Vers l'an 1250 av. J.-C., Agamemnon, roi ambitieux de Mycènes, tente de fédérer la Grèce, en utilisant notamment la force d'Achille malgré son aversion envers ce dernier, imprévisible et indépendant. Son frère Ménélas, roi de Sparte, fait la paix avec Troie dont les deux princes, Hector et Pâris, fils du Roi Priam sont ses invités. Mais Pâris a une aventure avec Hélène de Sparte, la femme de Ménélas, qui décide de partir avec lui. Furieux, Ménélas demande aide à son frère Agamemnon qui y voit son intérêt : prendre la ville de Troie et contrôler ainsi toute la mer Egée. Les deux rois persuadent tous les dirigeants grecs de les suivre, notamment Ulysse, le seul à pouvoir convaincre Achille de rejoindre cette guerre. Le guerrier sait par sa mère qu'il mourra à Troie mais que sa gloire sera éternelle.
Aux premiers temps du monde, les dieux de l'Olympe supplantèrent leurs créateurs, les Titans, grâce à l'aide du kraken créé par Hadès. Zeus, Poséidon et Hadès se partagèrent alors le monde, et Hadès, trompé par Zeus, fut relégué dans le monde souterrain.
L'histoire se déroule dix ans après les événements du Choc des Titans. Persée est redevenu un simple pêcheur et élève seul son fils de dix ans, Héléos, après la mort de sa femme Io quelque temps auparavant. Pendant ce temps, le manque de dévotion des humains affaiblit les dieux de l'Olympe, qui sont sur le point de perdre le contrôle des monstrueux Titans, en particulier de leur chef, Cronos, vaincu et enfermé dans le Tartare par Zeus, Hadès et Poséidon dans un passé lointain. Reprenant ses complots contre Zeus, Hadès passe un pacte avec le dieu de la guerre, Arès, et Cronos en personne. Tous trois parviennent à capturer Zeus et à l'enfermer dans les Enfers. Les Titans libérés sèment la désolation dans le monde. Persée est alors contraint de sortir de sa retraite ; avec l'aide d'Andromède, d'Agénor fils de Poséidon, et du dieu Héphaïstos, il se met en devoir de libérer Zeus et de sauver l'humanité.
L'histoire se déroule dans la Grèce antique, après l'emprisonnement des Titans dans le Tartare par Zeus. Le roi des dieux et sa femme Héra, ont un fils qu'ils nomment Hercule. Alors que tous les dieux olympiens fêtent sa naissance, Hadès convoite la place de son frère Zeus en tant que souverain de l'Olympe. Demandant de l'aide aux Moires, ces dernières lui apprennent que dans dix-huit ans, l'alignement des planètes lui permettra de faire ressurgir les Titans pour conquérir l'Olympe, mais que Hercule est capable de renverser ce plan. Hadès envoie alors ses sbires Peine et Panique pour éliminer Hercule. Les deux démons arrivent à kidnapper l'enfant et à le faire boire une potion qui permet de le rendre mortel, mais deux mortels, Amphitryon et Alcmène, trouvent le bébé avant qu'ils ne boivent la dernière goutte du breuvage, gardant alors sa force herculéenne.
Mi-homme mi-légende, Hercule prend la tête d’un groupe de mercenaires pour mettre un terme à la sanglante guerre civile qui sévit au royaume de Thrace et replacer le roi légitime sur le trône. Âme tourmentée depuis la naissance, Hercule a la force d’un dieu mais ressent aussi les peines et les souffrances d’un mortel. Sa puissance légendaire sera mise à l’épreuve par des forces obscures.
Le roi de Crète, Hypérion (Mickey Rourke), sert les desseins maléfiques de ses ancêtres les Titans, les ennemis de toujours des dieux de l'Olympe. Ses armées sèment la désolation en Grèce et sont à la recherche du légendaire Arc d’Épire, une arme au pouvoir considérable. Le possesseur de l'arme serait capable de libérer les Titans du Tartare où les dieux les ont emprisonnés jadis. Hypérion est déterminé à trouver l'arc et à libérer les Titans pour renverser les dieux de l'Olympe.
Amphitryon, roi de Thèbes, marié à la reine Alcmène, devient de plus en plus violent et sauvage. Alcmène ne ressent plus rien pour son époux et va prier auprès de la déesse Héra. Celle-ci sort de sa représentation et informe Alcmène que bientôt, Zeus et cette dernière auront un enfant qui s'appellera Hercule. Quelques jours plus tard, Zeus descend de l'Olympe, mais ne prend pas la forme humaine : il est invisible. Le rapport sexuel que Zeus et Alcmène ont ensemble est découvert par Amphitryon qui lui, veut condamner Alcmène à mort mais il ne peut pas. Neuf mois plus tard, Alcmène accouche. Amphitryon, sachant que cet enfant n'est pas de lui, l'appelle Alcide et informe sa femme qu'il n'aura jamais sa sur le trône et que Iphiclès (fils aîné du roi et de la reine) sera son seul et unique héritier. Vingt ans plus tard, Hercule tombe amoureux de la princesse de Crète. Iphiclès et Amphitryon s'allient ; le roi donne pour épouse à Iphiclès la princesse de Crète et envoie Hercule.
