Un savant et son équipe étudient le comportement des dauphins : le scientifique élève un jeune dauphin et réussit à lui enseigner des rudiments d'anglais. La communication entre cet animal doué de raison et l'homme s'engage. C'est à la fois une fascinante réflexion sur le dialogue entre l'homme et la nature, un hymne à ces animaux extraordinaires que sont les dauphins, mais aussi une réflexion sur l'influence de l'homme, la guerre, l'écologie.
Ce film est une évocation du personnage d'Achab issu du roman d'Herman Melville : Moby Dick. Dans ce film, Achab est amoureux de Louise. L'image du corps de cette femme, objet de son désir, le hante jusque dans ses rêves, y devenant représentation du fantasme de la baleine.
Alice et Julius font partie de l'équipage d'un bateau de chasse à la baleine. Ils doivent non seulement lutter avec une baleine mais aussi avec un cuisinier au caractère difficile.
Mickey, Donald et Dingo sont des chasseurs de baleines. Donald cherche en vain une baleine et n'en trouve pas. Il sort alors un casse-croûte, qui risque d'être chapardé par de nombreux oiseaux. De son côté, Mickey essaye de vider un seau d'eau, mais l'eau revient toujours dans le seau. Donald remarque finalement une baleine. Dingo essaye de la harponner plusieurs fois, mais n'y arrive pas et prend une ancre comme harpon, qui avec sa corde, emporte Dingo. Le harpon arrive dans la glace. Dingo est au-dessus de la baleine, retenu par sa botte. Donald court à son secours, mais trop tard. Dingo tombe dans la baleine. Donald se retrouve le bec coincé dans la botte.
Kirra Cooper se voit contre son gré obligée de quitter l'Australie pour rejoindre son grand-père en Afrique du Sud. Là-bas, elle découvre un bébé orque, échoué dans un lagon proche du parc d’attraction de son grand-père. Elle le nomme “Willy” et décide d’aider l'orque à retrouver son groupe. Cependant, un rival de son grand-père veut capturer l'animal pour en faire un spectacle très lucratif dans son parc concurrent.
C'est le triste destin d'une baleine, chanteuse d'opéra, depuis sa découverte dans les mers jusqu'à sa chute le succès passé, qui tombe sous les coups de harpons d'hommes bien mal intentionnés.
1969, 80 km dans les eaux soviétiques. Le sous-marin USS Acushnet est en mission de reconnaissance quand il se fait attaquer par Moby Dick, une baleine de 150 mètres de long tout droit sortie de la préhistoire. Deux survivants sont connus: Boomer et son ami John Achab, qui fut le premier à détecter le monstre. L'attaque laissera des séquelles, Boomer ayant perdu l'usage de sa main droite, et Achab ayant perdu sa jambe. 40 ans plus tard, le Commandant Achab, aux commandes du dernier-né de la classe Virginia, l'USS Pequod, dont il a supervisé les modifications, décide de prendre sa revanche. Cessant toute communications avec l'Amiral De Deers, Chef d'état-major de la Troisième Flotte américaine — qui envoie Boomer, devenu Capitaine, pour l'arrêter — il poursuit Moby Dick à la trace de ses attaques et force une biologiste, le Docteur Michelle Herman, et son assistant, Pip, à l'aider à la retrouver afin de mettre un terme définitif à ses attaques…