Oscar est un bébé chimpanzé qui vit avec sa mère, cette dernière l'élève amoureusement dans une forêt équatoriale. Au sein du clan, il apprend les règles de vie, mais aussi les besoins essentiels. La nourriture notamment...Le groupe de singes s'aventure un peu plus dans la forêt, jusqu'à atteindre les terres d'un clan rival. Ces intrusions ne plaisent pas aux habitants des lieux, et bientôt une guerre fratricide se déclare. Pendant ce conflit, toujours violent, la mère d'Oscar est portée disparue.
Un primatologue : Ethan Powell (Anthony Hopkins), alors exilé au Rwanda pour une étude sur un groupe de gorilles, se retrouve prisonnier là-bas, pour le meurtre de deux officiers rwandais. Lors de son transfert dans une prison fédérale des États-Unis, à son arrivée à l'aéroport, il agresse deux officiers de police le surveillant.
L'engin spatial américain Icare, parti en 1972 avec à son bord quatre membres d'équipage, traverse l'espace à une vitesse proche de la vitesse de la lumière. Au terme d'un voyage de dix-huit mois, le vaisseau s'écrase le 25 novembre 3978 en temps terrestre, sur une mystérieuse planète, au cœur d'une région désertique.
Lors d'un vol de routine pour l'US Navy, le lieutenant Robin Crusoe est contraint de déclencher l'éjection automatique de son F-8 Crusader au-dessus de l'océan Pacifique. Il dérive plusieurs jours et plusieurs nuits dans son canot de sauvetage avant d'échouer sur une île inhabitée. Il se construit un abri, fabrique des habits avec les matériaux disponibles et part à la découverte de l'île. Il découvre un sous-marin de la marine impériale japonaise abandonné et un chimpanzé astronaute nommé Floyd.
Ayant perdu le contact avec l'équipage du vaisseau Icare du Capitaine Taylor, la NASA lance une mission de secours, composée de deux astronautes : le capitaine Donovan Maddox et le lieutenant John Brent. Suivant le même itinéraire que George Taylor et son équipage, les deux hommes s'écrasent à leur tour sur la planète des singes. Unique survivant du crash, Brent découvre avec l'aide de Nova que ce monde, en plus d'être gouverné par les singes, abrite également une communauté de mutants humains télépathes. Ces derniers, qui vouent un culte à la bombe atomique, ont élu domicile dans ce que les singes nomment la "zone interdite", qui n'est autre que New York en ruines.
Virgil, chimpanzé d'Afrique, est vendu à l'Université du Wisconsin où Teri McDonald lui apprend les bases de la langue des signes. Le projet est interrompu brutalement et Virgil se retrouve comme bien d'autres singes, dans la base de Lockridge. Jimmy Garrett, jeune pilote commet une grave infraction et se trouve muté dans la même base.
Les réalisateurs de Chimpanzés nous entraînent cette fois dans les ruines d'un ancien temple en Asie du Sud où vivent les Macaques à toque, une espèce de singes ayant une hiérarchie sociale des plus strictes. La vie peut s'avérer belle, la nourriture abondante et la sécurité assurée si tant est que l'on soit né au plus haut de l'échelle sociale. Mais pour ce nouveau-né et sa mère, la lutte est quotidienne. Il leur faudra beaucoup d'ingéniosité, de travail et un peu de chance pour espérer changer leur place dans le monde.
Eva, une petite fille de 9 ans, voudrait avoir un animal de compagnie, mais sa mère pense qu'elle n'est pas assez responsable et son beau-père est allergique. Elle ne peut le garder non plus chez son père qui est pilote de ligne. Un jour, Eva trouve un singe capucin qui s'est échappé de chez son maitre qui le maltraitait; elle l'appelle Dodger et décide de le garder en cachette.
Godzilla est libéré accidentellement d'un iceberg par un sous-marin nucléaire et se dirige vers Tokyo. Une expédition découvre l'île de Faro où vit une tribu indigène vénérant le dieu Kong. Après de nombreuses péripéties, l'expédition ramène King Kong au Japon mais il réussit à s'échapper. Il se met à détruire Tokyo. Les militaires construisent un barrage de pylônes électriques à haute tension mais il résiste, car il absorbe l'électricité. Il est donc invulnérable. De son côté, Godzilla reste indestructible mais montre une vulnérabilité à l'électricité. Les autorités dépassées décident d'opposer les deux monstres. Ils capturent King Kong et l'amènent au mont Fuji où se trouve Godzilla. Les deux monstres s'affrontent. King Kong subit les attaques de Godzilla jusqu'à ce que, lors d'un orage, la foudre lui redonne la force de combattre. Il électrocute Godzilla qui tombe et disparaît sous les flots tandis que King Kong retourne vers son île, Faro. Finalement, Godzilla se relèvera des flots et se dirigera vers Tokyo.
Pour échapper à l'anéantissement de la Terre, le Docteur Milo, Zira et Cornélius s'échappent à bord de la navette spatiale du Capitaine Taylor. Ils se retrouvent alors sur Terre... en 1973 ! Les militaires venus à leur rencontre pensent tout d'abord qu'ils sont les astronautes Taylors, Dodge et Landon, revenus de leur voyage spatial, mais découvrent vite la vérité lorsque les trois protagonistes retirent leur casque. Les militaires décident de les cacher quelque temps au public dans un zoo.
Dans les années vingt, Gertrude Lintz a transformé sa maison en véritable arche de Noe. Autour d'elle, s'ébattent singes, oiseaux, chevaux, chats, le tout dans une harmonie seulement troublée par les faceties de chacun. Lorsqu'un jour, Gertrude recueille un bébé gorille promis a une mort certaine, sa vie et celle de toute la maison va s'en trouver à jamais changée.
Dans les années 1930, le réalisateur Carl Denham envisage de tourner un film sur la mystérieuse « Skull Island » (l'île du Crâne) après être entré en possession d'une carte mentionnant son existence au large de Sumatra. Après avoir embauché à New York une jeune femme au chômage, Ann Darrow, Denham embarque avec son équipe sur le navire SS Venture commandé par le capitaine Englehorn, qui fait route vers l'Océan Indien. Durant le voyage, Ann tombe amoureuse du second de l'équipage, Jack Driscoll.
1991 (18 ans après les évènements du précédent film). Après qu'un virus a tué les chiens et les chats, les singes sont devenus les nouveaux animaux domestiques des hommes. Cependant, ces singes sont désormais utilisés également comme esclaves. Élevé à l'écart de tout ça par Armando pendant une vingtaine d'années, Cæsar, fils de Zira et Cornélius, découvre le traitement infligé à ses semblables. Alors qu'Armando est arrêté par les autorités pour se suicider après pour protéger Milo, ce dernier se réfugie avec les autres singes. Il commence alors à leur apprendre le partage, la réflexion et surtout un besoin vital de révolte.
Amérique du Nord, en 2670 après J-C, soit 600 ans environ après les événements du dernier opus. Le film commence par un orang-outang philosophe racontant l'histoire qui suit au spectateur.