Trois ans après les événements du parc Jurassic World, les dinosaures, redevenus les maîtres d'Isla Nublar, se retrouvent soudainement menacés d'extinction lorsque le volcan de l'île, jusque là endormi, s'apprête à entrer en éruption. L'ancienne dirigeante du parc Claire Dearing, qui préside dorénavant une association pour la protection des dinosaures, se bat pour sauver les derniers dinosaures de la planète. Tout le monde lui tourne le dos jusqu'à ce qu'un dénommé Benjamin Lockwood, ancien collègue et ami de John Hammond, la contacte pour soutenir son projet. Celui-ci lui propose d'aller sauver les animaux piégés sur Nublar et de les amener dans un « sanctuaire » spécialement créé pour les protéger, loin des humains.
Elsa et Anna sont deux sœurs, princesses du royaume d'Arendelle, qui ont respectivement huit et cinq ans. Elles sont les filles du roi et de la reine d’Arendelle. Elsa, la grande sœur, possède le pouvoir de faire de la neige et de la glace d’un geste de la main ou du pied. Ensemble, elles s’amusent de cette magie dans la salle du trône faisant des bonhommes de neige et des glissades. Mais un jour Elsa blesse sa sœur Anna en lui jetant accidentellement une boule de neige à la tête. Après cet incident, Anna aura une mèche blanche dans les cheveux.
À la fin du XVIII siècle, dans un château proche d'un petit village français, vivait un jeune prince capricieux, égoïste et insensible. Pour avoir refusé d'abriter une fée déguisée en vieille mendiante, il est condamné à vivre sous l'apparence d'une bête monstrueuse jusqu'à ce qu'il puisse aimer une femme et s'en faire aimer en retour, ce qui le délivrerait du sortilège qui a frappé son château et ses habitants. Mais les années passent et la Bête perd peu à peu tout espoir de rompre un jour la malédiction.
Trois mois après la défaite de Syndrome dans le film précédent, la famille Parr - Bob, Hélène, Violette, Flèche et Jack-Jack - continuent d'opérer sous leur identité de super-héros, les Indestructibles. Le film commence à partir des derniers moments du film précédent, lorsque les Indestructibles ont essayé d'empêcher le Démolisseur de dépouiller la banque de Metroville. Ce dernier s'enfuit, et les autorités s'inquiètent de l'ampleur des dommages causés par l'incident. En conséquence, Rick Dicker informe la famille Parr que le programme « Super Relocation » de son département est en train d'être fermé, forçant les supers à travers le monde à prendre leur entière responsabilité en permanence et à oublier leurs identités secrètes. Avant de les quitter, il les place dans un hôtel pendant deux semaines. Bob et Hélène, ainsi que Lucius Best - le super héros Frozone - sont contactés par Winston Deavor, un fan de super-héros, philanthrope et magnat dans le domaine des télécommunications et propriétaire de DEVTECH, qui leur propose un coup de publicité pour regagner l'appui du grand public à l'égard des super-héros.
Dom et Letty sont maintenant en lune de miel à Cuba, Brian et Mia se sont rangés et ont accueilli une petite fille, et le reste de l'équipe est disculpé. Cependant, une nouvelle menace pèse à présent sur le groupe : une femme, une mystérieuse et redoutable cyberterroriste, force Dom à la rejoindre sur le chemin de la criminalité. Pour mettre fin aux agissements de Cipher et de Dom, l'équipe est obligée de collaborer avec un ancien ennemi qu'ils ne voulaient plus croiser : Deckard Shaw.
Tony Stark se remémore le nouvel an 2000 à Berne. Il y évite avec arrogance le scientifique Aldrich Killian pour passer la nuit avec la chercheuse Maya Hansen. Killian aurait voulu qu'il travaille avec lui pour développer son entreprise, Advanced Idea Mechanics (AIM). Hansen lui révèle le projet sur lequel elle travaille, Extremis, un gène d’auto-régénération. Cependant, le gène est instable et la plante soumise à Extremis explose.
