À la suite d'un crash d'avion, George alors enfant est recueilli par les animaux de la jungle. Adulte, il devient le roi de celle-ci entouré de ses amis : un gorille nommé 'Singe' et des autres, Tookie le toucan et Shep l'éléphant qui se prend pour un chien.
En Afrique de l'Est, des chercheurs travaillant pour la société de satellites TraviCom sont attaqués par de mystérieux agresseurs après avoir découverts des diamants dans les ruines d'une cité perdue. Le directeur Travis envoie alors son meilleur élément, Karen Ross, pour récupérer les pierres.
Mowgli vit dans le village des hommes depuis quelque temps et même s'il aime beaucoup sa nouvelle famille, son ami Baloo lui manque. Quand le jeune garçon veut jouer avec les autres enfants aux jeux qu'il a appris dans la jungle, le danger qu'il leur fait courir alerte son nouveau père adoptif. Celui-ci se fâche et lui défend de quitter le village. Malheureux, Mowgli se glisse discrètement au-dehors avec l'aide de ce bon vieux Baloo. Mais le garçon ignore que sa nouvelle amie, une petite fille nommée Shanti, s'inquiète pour lui. Surmontant sa peur, celle-ci se lance à sa poursuite dans la jungle avec l'aide du petit frère adoptif de Mowgli nommé Ranjan.
Un adolescent américain, Jason Tripitikas (Michael Angarano), est fan de cinéma hongkongais et des classiques de Kung-fu. S'il connaît tout du Kung-fu, il ne le pratique pas. Un soir, agressé par une bande de voyous, il fait ouvrir la porte du magasin de Chinatown où il achète ses films. Le vieux commerçant chinois est blessé par balle par le chef de la bande. Avant que Jason ne s'enfuie, menacé à son tour par le voyou, le vieil homme lui confie la mission de restituer un bâton en fer somptueusement sculpté (bô) à son propriétaire. Arrivé sur le toit de l'immeuble, il se sent soudain entraîné par l'arme ; propulsé dans le vide, il se retrouve dans un autre lieu, un autre temps.
Dans les années 1970, la société Petrox envoie Fred Wilson (Charles Grodin) à la recherche de la mystérieuse « île du Crâne » (Skull Island), qui contiendrait un gisement de pétrole important. Le professeur Jack Prescott (Jeff Bridges), persuadé que l'île renferme un monstre préhistorique, s'infiltre à bord du navire mais est rapidement démasqué. Wilson décide néanmoins de le garder comme photographe de l’expédition. Durant le voyage, l'équipage sauve une naufragée, Dwan (Jessica Lange), qui tombe bientôt amoureuse de Jack.
Philo Beddoe est en prise avec des gangsters qui l'obligent à remonter sur le ring pour un combat de boxe contre Jack Wilson. Son ami Clyde, l'orang-outang, adore déféquer sur le siège conducteur des voitures de police, ce que lui reproche sans cesse Philo Beddoe. Clyde adore aussi boire sa bière au saloon en écoutant de la musique country.
Et voici que Babe, l'unique représentant de la race porcine à savoir conduire un troupeau de moutons, précipite par maladresse le brave M. Hoggett au fond du puits. Le malheureux est désormais immobilisé et M Hoggett se dépense sans compter pour soigner son époux et assurer la marche de la maison. Malgré ses soins, la ferme périclite et la banque la menace d'une saisie. La paysanne décide alors d'engager Babe dans une nouvelle compétition qui leur rapportera l'argent indispensable. Rassemblant tout leur courage, Babe et sa maîtresse partent pour la ville.
Ham3, petit-fils de Ham (le premier hominidé à aller dans l'espace en 1961), est singe canon dans un cirque, secondé de Houston, un autre singe savant, ancien ami du grand Père de Ham3 qui a promis à ce dernier de veiller sur son petit-fils… sauf que Ham3 est très immature… ce qui transforme toujours ses prestations de haut vols en numéro de clown…
En 1967, une étudiante du Kentucky, Dian Fossey, est engagée par l'anthropologue Louis Leakey pour étudier et recenser des gorilles des montagnes à la frontière du Rwanda et de la République démocratique du Congo. De plus en plus fascinée par ces animaux, elle décide de se consacrer à temps plein à leur étude et à leur défense et s'installe près de leur habitat avec son fidèle second, Sembagare. Un journaliste de National Geographic, Bob Campbell, est envoyé par son employeur pour la photographier au milieu des gorilles. Le couple tombe bientôt amoureux, mais Dian préfère laisser tomber son histoire d'amour plutôt que de s'éloigner de ses animaux qu'elle chérit de plus en plus.
Mowgli, un petit garçon de 5 ans, est retrouvé et élevé par une famille de loups, après s'être perdu dans la jungle lors d'une attaque de tigre (qui a tué son père) au village des hommes. Durant son enfance, il découvre la vie avec ses amis l'ours Baloo et la panthère Bagheera. Quinze ans plus tard, Mowgli a 20 ans et vit encore dans la jungle. Le roi Louie l'orang-outan vole le bracelet de Mowgli ; il ne lui rendra que s'il réussit à vaincre Kaa le python molurus. Mowgli réussit à le vaincre et à le blesser avec une dague qu'il a trouvée dans le trésor des singes.
Jill Young (Charlize Theron), enfant, a été témoin de la mort de la mère de Joe, un bébé singe, des mains du braconnier Andrei Strasser (Rade Šerbedžija). Ce dernier y perd deux doigts par la faute de Joe. Douze années plus tard, Jill élève Joe parce que les autres gorilles ne l'acceptent pas, étant donné sa taille exceptionnellement grande, et vivent en parfaite harmonie jusqu'à ce que Gregg O'Hara (Bill Paxton), directeur d'un refuge animalier, ne convainque Jill qu'ils seraient davantage protégés des braconniers s'ils venaient aux États-Unis.
XIX siècle. Jack Clayton et son épouse Alice, comte et comtesse de Greystoke, quittent l'Angleterre à destination de l'Afrique. Mais à la suite d'un naufrage, le couple est condamné à survivre dans une jungle hostile éloignée de toute civilisation. Alors qu'Alice meurt de la malaria quelques mois après la naissance de leur fils John, Jack est tué par un grand singe. Une guenon, qui vient de perdre son petit, recueille l'enfant des Greystoke.
Ce film commence au temps des dinosaures avec la tombée d'une météorite sur l'actuel continent africain, qui provoqua l'extinction des dinosaures. Des centaines de milliers d'années plus tard, John Greystoke le PDG de la société Greystoke Energy, sa femme, leur fils et l'explorateur Jim Porter recherchent en plein cœur de la jungle africaine la fameuse météorite censée contenir une immense énergie inépuisable.