Tony Stark, playboy, milliardaire, n'est pas seulement l'héritier des usines d'armement de son père (la Stark Industries), c'est également un inventeur de génie. Alors qu'il est en déplacement en Afghanistan afin de présenter sa dernière création, le missile Jéricho, il est enlevé par des terroristes de l'organisation « Les Dix Anneaux ». Gravement blessé lors de l'attaque, il ne survit que grâce à l'aide d'un scientifique, le professeur Yinsen, qui lui greffe à la poitrine un électro-aimant alimenté par une batterie de voiture afin d’empêcher des éclats d’obus d’atteindre son cœur.
Depuis les origines de la civilisation, Apocalypse, le tout premier mutant, a absorbé de nombreux pouvoirs, devenant à la fois immortel et invincible, adoré comme un dieu. Se réveillant après un sommeil de plusieurs milliers d'années et désillusionné par le monde qu'il découvre, il réunit de puissants mutants dont Magneto pour nettoyer l'humanité et régner sur un nouvel ordre. Raven et Professeur X vont joindre leurs forces pour affronter leur plus dangereux ennemi et sauver l'humanité d'une destruction totale.
À San Francisco, après 3 ans de prison pour cambriolage, Scott Lang est hébergé par son ancien voisin de cellule Luis. Scott tente ensuite de trouver un emploi, car la désistance lui permettrait d'obtenir un droit de visite de sa fille Cassie, âgée de 7 ans, auprès de son ex-femme Maggie, qui s'est recasée avec le policier Paxton. Pendant ce temps, le Dr Henry « Hank » Pym sort de sa retraite, invité par le docteur Darren Cross, son ancien assistant qui l'a évincé de la direction de Pym Technologies, à assister à la démonstration de son nouveau projet : le Yellowjacket, un costume permettant de réduire la taille de son porteur à celle d'un insecte, comme le légendaire super-héros Ant-Man dont il s'inspire. Hope van Dyne est la seule à savoir que son père Hank a réellement été Ant-Man et ce en duo avec sa mère Janet, alias la Guêpe. Hank réalise l'urgente nécessité de protéger le secret de son costume, pour éviter le pire, en détruisant le Yellowjacket et toutes les données du projet. Pour cela, il doit faire en sorte que Scott devienne son successeur et le héros qui est en lui.
À Gotham City, une cérémonie est organisée en l'honneur de Bruce Wayne qui remporte le prix de l'homme de l'année. La fête tourne au chaos lorsque le Joker fait une entrée fracassante sur la scène accompagné de sa horde de psychopathes dont le Sphinx, le Pingouin, Double-Face et Catwoman. De ce fait, Batman passe à l'action pour tenter de coincer ses invités surprise mais l'un d'eux parvient à s'échapper.
New York subit depuis quelque temps la criminalité causée par le Clan des Foot, dirigé par le terrible Shredder. Ce dernier contrôle toute la ville, de la police jusqu'aux politiques. Quatre Tortues Ninja sortent alors des entrailles de la Terre pour l’affronter. Ces quatre frères pourront compter sur le soutien de la jeune reporter April O'Neil et de son cameraman Vernon Fenwick…
Emmet, une personne ordinaire vivant à Bricksburg, est pris par erreur pour le « Spécial » (ou l'« Élu »), c'est-à-dire celui qui peut sauver l'univers face à Lord Business, un tyran maléfique qui se cache sous l'identité du Président Business et qui veut détruire l'univers Lego avec le « Kragle », une machine permettant de coller toutes les figurines Lego. Malgré lui, Emmet va devoir se battre contre cette menace, avec l'aide d'un vieux mystique, Vitruvius, d'une jeune femme robuste, Cool Tag (Wyldstyle en version originale, Rebelle en version québécoise), et du fiancé de cette dernière, Batman.
La société pharmaceutique Worthington a mis au point un « vaccin » permettant aux mutants de renoncer à leurs pouvoirs. Pour la première fois de leur histoire, un choix s'offre à eux : conserver leurs caractéristiques uniques mais également la méfiance de l'Humanité, ou bien abandonner leurs pouvoirs et devenir des êtres humains normaux. Malicia fait partie des mutants qui veulent renoncer à leurs pouvoirs.
Lucy Miller est une jeune femme vivant à Taipei (Taiwan). Prise dans un guet-apens par la mafia coréenne, elle est contrainte de faire la « mule » pour des trafiquants de drogue qui insèrent un paquet de poudre bleue dans son ventre, le CPH4, produit de synthèse expérimental. Elle est ensuite enfermée et violentée dans une cellule ; son agresseur la renverse à terre d'un coup de poing au visage puis lui donne des coups de pied à l'abdomen, ce qui déchire le paquet. La substance se répand dans son corps. Cela décuple ses facultés psychiques. Dès lors elle acquiert un savoir et des pouvoirs illimités, contrôle les ondes, l'électricité, la matière, le temps, le sommeil, peut changer d'apparence et acquiert des pouvoirs télékinétiques et télépathiques.
