En 2027, neuf ans après une invasion de la Terre par des extraterrestres, la vie est compliquée à Chicago au sein du quartier de Near West Side. Un réseau de résistants s'est constitué, et un projet d'attentat est organisé... Les résistants sont traqués par la police américaine et lorsque l'attentat a lieu, le but principal de la police est d'interpeller les membres du réseau, y compris son chef, le mythique « numéro 1 »…
Nous sommes en 2079. Les extra-terrestres d'Alpha du Centaure (ou Centauriens) essayent d'envahir la Terre depuis plus d'une décennie. Spencer Olham est à la tête d'un programme secret gouvernemental visant à la création d'une arme permettant l'anéantissement final des Centauriens. Une fois ses travaux terminés, le major Hathaway le fait soudainement arrêter pour haute trahison. Spencer est soupçonné d'être un réplicant à la solde des Centauriens. Il arrive toutefois à s'échapper, mais ne sait plus à qui faire confiance. Sa femme Maya travaille dans un grand hôpital militaire ; elle doit pouvoir l'aider à prouver qu'il est vraiment humain.
Sam Nivens, jeune agent de l'Office of Scientific Intelligence, est envoyé en mission à Ambroose, petite bourgade de l'Iowa, en compagnie de son père Andrew Nivens, directeur de l'O.S.I, et Mary Sefton, une brillante scientifique de la Nasa experte en morphologie extraterrestre. Ils sont confrontés à un type d'invasion alien pouvant parasiter les êtres humains.
Une météorite percute la Terre. Une masse informe s'en extrait et grandit en ingérant un à un les habitants d'une ville des États-Unis. Le Blob se glisse partout pour traquer ses proies et rien ne semble pouvoir l'arrêter. Dans cette ambiance d'enfer, Meg Penny et Brian Flagg, tentent de survivre, alors qu'une mystérieuse équipe gouvernementale met la ville en quarantaine.
Hal Jordan intègre le Green Lantern Corps et est placé sous la responsabilité de l'officier supérieur Sinestro. Hal Jordan va découvrir que son mentor fait partie d'une conspiration visant à démanteler le Green Lantern Corps.
Dans une ville assiégée par les Turcs, une pièce de théâtre conte les aventures du fameux baron de Münchhausen. Surgit alors un vieillard, affirmant être le « vrai » baron de Münchhausen. Il fait un scandale et interrompt la pièce. Horatio Jackson, le dirigeant de la ville, un notable méprisant, l'ignore alors que les membres de la troupe le prennent pour un fou. Seule Sally, fille du directeur de la troupe de théâtre, le prend au sérieux. Il lui raconte comment, avec l'aide de ses compagnons Berthold, Adolphus, Albrecht et Gustavus, il a gagné le trésor du sultan, et déclenché ainsi la guerre.
Dans un univers parallèle, Lex Luthor et le Joker (nommé "Jester") sont des héros. Après avoir dérobé un élément technologique dans un des repères secrets du Syndicat du Crime, une version maléfique de la Ligue des Justiciers d'Amérique, ils tentent de s'échapper mais Jester doit se sacrifier en emportant avec lui les doubles maléfiques de J'onn J'onzz et de Hawkgirl. Lex Luthor se retrouve alors seul pour affronter le reste du Syndicat du Crime mais parvient à se téléporter vers l'univers de la Ligue des Justiciers d'Amérique.
Lex Luthor vaincu, un nouveau défi attend nos deux héros. Batman trouve une jeune Kryptonienne qui s'écrase à bord de son vaisseau dans la baie de Gotham City. Superman et lui l'aideront à trouver sa place sur sa nouvelle planète d'adoption : la Terre. Mais c'est sans compter sur les efforts redoutables de Darkseid pour s'approprier ce jeune talent.
Alimenté par la haine et la jalousie, Lex Luthor monte un complot élaboré ayant pour but de tuer l'homme d'acier. Luthor parvient à atteindre son objectif en empoisonnant Superman par rayonnement solaire, celui-ci meurt alors petit à petit. Avec les quelques semaines qui lui reste à vivre, il réalise les rêves de sa vie, en particulier révéler sa véritable identité à Lois Lane, jusqu'à ce que Luthor révèle son plan ultime pour contrôler le monde sans qu'il n'y ait de héros pour l’arrêter. Ses forces l'abandonnant, Superman s'engage dans une bataille mortelle contre Luthor, bataille pouvant mettre fin au plus grand protecteur de la Terre.
Quelques cellules de Godzilla sont récupérées à Tokyo sur le lieu du combat précédent. Le professeur Shiragami est chargé de les étudier, mais malheureusement le laboratoire est attaqué et sa fille bien-aimée tuée. Le professeur abandonne le projet, et se consacre à une rose, trouvée près du corps de sa fille, et dans laquelle l'âme de cette dernière s'est, pense-t-il, réincarnée. Cinq ans plus tard, le professeur est recontacté pour créer une arme bactériologique à partir des cellules de Godzilla, car ce dernier est en train de se réveiller. Mais le professeur Shiragami mélange en fait les cellules du monstre avec celles de la fameuse rose qui est en train de mourir. Cela va donner naissance à Biollante.
Max Steel, un jeune homme de 19 ans, passionné de sports extremes, est engagé par une agence secrète après avoir été exposé à des particules microscopiques appelées " nanobots " qui on dévéloppé chez lui des capacité surhumaines.
Mala et Senn sont deux enfants extra-terrestres habitant sur la magnifique planète Terra, un monde d'où a été bannie toute forme de guerre depuis fort longtemps. Mais un jour Terra est attaquée par des envahisseurs qui capturent tous les habitants de la planète. Pendant la bataille qui fait rage, Mala sauve un pilote blessé qui n'est autre qu'un humain, Jim Stanton. Au fil de l'histoire, l'enfant et l'humain se rendent vite compte qu'ils ne sont pas si différents… mais ils doivent affronter une terrible vérité : même si la guerre prenait fin, les ressources limitées de Terra ne permettraient qu'à une seule des deux espèces de survivre… sauf si ils se mettent ensemble.
L'histoire décrit un extraterrestre nommé Mac (pour Mysterious Alien Creature) qui a échappé à des scientifiques de la NASA et qui se lie d'amitié avec Eric, un jeune garçon en fauteuil roulant. Ensemble ils essaient de trouver la famille de Mac, dont il a été séparé.
Nous sommes en l'an 2005. Unicron, un robot planète géant, s'attaque à Lithone, une planète située sur le chemin de Cybertron. Il dévore la planète et aspire les décombres, éradiquant la quasi-totalité de ses habitants. Seuls Kranix et Arblus l'échappent belle.