Batman et Robin sont invités à une démonstration très secrète animée par le professeur Hugo Strange et son assistant, le Dr Harleen Quinzel, qui pourrait éventuellement changer à jamais le futur de Gotham. En cours de route, Batman s'arrête au pénitencier d'État de Gotham pour rendre visite à Catwoman (dont la tentative de suicide du premier film a échoué) pour lui remettre un livre de poésie d'Elizabeth Barrett Browning. C'est quelque chose qui la tiendra occupée pendant les 36 prochains mois de sa vie jusqu'à ce qu'elle soit définitivement libérée de prison. Au laboratoire, ils rencontrent le procureur et allié de Bruce Wayne dans la guerre contre le crime Harvey Dent, célèbre pour avoir arrêté un gang de contrefacteurs de pièces tout en conservant un quartier à deux faces en souvenir de l'affaire.
Batman doit faire face au plus grand défi de sa vie : les vacances ! Le chevalier noir accepte à contre-coeur de laisser Batgirl et Nightwing l'emmener pour un repos longtemps repoussé loin de la lutte contre le crime, laissant Gotham City sous la protection de Superman et de la Ligue des Justiciers. Rien ne se déroule comme prévu lorsque les vacances de Batman sont écourtées par des dangers provenant de son passé et des envahisseurs du centre de la Terre. Superman et les autres membres de la Ligue des Justiciers réalisent très vite la quantité de travail qu'a Batman dans sa lutte quotidienne contre le crime à Gotham.
Six mois après la mort de Superman après avoir vaincu Doomsday, quatre nouvelles versions du héros apparaissent: Superboy, Steel, Cyborg, Superman et Eradicator. Chacun d'entre eux est différent dans sa personnalité et son style de combat du crime par rapport à Superman, laissant le monde entier se demander lequel est le vrai Superman. Lois Lane, encore sous le choc de la mort de Clark, décide de mener une enquête. Lex Luthor tient une conférence de presse présentant Superboy comme le véritable Superman, sponsorisé et financé par LexCorp. Lois assiste à la conférence avec Steel et se faufile dans l'un des laboratoires de LexCorp. Là, Lois apprend du scientifique Dabney Donovan que Superboy est un clone de Superman. Soudainement, la conférence est attaquée par l'éradicateur, qui cherche à "éradiquer" Luthor. Superboy et plus tard Steel tentent de l'arrêter, mais sont vaincus jusqu'à l'arrivée à temps de Cyborg Superman, qui se bat et chasse Eradicator. Beaucoup le voient comme le vrai Superman, provoquant la colère de Luthor. Lois écrit un exposé révélant que Superboy est un clone et demande si tous les Supermen sont des faux. Cela conduit à une rencontre entre elle et Cyborg Superman, lui disant qu'elle sait qu'il n'est pas le Superman qu'elle a connu et aimé.