Léonidas est devenu roi de Sparte à la suite des épreuves rituelles spartiates dont il a triomphé. Il apprend d'un messager perse que le roi Xerxès envisage d'envahir la Grèce et de soumettre sa cité mais refuse de négocier un quelconque arrangement. Contre l'avis des éphores corrompus par l'or perse, il part à la rencontre de l'ennemi avec les 300 meilleurs soldats de sa cité, et est rejoint sur la route par Daxos et ses Arcadiens. Léonidas choisit de combattre l'armée perse dans le passage étroit et rocheux des Thermopyles, appelées les Portes chaudes dans le film. Il refuse d'enrôler Éphialtès, un Spartiate exilé, car celui-ci, bossu, ne peut lever convenablement son bouclier à cause de son handicap au dos et au cou.
En 965, les Géants des glaces de Jötunheim et leur roi Laufey lancent une invasion de la Terre à Tønsberg en Norvège. Odin, roi d'Asgard, prend la tête de son armée pour les combattre. Après une ultime bataille sanglante pour les deux camps à Jötunheim, Odin, éborgné, parvient à battre Laufey et s'empare de la source de pouvoir des Géants.
L'agent J, autrefois formé par son mentor, l'ex-agent K, continue de réglementer l'activité extraterrestre dans les rues de New York pour l'agence secrète MIB depuis 5 ans. Changeant en permanence de partenaires pour diverses raisons, il se voit confier par Z une nouvelle affaire de meurtre impliquant deux aliens. Durant cette enquête, J décide de ne pas respecter le règlement qui oblige à effacer la mémoire des témoins. Il s'apercevra vite que la terre est (à nouveau) en danger si la "lumière de Zartha" n'est pas très vite retrouvée. Malheureusement pour J, la seule personne sachant où se trouve cette lumière n'est autre que K, actuellement à la retraite. La mission se révèle d'autant plus difficile qu'il faut aider K à retrouver la mémoire avant que la puissante Serleena ne trouve elle aussi l'objet de toutes les convoitises, et ce avant minuit.
Sept ans après L'Affrontement final, Logan, l’éternel guerrier marginal, vit reclus dans les montagnes et fait difficilement le deuil de Jean Grey. Sur invitation donnée par Yukio, une mutante capable de lire l'avenir et de voir la mort des autres, il se rend au Japon où Yashida, un ancien officier japonais dont il a sauvé la vie en 1945 lors du bombardement de Nagasaki désormais mourant, lui propose un marché : en échange de sa capacité à guérir, il s'engage à le rendre mortel. Logan refuse.
Durant une mission au Moyen-Orient, l'espion britannique Harry Hart et presque tous ses agents échappent à la mort grâce au sacrifice de l'un d'eux. À son retour en Angleterre, il tente de réconforter la veuve de celui-ci. Mais celle-ci est inconsolable et refuse la médaille de bravoure que Harry lui offre ; aussi la donne-t-il à son jeune fils, Gary « Eggsy » Unwin ; cette médaille comportant un numéro de téléphone, à utiliser avec un mot de passe en cas d'urgence.
Enfant, le milliardaire Bruce Wayne voit ses parents assassinés par un voleur des rues, qui en voulait au collier de perles de la mère de famille. L'orphelin se jura de venger leur mort en se lançant dans une bataille à vie contre le crime organisé. Pour cela, il crée un justicier masqué nommé Batman, et cache cette identité secrète derrière celle d'une image de playboy flambeur.
Les X-Men sont à la recherche d'un étrange mutant dénommé Kurt Wagner qui s'est introduit dans le bureau ovale pour tenter d'assassiner le président des États-Unis. L'attentat a rendu l'opinion publique de plus en plus hostile contre les mutants. Alors que le Professeur Xavier et Cyclope rendent visite à Magnéto dans sa prison pour savoir s'il est impliqué, Xavier découvre qu'un certain William Stryker, un militaire qui semble en savoir long sur le passé de Wolverine, a soutiré des informations à Magnéto. Stryker, aidé par son assistante Yuriko Oyama, enlève le Professeur Xavier et Cyclope, puis lance un raid sur le manoir de la Fondation Xavier. Il s'empare des plans du Cerebro et de six élèves mutants. Parmi les rescapés, on compte Malicia, Pyro, Iceberg, Kitty Pryde, Colossus, Wolverine et d'autres élèves qui se sont échappés par les différents couloirs de sortie.