En 1907, une équipe d'aventuriers menée et financée par Sir Anthony Ross part à la découverte d'une île non répertoriée dans le grand nord polaire. Pour sir Antony Ross, le but de cette expédition est de retrouver son fils disparu lors d'une précédente expédition. Pour cela, ils vont utiliser l'Hyperion, un ballon dirigeable conçu par le capitaine Brieux.
Jacques Mayol et Enzo Molinari se connaissent depuis l'enfance, dans les années 1960. Ils ont grandi ensemble en Grèce et partagent depuis toujours leur passion pour la mer. Mais à la suite de l'accident au cours d'une plongée et du décès de son père, Jacques revient en France. Vingt ans ont passé, mais la rivalité entre les deux hommes existe toujours. Le championnat du monde d'apnée No Limit à Taormina en Sicile à la fin des années 1980 est l'occasion pour les deux hommes de se retrouver et d'explorer un monde que personne ne connaît mieux qu'eux.
Jesse est maintenant devenu un adolescent, tandis que l'orque Willy a fondé sa propre bande et coule des jours heureux dans le Pacifique, le long de la côte nord-ouest américaine. Menacé par des chasseurs, Willy pourra une fois encore compter sur l'amitié de Jesse et l'aide de Max, le fils de l'un de ces chasseurs pour échapper aux dangers qui planent sur lui et sa bande.
Le documentaire se concentre sur la captivité de l'orque Tilikum, responsable de la mort de trois personnes, et des conséquences de la captivité sur ces cétacés.
Le film suit les pérégrinations de Ric O'Barry, ancien dresseur de dauphins devenu activiste, qui enquête sur la chasse au dauphin à Taiji (Wakayama) au Japon.
Alyssa, une jeune fille de 14 ans, a perdu sa mère. Elle vit depuis un an chez sa grand-mère mais est envoyée chez son père Hawk, dont elle ignorait l'existence. Ce dernier est un chercheur et s'occupe d'une réserve naturelle de dauphins dans les Bahamas. L'arrivée d'Alyssa tombe on ne peut plus mal pour celui-ci : il doit défendre son centre de recherche contre des politiciens véreux voulant faire un parc d'attractions touristique, et a quelques difficultés à communiquer avec sa fille.
C'est l'histoire de Nishi, un râté amoureux de son amie d'enfance. Après une rencontre avec la mafia japonaise, Nishi fait un aller-retour au paradis avant de se retrouver piégé dans un endroit plus invraisemblable encore.
En arrivant à Mingan, sur la Côte-Nord du Saint-Laurent, un couple de visiteurs aperçoit une jeune fille flottant sur la mer. Croyant venir à son secours, ils découvrent que Daphné, 24 ans, est en train d’enregistrer le chant des baleines pour un spectacle. Daphné connaît une relation exceptionnelle avec les baleines et les dauphins qu’elle comprend bien grâce à son ouïe très développée. Mais sa vie risque de basculer quand son grand-père prend la décision de vendre l’auberge du bord de mer.
Pour la suite du monde traite de la vie des habitants de l'Isle-aux-Coudres et de leur traditionnelle pêche au « marsouin » (le nom local pour désigner le béluga). Les cinéastes ont amené les personnages du film à reconstituer une véritable chasse au marsouin, abandonnée depuis 1924, en mobilisant toutes les générations. Les évènements qui se déroulent dans le film sont donc à la fois joués (bien que chaque séquence n'est tournée qu'une seule fois) et vécus.
Dans le sud du Sahara, près d'un village dévasté par la famine et la pénurie d'eau potable, une petite fille revient chez elle avec son seau d'eau. Mais par accident elle renverse le seau, dont la précieuse eau se répand sur le sol. Il lui semble alors voir apparaître en l'air l'œil d'une gigantesque créature, une baleine. En versant pour elle la dernière goutte d'eau, la créature prend forme et sillonne le ciel, redonnant vie au paysage qui verdit et se repeuple d'animaux. La petite fille, entraînée sur le dos de la baleine, monte jusqu'au ciel où elle voit bondir dans les nuages des troupeaux d'animaux africains, girafes, éléphants, rhinocéros, gazelles. La baleine redescend progressivement, puis disparaît, laissant de nouveau place au soleil aveuglant sur la steppe aride. Ce n'était qu'une apparition. La petite fille ramasse son seau vide et poursuit son trajet dans la steppe, où se dessine en creux l'image du corps d'une baleine.
Shigeru est jeune garçon scolarisé à l'école maternelle Les tulipes. Un matin, il aperçoit les garçons de la classe supérieure construire un navire avec de gros blocs de construction. Il veut lui aussi participer. Le navire terminé est nommé L'éléphant et le lion. Bientôt, les enfants réalisent que leur environnement a laissé place à la mer, où même des poissons nagent.
Les garçons chargent alors des cannes à pêche et des cordes sur le bateau et partent à la chasse à la baleine…
Sous la poussée de forces invisibles, la banquise se brise. Les bœufs musqués courbent l'échine sous le blizzard. Les caribous galopent par milliers dans la toundra. Les ours blancs se défient. Les baleines boréales défoncent la banquise. Le narval dresse hors de l'eau son incroyable dent torsadée.
Le capitaine Joy prend la mer pour apprendre le métier de baleinier à son petit-fils. L'enfant est confié au second, Lunceford, qui lui apprend les rudiments. Une profonde amitié les unit. Lorsque le grand-père sent ses forces le quitter, il confie le bateau à Lunceford et, avant de mourir, lui demande de s'occuper de son petit-fils.