La légende dit qu'autrefois, Aaron, l'Aura Gardien, aidé de son Pokémon Lucario, réussit à arrêter une terrible guerre. Au Palais Cameran, les habitants organisent chaque année un tournoi Pokémon pour le célébrer. Sacha y participe et gagne, obtenant ainsi le titre d'Aura Gardien. Mais le Pokémon légendaire Mew apparait alors et kidnappe Pikachu ! Lucario fait irruption et emmène Sacha et ses amis dans un périple à destination du mystérieux Arbre des Origines qui est protégé par les Golems Regirock, Regice et Registeel.
Shekhar Subramanium, créateur de jeux vidéo, est un époux aimant et un père affectueux. Mais, tandis qu'il a une conception traditionnelle de ses productions dans laquelle le héros doit faire triompher le Bien, son fils Prateek, un préadolescent branché, n'a d'admiration que pour les « méchants ». C'est donc pour se faire valoir aux yeux de son fiston que Shekhar met au point un jeu dans lequel le personnage négatif, Ra.One, qui est quasiment invincible contrairement à G.One, le héros. Prateek, alias Lucifer, réussit à atteindre le niveau 2 du jeu, ce qui déplaît à Ra.One qui parvient à entrer dans la vie réelle afin d'éliminer Lucifer. Alors que Shekar est tué en protégeant son fils, G.One, qui a les traits de Shekhar, accède également au monde réel pour défendre Prateek et sa mère. La lutte entre Ra.One et G.One est sans merci.
Une météorite s'écrase sur la Terre, libérant Deoxys, visiteur de l'espace. Rayquaza, gardien de la Terre, descend exceptionnellement sur notre planète pour tenter désespérément de détruire Deoxys... Sacha et ses amis vont se retrouver malgré eux au beau milieu de cette bataille de titans !
Tous les mille ans, une comète passe près de la terre pendant une période de sept jours. C'est durant cette période que le Pokémon souhait Jirachi sort de son sommeil.
Kevin Flynn, un programmeur de génie de jeux vidéo, travaille pour l'éditeur ENCOM. Mais la paternité des jeux qu'il développe est usurpée par un de ses collègues, Ed Dillinger qui, devenu président d'ENCOM, parvient à le faire licencier.
Sacha et ses amis font la connaissance d'Éric, le responsable de la résidence pour Pokémon. Nos héros visitent les lieux et sortent leurs Pokémon qui s'amusent avec tout les Pokémon du jardin. Sacha s'éloigne et rencontre deux Genesect dont un est rouge. Sacha et le Genesect chromatique ayant la capacité de parler comme les humains font connaissance et Sacha monte sur le dos de Genesect pour faire un petit tour. Tout en haut d'un immeuble, on voit Mewtwo avec un flashblack de son passé. Pendant ce temps, Genesect apprend qu'il est le fruit d'une expérience créée par la Team Plasma et qu'il existe quatre autres Genesect. Il devient fou et détruit toute la ville.
Le film raconte l'histoire d'Alex Rogan, un jeune homme qui vit avec sa mère et son petit frère dans un parc de maisons mobiles (une communauté de mobile homes) nommée le « Starlite Starbrite ». Alex partage son temps libre entre sa petite amie Maggie et les habitants du caravaning, qui ne cessent de lui demander son aide pour qu'il leur rende de petits services. Voulant poursuivre ses études, sa demande de bourse étudiante lui est cependant refusée, ce qui fruste Alex, en colère face à son existence qu'il estime n'aller nulle part.
Sacha, Pikachu et leurs amis traversent une forêt en se rendant à la Ligue Johto. Ils découvrent un jeune garçon inconscient et un mystérieux Pokémon légendaire, Célébi, qui a le pouvoir de voyager à travers le temps ! Mais au cours de leur voyage dans le temps, ils ont été poursuivis par un des plus grands officiers de la Team Rocket, accompagné d'un puissant Mécha...
Après la brutale disparition d'un de leurs amis, un groupe d'adolescents se trouve en possession de Stay Alive, un jeu vidéo d'horreur vaguement basé sur la véritable et glaciale histoire d'une femme de la noblesse hongroise du XVII siècle, la comtesse Élisabeth Báthory.
