Vingt ans avant les événements du premier film, lord Shen, fils unique du dirigeant du clan des Paons, cherche à maitriser la poudre des feux d’artifices pour en faire une arme redoutable. Sachant par une divinatrice qu’il sera vaincu par un guerrier noir et blanc s'il poursuit sur la mauvaise voie, il ordonne le massacre de tous les villages panda de Chine. Les parents de Shen prennent alors la décision de rejeter leur fils et de l’envoyer en exil pour toujours.
Po est un jeune panda serveur de restaurant où il travaille sous les ordres de M. Ping, son père adoptif. Il est aussi un fan des arts martiaux et idolâtre les Cinq Cyclones, cinq combattants de Kung Fu qui protègent la vallée de la Paix, où il vit. Son rêve est de devenir un combattant aussi incroyable qu'eux, en dépit de sa carrure : il est faible, obèse et maladroit.
Dans le monde des Esprits où il a trouvé sa place après sa mort, le Grand Maître Oogway est confronté à Kai, un ancien compagnon d’armes. Kai pourchasse depuis des siècles les maîtres du Kung Fu afin de les vaincre et de s’emparer de leur Chi, les réduisant à l’état de marionnettes de jade. Oogway ne lutte pas et se laisse capturer, assurant à Kai que son rôle n’a jamais été de le battre mais de permettre au Guerrier Dragon de le faire. Étant devenu assez puissant pour le faire, Kai retourne dans le monde des vivants où il constate avec dépit que tout le monde l’a oublié. Kai envoie des zombies de jade dans toutes les directions pour rechercher le Guerrier Dragon.
Ryan Tyler est un jeune garçon américain âgé de 10 ans dont le père, Michael Tyler, est zoologue et travaille en Chine dans une réserve naturelle où vivent de nombreux pandas géants. Un jour, Ryan est invité par son père à le rejoindre en Chine. Là, il aide son père à sauver un bébé panda des griffes de trafiquants sans scrupules et à protéger la réserve naturelle contre les appétits des hommes d'affaires.
Un bébé tigre échappé d'un cirque de passage s'introduit dans la maison de Mimiko en son absence et s'installe chez eux. Mais les propriétaires du cirque sont à sa recherche, et sa mère y est par ailleurs toujours enfermée.
Pancada est un panda qui travaille comme concierge au Bear Bar Box, un bar spécialisé dans les présentations de combats. Le plus grand rêve de Stinger est de devenir une célèbre danseuse de la danse moderne, mais son patron, M. Polaris, préoccupé par la situation locale en raison de méchant Freak Teddy constante gagne dans le ring qui ne plaisait au public, décide de se déguiser pour vaincre, mais tout le monde pense qu'il est le knockdown par son déguisement pour le faire ressembler à un panda. Dans ce Punch devient célèbre par erreur et décide d'assumer cette volonté de se battre pour elle-même.