Les Minions sont des petites créatures jaunes qui existent depuis la nuit des temps, ils sont l'évolution d'organismes unicellulaires jaunes qui n'ont qu'un seul but : servir les méchants les plus ambitieux de l'histoire. Après que leur stupidité a détruit tous leurs maîtres, dont un tyrannosaure Rex (tombé dans un volcan), un pharaon (écrasé sous une pyramide avec tout son peuple), Napoléon (ayant reçu un coup de canon) ou encore Dracula (exposé à la lumière du soleil), ils décident de s'isoler du monde et de commencer une nouvelle vie en Arctique. Une éternité après, en 1968, l'absence d'un maître les pousse dans la dépression. Kevin, Stuart et Bob (et Tim, son ourson en peluche) se mettent alors en quête d'un nouveau méchant. Ils se rendent à New York et, grâce à la famille Nelson, assistent à une convention de méchants, la Foire du Mal. Ils sont alors en concurrence pour le droit d'être les hommes de main de Scarlet Overkill, une méchante élégante et ambitieuse devenue la première femme super-méchante, déterminée à dominer le monde.
Le Soldat de l'Hiver (alias Bucky Barnes) a autrefois été reconditionné dans une base militaire soviétique sibérienne et hypnotisé à l'aide de certains mots. Quiconque prononce ces mots en russe plonge le Soldat de l'Hiver en transe et peut lui donner n'importe quel ordre sans qu'il puisse désobéir. C'est ainsi qu'en 1991, le Soldat de l'Hiver a provoqué l'arrêt brutal d'une voiture pour s'emparer dans son coffre d'une valise avec un étrange contenu.
Arthur, alias Aquaman, est un super-héros dont l'univers de prédilection est le monde aquatique. Préférant vivre dans le monde des humains à la surface, il va être entrainé dans une aventure afin de devenir le roi des océans.
Dévasté par la disparition d'Iron Man, son mentor, Peter Parker a pour projet de laisser son costume de super-héros derrière lui pendant quelques semaines afin de partir en vacances en Europe avec ses camarades lycéens, mais cette escapade est rapidement compromise quand il accepte à contrecœur d'aider Nick Fury à découvrir le mystère de plusieurs attaques de créatures, qui ravagent le continent.
Dans les années 1990, Carol Danvers devient l'une des héroïnes les plus puissantes qui aient jamais existé, lorsque la Terre est atteinte par un conflit galactique entre deux races extraterrestres, les Kree et les Skrulls.
Sur Cybertron, la guerre a jadis fait rage entre Decepticons et Autobots. Ces derniers sur le point de perdre détachèrent un vaisseau contenant une cargaison secrète mais l'astronef endommagé s'écrasa sur la Lune en 1961. Américains et Russes détectèrent l'impact et la course à la lune fut ainsi lancée. En 1969, la mission Apollo 11 finit par découvrir hors caméras les restes du vaisseau, ignorant l'Autobot qui y sommeille.
Les hobbits Frodon et Sam continuent leur route vers le Mordor, guidés par l'étrange Gollum. Leur plan est de passer par le haut col de Cirith Ungol mais ils ignorent encore que Gollum les mène droit à un piège mortel. De leur côté, les autres membres de la Communauté de l'Anneau, accompagnés par Gandalf, se retrouvent en Isengard au pied de la tour d'Orthanc, où Saroumane et son complice Gríma sont retenus prisonniers par les Ents. C'est là que Gandalf met la main sur le palantír de Saroumane avant que toute la compagnie ne reparte vers Edoras pour y fêter la victoire. Au cours de la nuit, poussé par sa curiosité, le Hobbit Pippin regarde dans le palantír, et se révèle à l'Œil de Sauron. Il y voit Minas Tirith, la cité blanche du Gondor, détruite et l'arbre blanc en feu. Cet aperçu du plan de l'ennemi pousse Gandalf à se rendre de toute urgence à Minas Tirith pour donner l'alarme.
Cinq ans se sont déroulés depuis la violente bataille de Chicago. Les Transformers sont désormais traqués et éliminés sans discernement afin de préserver la paix. Un groupe de scientifiques essaie de construire ses propres Transformers et repousse les limites de la technologie au-delà de ce qu'il peut contrôler. Cade Yeager, bricoleur de génie déniche un jour un vieux camion qui se révèle être Optimus Prime. Dès lors, Cade s'attire les foudres de la CIA qui ne cessera de le traquer, lui et les siens. Megatron est de retour avec un nouveau corps sous le nom de Galvatron. Lockdown, un chasseur de prime sous les ordres des créateurs des Transformers s'apprête à sortir de l'ombre. Les légendaires guerriers Dinobots plus forts que jamais seront le seul espoir à vaincre l'armée de Galvatron. La bataille fera rage, peut être même jusqu'à l'extinction.