Deux ans après le carnage commis par les Critters à Grover's Bend, Brad Brown est de retour en ville pour les vacances de Pâques, lui qui n'est encore jamais revenu à la suite de l'attaque de la ferme de sa famille. Mais les Critters avaient laissé des œufs lors de leur première venue... Et ceux-ci sont confondus avec des œufs de Pâques par les habitants. Les créatures poilues et affamées envahissent à nouveau les rues de la ville !
Un prologue explique quand et comment la conquête de l'espace a été rendue possible depuis la Terre, grâce à l'invention d'engins capables de se déplacer à la vitesse de la lumière. Désormais, les humains vivent sous le régime des Planètes unies.
Un étrange astéroïde s'écrase sur Terre et l'équipe du professeur Murai part enquêter sur place. Pendant ce temps, une femme étrange prétendant être une Martienne annonce que, si l'humanité ne se repent pas, elle sera détruite. La Martienne prophétise le retour de Godzilla et Rodan, ainsi que la venue d'un monstre de l'espace appelé King Ghidorah. Les prophéties se réalisent et Ghidorah sème la terreur. Seule solution : Godzilla, Rodan et Mothra doivent accepter de coopérer pour vaincre le monstre de l'espace.
Malgré l'interdiction de son professeur, Kreton, un enfant extra-terrestre, quitte sa planète pour visiter la Terre. Il atterrit dans le jardin d'un journaliste...
Willy est un jeune enfant de dix ans perdu sur une planète inconnue après le crash de son vaisseau et la disparition de ses parents. Il va devoir survivre jusqu'à l'arrivée des secours, en compagnie du robot de survie Buck et d'un extra-terrestre à huit pattes, nommé Flash.
Miles Bennell, médecin de la petite ville de Santa Mira , près de Los Angeles, s'aperçoit peu à peu que les habitants de cette petite ville tranquille se transforment en êtres dénués de toute émotion. Peu à peu, il découvre que des extraterrestres s'emparent pendant la nuit du corps de ses concitoyens.
Deux astronautes partent en mission d'exploration sur une planète orbitant autour de Jupiter et récemment découverte. Arrivés sur place, ils rencontrent les habitants, les Ixiens, qui sont assiégés et contraints de vivre sous terre à cause de King Ghidorah. Les Ixiens proposent un marché aux Terriens : si ceux-ci acceptent de leur prêter Godzilla et Rodan pour chasser King Ghidorah, ils offriront à la Terre un vaccin capable de guérir toutes les maladies.
Prêt à tout pour retrouver son frère, Yata, disparu en mer, Ryota vole un yacht et embarque avec Ichino, un ami, peu intelligent. Le yacht appartient a Yoshimura, un cambrioleur. Il part également avec eux. Une fois arrivé près de l’île de Letchi dans les mers du sud, le bateau est attaqué par un crustacé géant, Ebirah. Ils se retrouvent donc coincés sur cette île. L’île est gouvernée par l’organisation du Bamboo rouge. Cette organisation exploite les indigènes. Ryota et ses amis rencontre une habitante de Infant Island et se reposent dans une grotte. Celle-ci leur apprend que Mothra peut venir les aider. Mais Mothra ne pourra pas combattre Ebirah et secourir les prisonniers. Ils décident alors de ressusciter Godzilla, bloqué par des rochers. Ils espèrent qu’il pourra battre Ebirah.
Superman, le héros de Metropolis, doit affronter un cyborg organique assoiffé de pouvoir : Brainiac. En effet, ce dernier absorbe l'intelligence et la connaissance d'un peuple avant d'en exterminer la civilisation, en prenant soin de garder un échantillon d'une ville et ses habitants comme trophée. Avec l'aide de Supergirl, Superman va tout tenter pour détruire Brainiac et l’empêcher de détruire la Terre.
Un étrange monstre né de la pollution hante les eaux du Japon et attaque les bateaux. La créature grandit de plus en plus et gagne la terre ferme, répandant des vapeurs toxiques mortelles. L'armée et Godzilla doivent joindre leurs efforts pour tenter d'éliminer la créature...
Dix ans sont passés depuis que Kôji Kabuto, aux commandes du super robot Mazinger Z, créé par son grand-père, a ramené la paix en combattant l’Empire des Ténèbres et le maléfique Dr Hell. Aujourd’hui, Kôji Kabuto n’est plus pilote, il a pris le chemin de son père et grand-père en devenant scientifique. Sayaka Yumi, quant à elle, est la directrice du l'Institut Photonique, tandis que Tetsuya Tsurugi est resté pilote au sein de l'armée, tout comme Shiro, le petit frère du Koji.
Nic et Jonah sont étudiants au MIT. Passionnés par l'informatique, ils sont accusés à tort d'avoir déjoué le système de sécurité de leur université et manquent de se faire renvoyer.
Les Stooges sont des concierges travaillant dans un centre spatial qui décollent accidentellement vers Vénus. Ils rencontrent une licorne qui parle, un tarentule géant et un ordinateur extraterrestre qui a détruit toute la vie humaine de la planète et crée trois duplicités maléfiques des Stooges. Quand les garçons rentrent chez eux triomphants, ils reçoivent un accueil de héros.
Des scientifiques mènent des expériences climatiques sur l'île de Solgell, ce qui a pour effet de déclencher une tempête et de transformer les mantes locales en monstres géants : les Kamacuras. Alors que celles-ci découvrent un œuf géant et s'apprêtent à tuer le bébé, Godzilla arrive et lui sauve la vie avant d'entreprendre son éducation...