Un prologue explique quand et comment la conquête de l'espace a été rendue possible depuis la Terre, grâce à l'invention d'engins capables de se déplacer à la vitesse de la lumière. Désormais, les humains vivent sous le régime des Planètes unies.
Sur la planète Tridan, dans le pays de Gandahar, dirigé par la reine Ambisextra et le Conseil féminin, les humains vivent en harmonie avec la nature, qu'ils ont génétiquement reprogrammée pour subvenir à tous leur besoins (insectes géants servant de véhicules, pistolets à graines générant des ronces à croissance rapide, oiseaux-miroirs retransmettant les images vers des tours de surveillance). Un jour, des hommes de métal noir commencent à semer la terreur aux frontières de Gandahar, dévastant des villages entiers et progressant peu à peu vers la capitale, Jasper. La reine envoie alors en éclaireur un jeune servant, Sylvain Lanvère, dit Syl. Ce dernier découvre des humains difformes et aux pouvoirs étranges, les Transformés, qu'il croit d'abord à l'origine des attaques avant de se rendre compte qu'il n'en est rien. Les Transformés ne sont pas hostiles, mais vivent en marge du royaume, rejetés à cause de leurs difformités ; ils parlent un dialecte dont le temps présent est banni, remplacé par un passé-futur. Sylvain découvre ensuite que les hommes-machines pétrifient les villageois avant de les enfermer dans de mystérieux œufs et de les emmener vers une destination inconnue.
Résumé détaillé
Après l'attaque du poste avancé de Fort Casey par les Arachnides, le vaisseau Alésia y est envoyé pour renforcer le John A. Warden et évacuer les survivants. Sur le chemin du retour, le John A. Warden disparaît des radars. À son bord se trouve Carl Jenkins, désormais ministre des affaires paranormales. Le général Johnny Rico dépêche l'Alésia en mission de sauvetage. Sur place, l'équipe découvre que le John A. Warden est envahi par les Parasites et qu'ils ciblent la Terre..
Axis est une gigantesque planète-arbre. Cent cinquante kilomètres de racines et de branches entrelacées au cœur desquelles, coincée entre deux épaisses couches de nuages, vit une communauté d'êtres humains menacée d'extinction. Seule une jeune fille, Kaena, osant braver l'autorité du grand prêtre, se lance dans un périlleux voyage au terme duquel elle découvre quels sombres desseins se cachent derrière les mystérieux nuages d'Axis.
Piel, un petit garçon en compagnie de son père, atterrit sur une planète sauvage, Perdide. Avant de mourir, son père réussit à contacter son ami Jaffar, et lui demande de sauver son fils Piel, désormais seul sur cette planète. Piel reçoit de son père un microphone, son seul moyen de contact avec Jaffar qui, avec des compagnons, vont lui parler tout au long du voyage en lui donnant de judicieux conseils. En compagnie de son vieil ami Silbad, un vieux boucanier rusé et plein de ressources, Jaffar se dirige vers Perdide pour sauver le petit Piel. Mais plusieurs incidents vont se dérouler au cours de l'aventure... sans compter que l'espace recèle bien des mystères.
Sur la planète Glorf, des créatures de plusieurs espèces extra-terrestres se retrouvent dans un bar appelé Ale-E-Inn. Parmi eux, figure Meeper, qui tente de prévenir les autres de l'arrivée imminente d'un danger : les ChubbChubbs.
Une sonde inhabitée du centre spatial européen Eurosec découvre une planète inconnue située de l'autre côté du Soleil, sur une orbite diamétralement opposée par rapport à la Terre. Une mission habitée d'exploration est envoyée sur cette planète.
Sur la planète Ygam vivent les draags, une espèce d'humanoïdes mesurant douze mètres de haut. Ils ont atteint les plus hauts sommets de la connaissance. Leur existence s’écoule lentement, tout entière tournée vers la méditation.
L'histoire se passe en l'an 5001 sur la planète Jillucia qui a été pratiquement détruite par les Gavanas. Ceux-ci sont gouvernés par Rockseia 12 et sa mère, Mother Dark. Le roi Kaiba de la planète Jillucia décide de combattre les Gavanas. En dernier recours, le chef des survivants Jilluciens s'en remet au Dieu Liabé en dispersant huit noix divines à travers l'univers qui, selon la légende, seront capables de découvrir les huit valeureux guerriers qui uniront leurs forces en vue de libérer Jillucia. Le premier d'entre eux sera Ayato.
Sur la planète XT-59, un groupe de six prisonniers se voit condamné à l'exil sur une planète hostile. Devant eux, à perte de vue, des steppes glacées où nul ne peut survivre. Sous leurs pieds, une menace plus grande encore. Leur seul salut : atteindre l’Île, un havre de paix où ils pourront trouver refuge.
Comme Métal hurlant, Heavy Metal 2000 fonde son intrigue sur le pouvoir d'une lueur verte... mais celle-ci n'est plus douée de conscience, ni franchement mauvaise : il s'agit simplement d'une « clé » qui peut conférer l'immortalité à celui qui s'en sert. Dans le dessin animé, son « propriétaire » est Tyler, un tueur qui s'est déchaîné au contact de la clé et qui massacre tout sur son passage, à commencer par la première planète qu'il croise : Eden. (Presque) seule survivante de cette apocalypse, Julie va le poursuivre à travers les galaxies pour le tuer.
Après s'être échappés de la planète M6-117 de Pitch Black, Richard B. Riddick, Imam et Jack sont récupérés par un vaisseau rempli de mercenaires. Bien que Riddick essaye de cacher son identité, les mercenaires scannent son empreinte vocale et découvrent rapidement son identité (la tête de Riddick est mise à prix par de nombreux gouvernements et mercenaires pour ses crimes).
Résumé
La compagnie de soldats Bravo 6 trouve refuge dans un avant-poste abandonné dans la région de l'Enclume de Satan après une bataille contre les Arachnides. Des centaines d'ennemies les encerclent, mais un champ de force sépare les insectes des soldats.
Alors que la guerre contre les arachnides fait rage, le général Johnny Rico est rétrogradé au rang de colonel et envoyé sur Mars entraîner un groupe de nouvelles recrues pour avoir laissé une reine arachnide atteindre la Terre. Pendant que la Fédération attaque la planète mère des insectes, ces derniers envahissent Mars, menaçant la Terre et plongeant l'équipe du colonel Rico au coeur de l'action. Mais les Arachnides ne sont pas la seule menace qui pèse sur la planète rouge...