Le très jeune orphelin Mowgli a été découvert dans la jungle par la panthère noire Bagheera. Confié au clan des loups dirigé par Akela, le petit homme a été élevé par la louve Raksha. Quelques années plus tard, une période de sécheresse exceptionnelle oblige les animaux à se retrouver près de l'unique point d'eau, où la trêve de l'eau les empêche d'y attaquer qui que ce soit, jusqu'au retour de la pluie. Là, arrive le redoutable tigre Shere Khan, porteur de cicatrices des hommes, revenu après une longue période de chasse sur un territoire lointain. Considérant Mowgli comme une menace, Shere Khan promet de l'éliminer dès la fin de la trêve. Celle-ci terminée, Mowgli choisit d'abandonner son seul foyer pour éviter le pire à sa famille adoptive et se lance dans un voyage vers le village des hommes, guidé par Bagheera.
Vingt ans avant les événements du premier film, lord Shen, fils unique du dirigeant du clan des Paons, cherche à maitriser la poudre des feux d’artifices pour en faire une arme redoutable. Sachant par une divinatrice qu’il sera vaincu par un guerrier noir et blanc s'il poursuit sur la mauvaise voie, il ordonne le massacre de tous les villages panda de Chine. Les parents de Shen prennent alors la décision de rejeter leur fils et de l’envoyer en exil pour toujours.
Po est un jeune panda serveur de restaurant où il travaille sous les ordres de M. Ping, son père adoptif. Il est aussi un fan des arts martiaux et idolâtre les Cinq Cyclones, cinq combattants de Kung Fu qui protègent la vallée de la Paix, où il vit. Son rêve est de devenir un combattant aussi incroyable qu'eux, en dépit de sa carrure : il est faible, obèse et maladroit.
Au Canada, l'écrivain Yann Martel écoute les confessions d'un Indien qui lui raconte l'histoire extraordinaire qu'il a vécue lorsqu'il était adolescent. Cet homme se nomme Piscine Molitor Patel (d'après la piscine Molitor) et est le fils du directeur d'un parc zoologique à Pondichéry. Durant son enfance, Piscine, qui était le souffre-douleur de son école à cause de son prénom, a décidé de se présenter comme étant « Pi ». Sa famille, ne pouvant plus tenir le zoo, décide de déménager au Canada et de vendre leurs animaux. Pour ce faire, ils embarquent à bord d'un cargo pour traverser l'océan Pacifique, mais celui-ci fait naufrage. Pi se retrouve à la dérive dans l'océan à bord d'un canot de sauvetage accompagné d'un zèbre, d'une hyène, d'un orang-outan, d'un rat et d'un tigre du Bengale appelé Richard Parker. La hyène, agressive, tue le zèbre, puis l'orang-outan. À son réveil, le tigre tue la hyène. Seul à bord avec Richard Parker, Pi va tout faire pour essayer de survivre et maintenir une bonne entente avec l'animal.
Dans le monde des Esprits où il a trouvé sa place après sa mort, le Grand Maître Oogway est confronté à Kai, un ancien compagnon d’armes. Kai pourchasse depuis des siècles les maîtres du Kung Fu afin de les vaincre et de s’emparer de leur Chi, les réduisant à l’état de marionnettes de jade. Oogway ne lutte pas et se laisse capturer, assurant à Kai que son rôle n’a jamais été de le battre mais de permettre au Guerrier Dragon de le faire. Étant devenu assez puissant pour le faire, Kai retourne dans le monde des vivants où il constate avec dépit que tout le monde l’a oublié. Kai envoie des zombies de jade dans toutes les directions pour rechercher le Guerrier Dragon.
Jafar, le vizir royal de la ville fictive d'Agrabah, en Arabie, près du Jourdain, et son perroquet Iago, cherchent une lampe magique cachée dans la Caverne aux Merveilles. Ils apprennent qu'une seule personne est digne d'y entrer : « le diamant d'innocence », qui se révèle être Aladdin, un jeune homme orphelin qui vit en volant de la nourriture aux marchands des souks. La princesse Jasmine d'Agrabah, contrainte par la loi à devoir épouser un prince plutôt qu'un homme qu'elle aime, s'échappe du palais et rencontre Aladdin ainsi que son singe de compagnie, Abu. Les gardes du palais capturent Aladdin sous les ordres de Jafar. Jasmine fait alors face à Jafar et demande à ce qu'on libère Aladdin, mais Jafar ment et lui annonce qu'Aladdin a été exécuté par décapitation.
