Pendant la Première Guerre mondiale, un soldat français déserte et, pour éviter d'être repris et renvoyé au front, se fait passer pour une femme avec l'aide de son épouse.
Présentant un futur dystopique, le film se déroule dans le Paris de 2035. La France connaît alors un chômage massif, un climat de violence et de révolte et l’État a été racheté par des sociétés privées. Des combats télévisés très violents accaparent une partie de la population et le dopage y est légal. Le personnage principal Arès est un ancien combattant vivant de petits-boulots, notamment au sein de la police, jusqu'à ce que sa sœur soit arrêtée.
Dans un royaume imaginaire et corrompu gouverné par la cruelle Katharina, celle-ci afin de renflouer les caisses de l'état manœuvre pour faire marier sa fille Emily avec Meinrad von Bock, un attardé mental. Katharina entretient aussi une relation sado-masochiste avec l’évêque. Emily est amoureuse de Josef, un palefrenier et ne veut pas entendre parler de ce mariage. Elle s'enfuit du château avec l'aide de Trizi, sa servante. Les deux femmes trouvent refuge dans un bordel. Pendant ce temps, Josef a été capturé par Katharina qui lui fait crever les yeux. L'évêque étant client du bordel, il finit par y découvrir la présence des deux jeunes femmes, des coups de feu sont tirés et la tenancière est tuée. Les prostituées se retrouvent à la rue et décident de devenir des bandits de grand chemins (les Filles brigandes) en recrutant d'autres femmes. Emily et Trizi finissent par être capturées, on coupe la langue de Trizi et on force Emily à se marier. Mais en pleine cérémonie, les Filles brigandes interviennent et font un massacre délivrant ainsi le royaume de la tyrannie.
Jacob, douze ans, souffre de terreurs nocturnes et de troubles du comportement. Suite au décès de sa grand-mère qu'il n'a jamais connue, il devient fasciné par sa présence et son passé tragique. Après l'avoir aperçu en train de danser dans une robe de la défunte, sa mère et son beau-père l'envoient donc dans un mystérieux internat perdu au milieu de la forêt, dirigé par le Dr Sherman. Le jeune homme y rencontre ses camarades marqués par des symptômes ou des pathologies diverses : l'autiste Elwood, le brûlé vif Phil, la sociopathe Christine, les jumeaux Lenny et Calvin ou encore Fréderic, souffrant de la maladie de Gilles de La Tourette. Leur éducation est basée sur l'étude de la Bible mais rapidement, Jacob découvre que l'internat cache de lourds secrets lorsque Fréderic est retrouvé mort dans la salle d'eau. Alors qu'il tente de s'évader, il est aussitôt ramené dans le bâtiment où il découvre que le Dr Sherman, secondé par sa femme, est chargé de faire disparaître des enfants pour le compte de leurs propres parents.