Depuis les premières apparitions de monstres géants, la Terre s'est dotée d'une force armée spécialement entraînée pour lutter contre cette nouvelle menace, dont le fer de lance est une équipe de mutants. Un jour cependant, diverses créatures attaquent de façon simultanée les grandes capitales et l'armée se retrouve totalement dépassée. Un vaisseau spatial apparaît alors et fait disparaître tous les monstres. À son bord, des extraterrestres de la planète X qui viennent prévenir les terriens qu'une comète géante est sur le point de rentrer en collision avec la Terre. Godzilla, libéré de sa prison de glace, n'a d'autre choix que d'affronter les aliens, mais un ennemi plus fort que tous les autres apparaît sur Terre : Monster X, qui deviendra Keizer Ghidorah. Godzilla doit stopper le dragon tricéphale ainsi que le météore.
L'histoire se déroule en 2314, soit deux ans après la défaite des A-Laws et des Innovades menés par Ribbons Almark lors de la saison 2 de Gundam 00. Les Celestial Beings continuent de veiller sur la paix fragile qui s'est installé. Sur Terre, Saji Crossroad continue de veiller au chevet de Louise Halevy qui est toujours hospitalisée à la suite du traumatisme vécu lors de la dernière guerre, alors que dans l'espace, la princesse Marina Ismail et Shirin Bakthiar du Royaume d'Azadiztan supervisent la construction d'une nouvelle colonie spatiale.
Lex Luthor est le nouveau président des États-Unis. Superman et Batman sont les deux seuls héros à s'opposer au bien-fondé d'une telle présidence. Alors qu'une météorite issue de Krypton fonce sur la Terre, un combat s'engage entre nos deux héros et les autres super-héros désormais aux ordres de Lex Luthor.
Princess Snow Kaguya, une ennemie venue des confins de la galaxie, voyage sur son vaisseau-comète à la recherche d'une planète pour y établir son royaume de glace. Elle finit par repérer la Terre, qu'elle avait déjà convoitée il y a des siècles, avant que son projet ne soit avorté par Queen Serenity. Constatant que la Lune n'est plus habitée par les protecteurs de la Terre, elle envoie sur la planète bleue des fragments de sa comète pour préparer son invasion. Ceux-ci déclenchent des tempêtes de neige aux quatre coins du monde. L'un de ces fragments est retrouvé par Kakeru Ozora, un jeune astronome qui avait détecté l'étrange comète habitée par Princess Snow Kaguya.
Un extraterrestre (Matthias Hues) débarque sur Terre à la recherche d'une substance que l'on peut considérer comme étant une drogue, qu'il puise chez les humains en leur lançant une sorte de câble avec au bout une seringue avec laquelle il puise le liquide. Il est poursuivi par un policier extraterrestre (Jay Bilas) et par un policier violent (Dolph Lundgren) à qui on donne un équipier (Brian Benben). Tous trois se mettent à la recherche du criminel.
Nous sommes en 2079. Les extra-terrestres d'Alpha du Centaure (ou Centauriens) essayent d'envahir la Terre depuis plus d'une décennie. Spencer Olham est à la tête d'un programme secret gouvernemental visant à la création d'une arme permettant l'anéantissement final des Centauriens. Une fois ses travaux terminés, le major Hathaway le fait soudainement arrêter pour haute trahison. Spencer est soupçonné d'être un réplicant à la solde des Centauriens. Il arrive toutefois à s'échapper, mais ne sait plus à qui faire confiance. Sa femme Maya travaille dans un grand hôpital militaire ; elle doit pouvoir l'aider à prouver qu'il est vraiment humain.
Sam Nivens, jeune agent de l'Office of Scientific Intelligence, est envoyé en mission à Ambroose, petite bourgade de l'Iowa, en compagnie de son père Andrew Nivens, directeur de l'O.S.I, et Mary Sefton, une brillante scientifique de la Nasa experte en morphologie extraterrestre. Ils sont confrontés à un type d'invasion alien pouvant parasiter les êtres humains.
Hal Jordan intègre le Green Lantern Corps et est placé sous la responsabilité de l'officier supérieur Sinestro. Hal Jordan va découvrir que son mentor fait partie d'une conspiration visant à démanteler le Green Lantern Corps.
Dans un univers parallèle, Lex Luthor et le Joker (nommé "Jester") sont des héros. Après avoir dérobé un élément technologique dans un des repères secrets du Syndicat du Crime, une version maléfique de la Ligue des Justiciers d'Amérique, ils tentent de s'échapper mais Jester doit se sacrifier en emportant avec lui les doubles maléfiques de J'onn J'onzz et de Hawkgirl. Lex Luthor se retrouve alors seul pour affronter le reste du Syndicat du Crime mais parvient à se téléporter vers l'univers de la Ligue des Justiciers d'Amérique.
Lex Luthor vaincu, un nouveau défi attend nos deux héros. Batman trouve une jeune Kryptonienne qui s'écrase à bord de son vaisseau dans la baie de Gotham City. Superman et lui l'aideront à trouver sa place sur sa nouvelle planète d'adoption : la Terre. Mais c'est sans compter sur les efforts redoutables de Darkseid pour s'approprier ce jeune talent.
Alimenté par la haine et la jalousie, Lex Luthor monte un complot élaboré ayant pour but de tuer l'homme d'acier. Luthor parvient à atteindre son objectif en empoisonnant Superman par rayonnement solaire, celui-ci meurt alors petit à petit. Avec les quelques semaines qui lui reste à vivre, il réalise les rêves de sa vie, en particulier révéler sa véritable identité à Lois Lane, jusqu'à ce que Luthor révèle son plan ultime pour contrôler le monde sans qu'il n'y ait de héros pour l’arrêter. Ses forces l'abandonnant, Superman s'engage dans une bataille mortelle contre Luthor, bataille pouvant mettre fin au plus grand protecteur de la Terre.