Un jour, la panthère noire Bagheera trouve un bébé abandonné dans un panier au fin fond de la jungle indienne. Bagheera s'empresse d'apporter le bébé à une louve qui vient d'avoir des petits et qui accepte de l'élever. Pendant dix ans, le « petit d'homme » baptisé Mowgli grandit paisiblement parmi ses frères louveteaux. Mais une nuit, la meute de loups apprend le retour dans la jungle du tigre mangeur d'hommes Shere Khan. Pour protéger Mowgli, le conseil de la meute décide de le renvoyer au village humain le plus proche, Bagheera acceptant de l'escorter. La panthère et l'enfant quittent les loups le soir même, mais l'enfant refuse de partir de la jungle. Le chemin restant à parcourir étant long, ils s'endorment dans un arbre pour le reste de la nuit. Durant leur sommeil, un python affamé, nommé Kaa surgit, hypnotise Mowgli et l'enserre dans ses anneaux. Le serpent tente de dévorer l'enfant mais Bagheera intervient et le sauve.
Mowgli vit dans le village des hommes depuis quelque temps et même s'il aime beaucoup sa nouvelle famille, son ami Baloo lui manque. Quand le jeune garçon veut jouer avec les autres enfants aux jeux qu'il a appris dans la jungle, le danger qu'il leur fait courir alerte son nouveau père adoptif. Celui-ci se fâche et lui défend de quitter le village. Malheureux, Mowgli se glisse discrètement au-dehors avec l'aide de ce bon vieux Baloo. Mais le garçon ignore que sa nouvelle amie, une petite fille nommée Shanti, s'inquiète pour lui. Surmontant sa peur, celle-ci se lance à sa poursuite dans la jungle avec l'aide du petit frère adoptif de Mowgli nommé Ranjan.
Dans les années 1920 en Indochine, dans les forêts du Nord du Cambodge, deux jeunes frères tigres naissent loin de toute civilisation, dans les ruines d'un temple khmer à la splendeur passée.
Mowgli, un petit garçon de 5 ans, est retrouvé et élevé par une famille de loups, après s'être perdu dans la jungle lors d'une attaque de tigre (qui a tué son père) au village des hommes. Durant son enfance, il découvre la vie avec ses amis l'ours Baloo et la panthère Bagheera. Quinze ans plus tard, Mowgli a 20 ans et vit encore dans la jungle. Le roi Louie l'orang-outan vole le bracelet de Mowgli ; il ne lui rendra que s'il réussit à vaincre Kaa le python molurus. Mowgli réussit à le vaincre et à le blesser avec une dague qu'il a trouvée dans le trésor des singes.
Tigrou décide de trouver sa famille avec l'aide de Petit Gourou. Étant donné que ses recherches ne mènent à rien et qu'il désespère de la trouver, ses amis, pour lui faire plaisir, écrivent une lettre qu'ils signent comme émanant de sa famille. Tigrou, certain de la véracité de la lettre, organise une réunion de famille où Winnie, Porcinet, Bourriquet, Maman Gourou, Petit Gourou et Maître Hibou viennent déguisés en tigre. Quand Tigrou découvre la supercherie, il part furieux à la recherche de sa "vraie parenté" avant de constater que ses amis sont sa famille.
Winnie l'ourson évoque une invention, un jeu de course qui consiste pour chaque joueur à lancer un bâton en amont d'un pont et de voir lequel arrive le premier de l'autre côté. Winnie marchait vers un pont de bois où il a l'habitude de ne rien faire de particulier. Ce jour là, il avait trouvé une pomme de pin et l'avait ramassée. Cherchant une rime avec « pomme de pin », il a trébuché accidentellement sur une racine d'arbre et était tombé dans la rivière. Constatant que le courant emportait la pomme de pin sous le pont, il eut l'idée d'utiliser des bâtons pour faire un jeu de course et lui donna un nom.
L’architecte Henri Mercier se rend à Eschnapur (ville imaginaire, le film ayant été tourné à Udaipur - loin du Bengale), à l’invitation du maharadjah Chandra qui souhaite faire des travaux dans son palais. En chemin, il sauve une danseuse, Seetha, des griffes d’un tigre. Ils ne tardent pas à tomber amoureux l’un de l’autre. Seetha se rend elle aussi auprès du maharadjah, pour lequel elle exécute une danse dans le temple de la déesse Kali.
Un an a passé depuis les événements du premier film. Aladdin et Abu se sont installés au palais avec la princesse Jasmine et son père le sultan. Toujours en quête d'aventure, Aladdin interrompt le vol d'un groupe criminel dirigé par Abis Mal, prenant alors leur butin et le remettant au peuple d'Agrabah. Pendant ce temps, dans le désert, Iago s'échappe de la lampe de Jafar et, épuisé du comportement de son maître, refuse de le libérer. Il jette alors la lampe dans un puits et retourne à Agrabah, espérant pouvoir se rapprocher d'Aladdin et retourner au palais. Pendant une confrontation entre Iago, Aladdin et Abu, les trois personnages sont attaqués par Abis Mal et ses hommes, et Iago sauve accidentellement la vie d'Aladdin. En gage de sa gratitude, Aladdin permet à Iago de rester au palais, promettant de parler au sultan afin qu'il accepte.