Acrisius, roi d'Argos, jette à la mer dans un cercueil de bois sa fille Danaé et le fils de celle-ci, Persée, encore au berceau (on avait prédit que l'enfant serait fatal à Acrisius). Zeus, le père de Persée, ordonne à son frère Poséidon, roi de la mer, de libérer le Kraken pour détruire Argos, ce qui réalisera ainsi la prédiction sur Persée. Danae et Persée au contraire sont amenés sains et saufs sur l'île de Sérifos.
Après avoir affronté le lion de Némée qui terrorisait la région, Hercule s'embarque avec Jason à la recherche de la Toison d'or pour permettre à ce dernier de reconquérir le trône de Thessalie.
Le prince troyen Pâris quitte son royaume pour porter un message de paix au roi Ménélas de Sparte. Mais, lors d'une tempête, le mât de son navire se brise et l'entraîne en tombant dans les flots. Pâris échoue sur une plage de la côte grecque où Hélène, la femme de Ménélas, le trouve à bout de force. Elle le soigne en secret et ils ne tardent pas tomber amoureux. Avant de rencontrer Ménélas, Pâris doit se plier aux coutumes et affronter Ajax dans un combat singulier dont il sort brillamment vainqueur. Ménélas voit aussitôt en lui un dangereux adversaire doublé d'un grand rival et le fait emprisonner. Hélène, surprise alors qu'elle préparait l'évasion de son amant, s'enfuit avec lui à Troie. Sa trahison, outre qu'elle bafoue Ménélas, déclenche immédiatement un énorme mouvement offensif des Grecs qui s'embarquent pour aller attaquer Troie.
Hercule, sa femme Iole et son ami Ulysse, font route vers Thèbes. En découvrant que le trône est disputé entre les deux fils du roi Œdipe, Etéocle et Polynice, Hercule décide d'intervenir. Il se retrouve alors confronté à la terrible Omphale, reine de Lydie, connue pour faire perdre la mémoire à ses victimes.
Ulysse, roi de l'île d'Ithaque, est déjà parti depuis longtemps pour participer au siège de Troie. Après la prise de la cité, son voyage de retour par la mer va être retardé par de nombreux dangers comme sa rencontre avec le cyclope Polyphème, celle de la magicienne Circé ou bien encore par l'envoûtant chant des sirènes… Pendant ce temps, à Ithaque, sa femme Pénélope doit affronter d'autres épreuves : intéressés par l'accession au trône, de multiples soupirants, affirmant qu'Ulysse est mort, la pressent de prendre époux. La reine retarde l'échéance en promettant de choisir son nouveau mari dès qu'elle aura achevé le tissage de sa grande tapisserie : chaque nuit, elle défait son travail de la veille...L'Ulysse du film est très loin de l'homme rusé, prudent et sage décrit par Homère. Il s'agit ici, au contraire d'un audacieux assez écervelé qui prend des risques inutiles et peut être tenu pour responsable de la mort de ses hommes et d'une grande partie des disgrâces qu'il encourt.
Dans la Grèce antique, pour reconquérir le royaume de son père Éson usurpé par son demi-frère Pélias, Jason doit rapporter à ce dernier la fabuleuse Toison d'or qui se trouve en lointaine Colchide. Il s'embarque à bord du navire Argo avec toute une équipe de héros, les Argonautes. À la fois aidés et contrariés par des dieux et déesses rivaux, ils vont être confrontés aux éléments déchaînés et à des créatures plus monstrueuses les unes que les autres : le colosse Talos, les deux horripilantes Harpies, les rochers broyeurs Symplégades, une hydre (un horrible dragon à sept têtes) ainsi qu'à une armée vindicative de terribles et agiles squelettes. Mais Jason va connaître l'enchantement amoureux sous les traits de Médée, vaincre les obstacles et rapporter la Toison d'or.
Jupiter apparaît dans les cieux sur son char. Il est rejoint par Hermès, qui court sans cesse, Il fait ensuite apparaitre les huit Muses, qui chantent et dansent. Il s'énerve, car son tonnerre, qu'il brandit volontiers, ne marche plus. Celui-ci devient incontrôlable et finit par exploser.
La Terre et Perséphone vivent dans un lieu d'éternel beauté où règne toujours le printemps, entourées par des animaux et des elfes. Mais Hadès, dieu des enfers, kidnappe Perséphone et l'emmène parmi ses démons. La Terre sans Perséphone sombre dans un hiver glacial. Pour résoudre le problème, la Terre et Hadès se partagent Perséphone la moitié de l'année, créant le cycle des saisons.