Un étrange astéroïde s'écrase sur Terre et l'équipe du professeur Murai part enquêter sur place. Pendant ce temps, une femme étrange prétendant être une Martienne annonce que, si l'humanité ne se repent pas, elle sera détruite. La Martienne prophétise le retour de Godzilla et Rodan, ainsi que la venue d'un monstre de l'espace appelé King Ghidorah. Les prophéties se réalisent et Ghidorah sème la terreur. Seule solution : Godzilla, Rodan et Mothra doivent accepter de coopérer pour vaincre le monstre de l'espace.
Deux astronautes partent en mission d'exploration sur une planète orbitant autour de Jupiter et récemment découverte. Arrivés sur place, ils rencontrent les habitants, les Ixiens, qui sont assiégés et contraints de vivre sous terre à cause de King Ghidorah. Les Ixiens proposent un marché aux Terriens : si ceux-ci acceptent de leur prêter Godzilla et Rodan pour chasser King Ghidorah, ils offriront à la Terre un vaccin capable de guérir toutes les maladies.
Prêt à tout pour retrouver son frère, Yata, disparu en mer, Ryota vole un yacht et embarque avec Ichino, un ami, peu intelligent. Le yacht appartient a Yoshimura, un cambrioleur. Il part également avec eux. Une fois arrivé près de l’île de Letchi dans les mers du sud, le bateau est attaqué par un crustacé géant, Ebirah. Ils se retrouvent donc coincés sur cette île. L’île est gouvernée par l’organisation du Bamboo rouge. Cette organisation exploite les indigènes. Ryota et ses amis rencontre une habitante de Infant Island et se reposent dans une grotte. Celle-ci leur apprend que Mothra peut venir les aider. Mais Mothra ne pourra pas combattre Ebirah et secourir les prisonniers. Ils décident alors de ressusciter Godzilla, bloqué par des rochers. Ils espèrent qu’il pourra battre Ebirah.
Un météore se crashe dans un lac de l'Oregon, dans lequel se trouve un oeuf de dinosaure. La chaleur du crash entraine l'éclosion de l'oeuf, et le dinosaure, sortant de l'eau, sème la terreur dans la région...
Un génie du mal nommé le Dr. Huu a créé un robot (parfois nommé Mechani-Kong), afin de creuser pour un élément hautement radioactif appelé "élément X". Quand il échoue, il séquestre le vrai King Kong pour faire le travail à sa place. Peu après les deux monstres s’affrontent en plein Japon.
Un étrange monstre né de la pollution hante les eaux du Japon et attaque les bateaux. La créature grandit de plus en plus et gagne la terre ferme, répandant des vapeurs toxiques mortelles. L'armée et Godzilla doivent joindre leurs efforts pour tenter d'éliminer la créature...
Jack Black, un psychologue à la radio emmène ses enfants Joshua et Ashley en «vacances» au bord d'un lac en Colombie-Britannique. Les enfants découvrent que le fameux monstre du lac, "Orky", pourrait ne pas être juste un truc pour attirer les touristes, après tout. En fait, Orky peut leur permettre de se rapprocher de leur père bourreau de travail, et les aider à arrêter les pollueurs locaux qui pratiquent le déversement des déchets toxiques.
Une équipe de tournage part au Congo et découvre que les dinosaures de plus de 65 millions d'années sont encore vivants. Suite à une attaque de reptiles volants, l'hélicoptère de l'équipe s'écrase à côté d'un village désert et tous les voyageurs se retrouvent coupés du reste du monde sans aucun moyen de communication...
Des scientifiques mènent des expériences climatiques sur l'île de Solgell, ce qui a pour effet de déclencher une tempête et de transformer les mantes locales en monstres géants : les Kamacuras. Alors que celles-ci découvrent un œuf géant et s'apprêtent à tuer le bébé, Godzilla arrive et lui sauve la vie avant d'entreprendre son éducation...
Ichiro, un jeune Japonais solitaire, dont ses parents travaillent beaucoup, est d'habitude seul à la maison avec son ami, un inventeur local, qui lui sert de baby-sitter. Dans ses rêves, il visite l'archipel d'Ogasawara, où il joue et explore l'île avec Minilla, qui est attaqué par le monstre Gabara. Cependant, quand il n'est pas endormi, Ichiro se promène dans une usine abandonnée dans laquelle il rencontre deux braqueurs de banque qui le capturent. En utilisant les leçons que Minilla et Godzilla lui ont apprises, Ichiro échappe aux voleurs et aide la police à les capturer, il obtient ensuite la victoire sur ses assaillants, leur montrant qu'il ne prendra plus leurs coups désormais.
L'équipage d'un bateau de pêche japonais, le Eikō-Maru, est frappé par un éclair de lumière qui semble jaillir de l'océan, près de l' île Odo. Un message de détresse est envoyé juste avant que le bateau ne sombre. Un bateau de sauvetage, le Bingo-Maru, est envoyé pour enquêter sur l'accident, mais rencontre le même sort. Un deuxième bateau de recherche est envoyé et trouve quelques survivants dans la zone, et comme les deux autres bateaux, fait naufrage.
Des bateaux disparaissent mystérieusement sur les côtes du Japon. Steve Martin, un reporter américain, décide d'enquêter sur l’affaire. Au même moment, les insulaires de la petite île Odo redoutent la colère de Godzilla, un monstre marin vénéré depuis des temps immémoriaux. Leur village est complètement détruit. Le professeur Yamane découvre des traces de radioactivité dans le sol et en conclut que le monstre a été irradié par l'arme atomique...
Alors qu'ils survolent les mers pour repérer des bancs de poissons, les jeunes pilotes Tsukioka et Kobayashi rencontrent Godzilla et un autre monstre en train de se livrer une bataille féroce. Les deux créatures disparaissent dans l'océan, mais refont bientôt surface près d'Osaka, qui sera dès lors le cadre d'un combat à mort entre les deux monstres et les hommes.
Des extraterrestres, venus d'un système nébulaire détruit, planifient l'invasion de la planète Terre en prenant comme couverture un parc d'attractions pour enfants. En réalité, la tour Godzilla qu'ils ont construit leur sert à contrôler Gigan et King Ghidorah qui détruisent tout sur leur chemin. Godzilla et Anguirus tentent d'arrêter les deux monstres de l’espace.