Sur une île du Pacifique Sud, à la fin du XIX siècle, Sophie et Nathanaël se marient. Durant la cérémonie, des pirates viennent enlever la mariée, laissant derrière eux un carnage. Nathanaël, avec l'aide du capitaine Bully Hayes, partira à l'aventure pour sauver sa belle.
En 1672. Perdus au beau milieu de l'Atlantique sur un radeau de fortune après le naufrage de leur navire, le capitaine Red et son comparse La Grenouille sont recueillis par un galion espagnol, le Neptune, commandé par Don Alfonso Felipe Salamanca de la Torré. Immédiatement enfermés à fond de cale, ils découvrent dans les soutes du navire un trône en or massif du roi Inca Capatec Hanahuac : le capitaine Red ne pense plus qu'à une chose, s'en emparer ! Il fomente donc une mutinerie dans l'équipage en convainquant les marins des mauvais traitements que leur font subir leurs officiers et réussit à s'emparer du galion.
Au XVIII siècle, Brian Hawke, un officier de la marine britannique, reçoit mission de s'infiltrer dans un groupe de pirates opérant à Madagascar. Soupçonné, il échappe à la mort grâce à une belle pirate, Prudence Stevens.
En s'emparant d'un navire anglais, l'équipage du Sheba Queen, un vaisseau pirate découvre dans ses cales un prisonnier. Amené devant le redoutable capitaine Anne Providence, Pierre François La Rochelle explique qu'il était le capitaine du Mary O'Brien, un bateau corsaire battant pavillon français jusqu'à sa capture par les Britanniques. Le capitaine Providence décide de l'épargner et l'engage comme navigateur. Elle ordonne alors de prendre le cap de Nassau, où le butin sera partagé.
Alexandre.B et Briss.O sont deux poupées de chiffon frères, qui vivent avec d'autres jouets dans la chambre de Boutrou. Lors de l'anniversaire de cette dernière, elle reçoit une poupée Jumeau, Babette. Un pirate vivant dans une boule à neige décide de l'enlever pour en faire son épouse, et ils disparaissent. Alexandre.B et Bryss.O décident de partir au secours de Babette.
Le capitaine Boll, commandant à bord d'un voilier, est à la recherche d'un trésor dans les parages de Java. Ayant eu vent qu'une esclave en connait l'emplacement, il l'achète. Mais il se retrouve très vite aux prises avec un pirate, Saint-Ebenezer, qui écume cet endroit. À cette époque, le volcan Krakatoa commence à entrer en éruption...
Au XVII siècle, la mer des Caraïbes est infestée de pirates. Sir Henry Morgan, pirate repenti, a reçu pour mission du roi d'Angleterre de nettoyer la région des pirates. Il poursuit le célèbre et cruel Barbe-Noire qui écume les mers. Edward Maynard, aventurier, est chargé par le gouverneur de la Jamaïque de démasquer Morgan, soupçonné d'être toujours de mèche avec les pirates et de vouloir s'emparer de l'île de la Jamaïque.
Le Comte Dakkar, un scientifique et dirigeant bénévole qui a ôté toute distinction de classe sociale parmi les habitants de l'île, gouverne sur une île volcanique proche du royaume Hetvia. Dakkar, sa fille Sonia et son fiancé, l'ingénieur Nicolai Roget, ont dessiné un sous-marin que Roget pilote. Jusqu'au jour où l'île est envahie par le Baron Falon, gouverneur despotique d'Hetvia. Falon poursuit Roget dans un second sous-marin. Les deux équipages découvrent sous les fonds de l'océan un étrange pays peuplé de dragons, de calamars géants et d'une étrange race humanoïde encore inconnue.
Billy Bones, avant de mourir, donne au jeune Jim Hawkins une carte où est indiqué la position d'un trésor. Il se met en route pour trouver ce trésor mais le pirate Long John Silver convoite également le butin.
Une institutrice amène sa classe visiter le fort colonial Real Felipe dans le port péruvien de Callao. Alberto, 9 ans, pousse sa curiosité en explorant des recoins interdits et tombe par accident dans une faille temporelle. Il se retrouve alors au XVII siècle, au moment où le pirate Jacques L'Hermite s'apprête à attaquer Callao. Il y rencontre aussi Urpi, une jeune Indienne.
Un enfant, Frédéric, avait été placé en apprentissage auprès d'une bande de pirates au bon cœur. Son sens aigu du devoir le pousse à rester fidèle à ces pirates jusqu'à la fin de son apprentissage, à 21 ans, alors que sa morale réprouve ce mode de vie. À 21 ans, libéré de ses obligations, il les quitte, se jurant de les exterminer en rédemption de tous les mauvais actes qu'il avait été amené à accomplir à leurs côtés. Mais le chef des pirates découvre une ambigüité dans le contrat d'apprentissage de Frédéric : celui-ci précise qu'il doit rester en apprentissage jusqu'à son 21e anniversaire et non jusqu'à ses 21 ans. La différence est de taille pour Frédéric, vu que celui-ci est né un 29 février, ce qui le pousse à rester au service des pirates 63 ans de plus…
1797. Le boucanier Peyrol, porteur d'un message pour l'amiral de la flotte, force une fois de plus le blocus de la flotte anglaise au large de Toulon. Mais un commissaire du peuple, Dussard, l'accuse bientôt d'avoir dérobé un chargement d'or. Peyrol parvient à s'échapper et trouve refuge dans une ferme côtière isolée, où vivent Arlette, jeune femme instable, et sa tante Catherine.
Au début du XVIII° siècle, le capitaine Barclay a vu sa femme et sa fille kidnappées par un infâme planteur, Andrew MacAllister. Celui-ci, qui a vendu la femme comme esclave, élève la fille, Christine, comme la sienne, au cœur d'une île imprenable. Vingt ans plus tard, le capitaine Barclay, devenu un redoutable flibustier, décide de se venger.