Après un accident d'hydravion, quelques membres d'équipage et les passagers abordent sur une île. Ils vont bientôt se rendre compte que cette île est le site d'un essai nucléaire qui doit se produire dans quelques heures.
Mike Di Donato, un Italo-Americain au passé mystérieux, mène une vie solitaire dans une ile anonyme des mers tropicales en compagnie de Juanita, une femme de l'endroit. Connu par les villageois comme « le chasseur de requins » à cause de sa pratique insolite d'autosuffisance alimentaire, la chasse aux très dangereux prédateurs marins, dont sa compagne tire de petits objets destinés au marché local.
Caine est un trafiquant d'armes en fuite après une transaction ratée au Soudan. Il trouve refuge à Port Soudan proche de la mer Rouge. En cherchant un moyen de quitter l'île, il rencontre un couple de scientifiques américains, le professeur Mallare et sa partenaire Anna, qui lui proposent de les rejoindre pour une expédition maritime. Séduit par Anna, il accepte de devenir leur troisième coéquipier et surtout leur plongeur. Ils lui expliquent que l'ancien plongeur, un certain Mohamed, s'est fait dévorer par un requin. Anna lui fait croire qu'il doit plonger dans des eaux infestées de requins pour des recherches scientifiques mais Caine comprend très vite qu'elle et Mallare ne sont que deux chasseurs de trésors.
Un homme apprend accidentellement qu'il a un lien mystique avec les requins et reçoit un étrange médaillon d'un chaman. S'éloignant de plus en plus de la société normale, il développe une capacité à communiquer avec les requins par télépathie, cherchant à détruire quiconque fait du mal aux requins. Les gens entrent dans son monde étrange pour exploiter sa passion étrange, et il utilise les animaux pour se venger de quiconque le double.
Pendant ses vacances sur la côte mexicaine, l'homme d'affaires Hugo Stiglitz noue une amitié avec le professeur de natation local Andrés García et les deux chasseurs de requins - lorsqu'ils ne sont pas occupés à chasser les femmes. De si belles dames que Susan George, Priscilla Barnes et Fiona Lewis tombent sans effort dans leurs bras, mais un vicieux requin tigre («tintorera» en espagnol) est plus problématique.
Un groupe de plongeurs tente de mettre la main sur une fortune en diamants qui repose au fond de l'océan. Malheureusement pour eux, l'épave qui contient le trésor est gardée par une meute de grands requins blancs qui ne font pas de quartier parmi les plongeurs. Quelques années plus tard, le seul survivant du groupe, Jimmy, est devenu responsable de la sécurité des plages d'une ville de Californie.
Un corps affreusement mutilé a été retrouvé. Le médecin légiste reste très perplexe face au corps trouvé. En fait bientôt ils vont découvrir qu'ils sont face à un vrai fossile vivant, victime de manipulation génétique. Le monstre est doté de l'intelligence du dauphin, l'agressivité du requin blanc, la force d'une pieuvre géante et obéit aux ordres d'un savant fou...
Alors qu'un ovni s'écrase dans la mer, il déclenche un phénomène peu commun : un champ d'impulsions magnétiques qui mènent les requins dans une terrible frénésie....
Le Méga Shark revient mais il va devoir faire face à un crocodile géant : le Crocosaurus. Attaquant beaucoup d'humains, les deux monstres se battent en duel. L'amiral Calvin et l'agent Hutchinson décident alors d'envoyer le lieutenant Terry McKormick et le chasseur Nigel Putman mettre un terme aux attaques des deux monstres.