accroche. Il s'envole, mais le vent joue contre lui, l'amenant dans un arbre, où Bonnie, une petite fille, le trouve. Il a perdu son chapeau sur l'herbe en dessous de l'arbre, et c'est sans lui qu'il est emmené.
William Turner et Elizabeth Swann sont sur le point de se marier, lorsqu'ils se font arrêter par Cutler Beckett, qui travaille pour la Compagnie britannique des Indes orientales. Ils ont en effet précédemment aidé le capitaine Jack Sparrow, un pirate, à échapper à la peine de mort. En échange de leur libération, William Turner accepte de partir comme émissaire à la recherche de Jack pour proposer un marché : l'amnistie et une lettre de marque pour devenir corsaire en échange de sa boussole. La boussole de Jack a une particularité : elle indique la direction de ce que le porteur désire le plus. Elizabeth arrive à s'échapper de la prison grâce à son père, le Gouverneur, dérobe une lettre de marque, et part à la poursuite de William.
Deux pêcheurs repêchent un vieillard. Amené devant le gouverneur de Cadix en Espagne, celui-ci révèle la position de la fontaine de Jouvence. Les Espagnols appareillent donc en direction de la fontaine. À Londres, le capitaine Jack Sparrow réussit à libérer Joshamee Gibbs, son bras droit, d'un procès où il aurait été certainement condamné à mort. Mais ils sont capturés à nouveau et Jack est conduit devant le roi George. Là, il est accusé de vouloir monter une expédition pour trouver la légendaire fontaine de Jouvence. Un autre personnage entre alors dans la pièce : son rival de toujours, l'impétueux capitaine Hector Barbossa, devenu corsaire du roi et unijambiste après une bataille où le Black Pearl, ancien navire de Jack, fut coulé. Jack s'évade à nouveau et retrouve son père qui lui donne quelques conseils pour retrouver la fontaine : trouver deux calices ayant appartenu à Juan Ponce de León, capitaine espagnol qui chercha la fontaine. Mais Jack ne possède aucun navire.
Dans les années 1980, Balthazar Bratt est le jeune héros de la série à grand succès Evil Bratt. En 1990, après qu'il a été victime d'une poussée de puberté, la série s'arrête brutalement. Jurant de se venger, il devient dans les années 2010 un criminel extrêmement dangereux.
Dory, un poisson chirurgien bleu, est séparée de ses parents alors qu'elle n'est encore qu'une enfant. En grandissant, Dory les cherche en vain, puis les oublie à cause de ses troubles de la mémoire immédiate. Dans un flashback du Monde de Nemo, elle rencontre accidentellement Marin, un poisson-clown qui cherche son fils Nemo.
Zootopie est une ville cosmopolite où ne vivent que des mammifères et où chaque espèce cohabite avec les autres ; qu’on soit un prédateur ou une proie, tout le monde est accepté à Zootopie. Judy Hopps est une lapine de 9 ans qui vit à la campagne avec ses parents. Alors que tous les membres de sa famille sont cultivateurs, Judy annonce pendant son spectacle d'école qu'elle veut vivre à Zootopie la grande métropole et devenir officier de police, ce qui affole ses parents qui estiment ce métier trop dangereux pour un lapin. En sortant du spectacle, Judy intervient en voyant Gideon Grey, un renard voyou, en train de racketter ses camarades. Gideon réagit violemment, griffant Judy à la joue, et se moque de son rêve de devenir lapin flic avant de s'en aller. Judy en sort traumatisée, mais encore plus déterminée à combattre le crime.
En 1996, un père trouve une boîte d'un jeu de société : Jumanji sur une plage (voir le film de 1995) et la ramène à son fils. Comme l'adolescent délaisse le jeu au profit de sa console, Jumanji se transforme en une console de jeu vidéo. Le jeune homme lance une partie et disparaît.
À Port Royal, la pendaison de plusieurs pirates ou complices de pirates est organisée sur ordre de Lord Cutler Beckett. L'âge de la piraterie touche à sa fin. Au même moment, Elizabeth Swann et le capitaine Hector Barbossa se rendent à Singapour afin de s'entretenir avec Sao Feng, l'un des neuf seigneurs des pirates du Tribunal de la Confrérie et seigneur de la mer de Chine méridionale. Barbossa annonce à Sao Feng qu'il a décidé de réunir les neuf seigneurs des pirates afin de contrer la menace grandissante de la Compagnie britannique des Indes orientales. Le Tribunal ne peut se réunir qu'avec la présence des neuf seigneurs. Or, il en manque un : le capitaine Jack Sparrow, qui, tué par le Kraken, n'a pas eu le temps de transmettre sa pièce de Huit avant de mourir. Barbossa insiste sur le fait qu'il faille ramener Jack du royaume des morts (l'Antre de Davy Jones), sans quoi le Tribunal de la Confrérie ne pourra pas se réunir. Sao Feng reste méfiant envers Barbossa, car il a récemment surpris William Turner dans ses appartements en train de lui voler ses cartes nautiques, qui permettent entre autres de trouver le chemin vers l'au-delà. S'ensuit alors une bataille entre les hommes de Cutler Beckett, qui viennent juste d'investir Singapour, et les pirates de Sao Feng. L'équipage restant du Black Pearl (à savoir Gibbs, Marty, Coton, Pintel et Ragetti, accompagnés de la sorcière vaudou Tia Dalma) se joignent eux aussi au combat. Peu après, les rescapés de Singapour appareillent grâce à Sao Feng, qui a pu leur fournir ses fameuses cartes nautiques, un équipage ainsi qu'une jonque, le Hai Pang. Ils effectuent alors un très long voyage à travers froid, vent et neige afin d'atteindre l'Antre de Davy Jones. Une nuit, ils arrivent finalement au bout du monde , qui se présente comme une immense chute d'eau. Barbossa reconnaît ses eaux mystérieuses puisqu'il en revient et certifie à l'équipage qu'il s'agit du bon chemin. L'équipage du Hai Peng ne peut rien faire, tombe dans l'immense chute d'eau et atterrissent dans l'Antre de Davy Jones.
Après la mort de sa compagne Corail et du reste de la couvée à la suite de l'attaque d'un barracuda, le poisson-clown Marin doit prendre soin de son fils unique, Nemo, handicapé par une nageoire atrophiée. Lors de son premier jour d'école, Marin, inquiet, décide de le suivre à l'occasion d'une sortie scolaire. Afin de prouver sa valeur à ses copains, Nemo décide de nager jusqu'à la surface pour toucher un mystérieux bateau. C'est alors qu'il se fait enlever par un plongeur.