Depuis les premières apparitions de monstres géants, la Terre s'est dotée d'une force armée spécialement entraînée pour lutter contre cette nouvelle menace, dont le fer de lance est une équipe de mutants. Un jour cependant, diverses créatures attaquent de façon simultanée les grandes capitales et l'armée se retrouve totalement dépassée. Un vaisseau spatial apparaît alors et fait disparaître tous les monstres. À son bord, des extraterrestres de la planète X qui viennent prévenir les terriens qu'une comète géante est sur le point de rentrer en collision avec la Terre. Godzilla, libéré de sa prison de glace, n'a d'autre choix que d'affronter les aliens, mais un ennemi plus fort que tous les autres apparaît sur Terre : Monster X, qui deviendra Keizer Ghidorah. Godzilla doit stopper le dragon tricéphale ainsi que le météore.
L'histoire se déroule en 2314, soit deux ans après la défaite des A-Laws et des Innovades menés par Ribbons Almark lors de la saison 2 de Gundam 00. Les Celestial Beings continuent de veiller sur la paix fragile qui s'est installé. Sur Terre, Saji Crossroad continue de veiller au chevet de Louise Halevy qui est toujours hospitalisée à la suite du traumatisme vécu lors de la dernière guerre, alors que dans l'espace, la princesse Marina Ismail et Shirin Bakthiar du Royaume d'Azadiztan supervisent la construction d'une nouvelle colonie spatiale.
Depuis des années, le Japon assiste impuissant aux attaques de Godzilla contre les sources d'énergie nucléaires. Les armes les plus dévastatrices ont été employées mais rien n'a jamais semblé pouvoir ébranler le grand monstre. Nombreux sont ceux qui ont perdu la vie en le combattant ou en tentant d'échapper aux destructions.
Des Futuriens débarquent sur Terre. Ils prétendent venir du futur où Godzilla a entièrement détruit le Japon, et proposent au gouvernement d'éliminer le monstre avec leur aide. Les Futuriens, accompagnés de quelques représentants japonais, décident de se rendre en 1944 sur une île du Pacifique où est censé vivre le dinosaure qui donnera naissance, après irradiation, à Godzilla. Mais une fois sur place, les Futuriens abandonnent trois Dorats, des petits monstres de leur époque. De retour dans le présent, tout le monde se rend compte que les Dorats ont à leur tour été irradiés et sont devenus King Ghidorah, un terrible monstre que les Futuriens contrôlent pour ravager le Japon. Godzilla, que tout le monde croyait éliminé, se réveille alors.
Lex Luthor est le nouveau président des États-Unis. Superman et Batman sont les deux seuls héros à s'opposer au bien-fondé d'une telle présidence. Alors qu'une météorite issue de Krypton fonce sur la Terre, un combat s'engage entre nos deux héros et les autres super-héros désormais aux ordres de Lex Luthor.
Deux reporters, Ichiro Sakai et Junko Nakanishi, sont envoyés sur un site industriel dévasté par un violent cyclone. Ils y découvrent une étrange substance.
Sanjay est un grand physicien qui étudie l'existence des extraterrestres. Sur le point de faire une découverte capitale, il est victime, avec son épouse enceinte, d'un accident de voiture au cours duquel il décède. Vingt ans plus tard, Rohit qui est resté attardé mental à la suite de l'accident, vit avec sa mère. Ami des enfants, il est néanmoins le souffre-douleur des voyous de son âge et des enfants d'école primaire et du collège. Dans une remise, il retrouve le matériel informatique de son père : branché, l'appareil le met en contact avec une vie extra-terrestre qui dépêche sur Terre un vaisseau spatial. Reparti précipitamment, l'engin abandonne dans la forêt l'un des leurs : Rohit le recueille et devient son ami.
Princess Snow Kaguya, une ennemie venue des confins de la galaxie, voyage sur son vaisseau-comète à la recherche d'une planète pour y établir son royaume de glace. Elle finit par repérer la Terre, qu'elle avait déjà convoitée il y a des siècles, avant que son projet ne soit avorté par Queen Serenity. Constatant que la Lune n'est plus habitée par les protecteurs de la Terre, elle envoie sur la planète bleue des fragments de sa comète pour préparer son invasion. Ceux-ci déclenchent des tempêtes de neige aux quatre coins du monde. L'un de ces fragments est retrouvé par Kakeru Ozora, un jeune astronome qui avait détecté l'étrange comète habitée par Princess Snow Kaguya.
Un flic de Los Angeles, Tom Beck (Michael Nouri), à qui il est adjoint contre son gré un mystérieux agent du FBI, Lloyd Gallagher (Kyle MacLachlan), enquête sur une série de crimes commis par d'honnêtes citoyens se tournant du jour au lendemain vers le mal. Beck découvre non seulement que l'ennemi n'est autre qu'un alien prenant possession des corps d'innocents pour perpétrer ses méfaits, mais en plus que son coéquipier du FBI est également un visiteur des étoiles.
Une ombre mystérieuse survole le village de Midwich et cause l'évanouissement de tous les êtres vivants dans un territoire aux contours nettement définis. Pendant six heures, Midwich est sans vie. N'arrivant pas à entrer en contact avec les habitants du village, les populations voisines s'inquiètent. Des spécialistes du surnaturel se regroupent et tentent d'élucider ce phénomène.
Un extraterrestre (Matthias Hues) débarque sur Terre à la recherche d'une substance que l'on peut considérer comme étant une drogue, qu'il puise chez les humains en leur lançant une sorte de câble avec au bout une seringue avec laquelle il puise le liquide. Il est poursuivi par un policier extraterrestre (Jay Bilas) et par un policier violent (Dolph Lundgren) à qui on donne un équipier (Brian Benben). Tous trois se mettent à la recherche du criminel.
Sur la planète Dakara, SG-1 découvre un artefact des Anciens, l'Arche de Vérité, qui pourrait leur permettre de stopper l'invasion de l'armée des Oris dans la Voie lactée. Malheureusement, les troupes des Oris et leur commandant Tomin débarquent, et l’équipe encerclée doit alors se rendre aux soldats ennemis. Lorsque le prêcheur des Ori se rend compte que l'objet découvert par SG-1 est inoffensif, il ordonne aux soldats d’exécuter les prisonniers. Tomin refuse d'exécuter ses ordres en raison de la parole qu'il a donnée de leur laisser la vie sauve et de la présence de Vala, sa femme qui est membre de SG-1. Le Colonel Cameron Mitchell en profite alors pour s’emparer d’une arme et tue le prêcheur.