Autrefois, le Peuple des Mers construit un temple et y cacha un trésor : la Couronne des Mers. De nos jours, Sacha et Pikachu rencontrent Lizabeth, descendante du Peuple des Mers et Jackie, Pokémon Ranger chargé de protéger un oeuf de Manaphy et de trouver le Temple. Soudain, les voilà attaqués par Fantôme le pirate qui projette de conquérir le monde et voler la Couronne des Mers, mais pour cela il a besoin de cet oeuf.
Diancie est un fabuleux Pokémon qui est la princesse du royaume des diamants. Ce royaume est essentiellement constitué de Stassie. Cependant, le joyau qui permet à ce royaume de ne pas disparaître est en train de mourir et c'est à Diancie de le restaurer. Cependant, cette dernière n'a pas assez d'énergie pour accomplir la renaissance du joyau et elle part donc à la recherche de Xernéas, qui grâce à son mystérieux pouvoir, lui permettrait d'avoir la force suffisante pour sauver son royaume. Par pur hasard, alors qu'elle est traquée par deux frère et sœur ennemis, elle va croiser Sacha et ses amis qui vont la défendre. Le périple se poursuit alors que Diancie cherche Xernéas (qu'elle peut repérer grâce à l'aura féerique qu'il dégage). Le groupe se retrouve dans une forêt sombre et interdite car elle a été ravagée par un incendie. Cependant, Xernéas est dans cette forêt ainsi que la Team Rocket et les bandits voulant Diancie car elle a le pouvoir de créer des diamants à volonté. Durant un affrontement entre les méchants et Sacha, Séréna, Clem et Lem, un mystérieux cocon se réveille et se fissure. Yveltal, le pokémon légendaire sort de son sommeil et transforme en pierre une partie de la forêt ainsi que des Pokémon dont Pikachu... La situation semble perdue lorsque Xernéas apparaît et calme Yveltal qui retourne sous la forme de cocon. Il offre ensuite le pouvoir nécessaire à Diancie, puis libère de la pierre la forêt et les Pokémon avant de retourner sous la forme d'arbre. Diancie réussi à sauver son royaume à temps et après l'adieu habituel de chaque film, Sacha et ses amis reprennent leur route.
Sacha et son Pikachu arrive à Fula où se tient l'annuel Festival du Vent. Cette célébration honore le Pokémon légendaire Lugia qui avait fait don de ses vents à la ville après avoir vu les liens qui unissaient les Pokémon et leurs dresseurs. Mais les festivités tournent au cauchemar: les vents s'arrêtent soudainement de souffler et la Team Rocket diffuse accidentellement un nuage toxique sur la ville. Sacha doit alors s'allier de compagnons insolites afin de sauver les habitants: un menteur compulsif, la fille du maire, une vielle dame refusant tout contact avec les Pokémon, un scientifique timide et une athlète en manque de confiance. Alors que tous coopèrent pour sauver le festival, un Pokémon mystérieux, Zeraora, tâche de sauver les Pokémon de la forêt.
Les frères Mario, Mario et Luigi, sont deux plombiers italo-américains de Brooklyn. Ils se retrouvent transportés dans une autre dimension où ils doivent affronter le roi Koopa, dictateur d'un peuple constitué de dinosaures ayant évolué en humain. Koopa a kidnappé Daisy, jeune et belle archéologue, qui détient une pierre possédant un pouvoir mystérieux.
Sacha, Pikachu et leurs amis Pokémon tentent de mettre fin aux agissements de deux bandits qui se cachent à Alto Mare, une ville constituée d'eau. Se joignent à l'aventure deux nouveaux Pokémon, un frère et une sœur se nommant Latios et Latias.
Dans une ville déserte au bord de mer, Sacha, Pikachu et leurs amis rencontrent Hoopa, le Pokémon fabuleux qui a le talent de faire apparaître des personnes et des Pokémon grâce à ses anneaux magiques. Suite à un incident effrayant, une histoire ancienne leur apprend que les méfaits d'un Pokémon terrifiant ont été arrêtés il y a bien longtemps par un héros courageux. La menace, enfouie pendant de nombreuses années, est désormais prête à se déchaîner à nouveau ! Sacha peut-il aider son nouvel ami à surmonter son côté obscur... ou un secret dangereux va-t-il se transformer en un choc de légendes ?