En 1962, Albert Narboni, épicier heureux de vivre en Algérie française, est contraint de partir en exil avec sa famille au moment de l'indépendance de l'Algérie.
Le film, à travers le destin croisé de plusieurs personnes, retrace les évènements qui ont mené au massacre du 17 octobre 1961 à Paris, où plusieurs dizaines à centaines de Nord-Africains furent tués par la police lors d'une manifestation pacifique en faveur de l'indépendance de l'Algérie et contre le couvre-feu auquel ils étaient astreints.
Algérie, 1960. Une section de parachutistes français est envoyée à la recherche d'un avion disparu dans le désert. L'épave de l'avion est rapidement localisée, mais il n'y a aucun survivant, juste une mallette estampillée « secret défense. » Assaillie par des soldats ennemis de l'ALN, la troupe trouve alors refuge dans une étrange citadelle qui semble abandonnée. Malgré les mises en garde de la gardienne des lieux, ils réveillent les Djinns, les esprits maléfiques du désert qui font s'entretuer les hommes de la patrouille.
En avril 1961, dans le massif de l'Aurès, un commando, formé d'appelés bretons, affronte un groupe de l'Armée de libération nationale : il fait un prisonnier algérien. Le soldat français blessé au cours de l'accrochage, instituteur dans le civil, se rappelle les événements qu'il a vécus avec ses camarades au cours des derniers mois : leur opposition à la guerre en Algérie les a conduits dans un camp réservé aux insoumis ; il se remémore la façon dont leur chef a su les transformer, de jeunes Bretons antimilitaristes qu’ils étaient, en redoutables chasseurs de fellaghas, prêts à tuer et y prenant goût. Tous sauf lui, cèdent progressivement à l'escalade de la violence.
Atteint d'un cancer du poumon, un officier de la marine nationale française se voit confier un ultime commandement après l'avoir expressément réclamé, celui de l'escorteur d'escadre Jauréguiberry dont c'est également la dernière mission avant son désarmement. Il est chargé de l'assistance et de la surveillance de la grande pêche sur les bancs de Terre-Neuve. Le commandant mène aussi une quête personnelle, enracinée dans les guerres coloniales françaises depuis un évènement sur le Mékong en 1948 : croiser une dernière fois un homme qu'il a connu, devenu patron d'un chalutier. Le déroulement du film révèle qu'il avait donné sa parole à cet homme, parole qu'il n'avait pas pu tenir en raison de divers événements politiques. On peut supposer que, durant toute sa vie qui maintenant s'achève, il a souffert de ce manquement.
En Algérie dans les montagnes de Kabylie, en 1959, à la suite d'une escarmouche entre deux patrouilles françaises épaulées par des harkis s'étant mutuellement prises pour des combattants indépendantistes de l'ALN, un lieutenant est tué.
Inspiré de faits réels. L'histoire parcourt l'Algérie des années 1930 aux années 1960, racontant le destin de Younes, jeune Algérien élevé comme un pied-noir par son oncle. Il traverse les tragédies vécues par son pays, dont l'attaque de Mers el-Kébir et la guerre d'Algérie, sur un fond d'histoire d'amour impossible.
Le capitaine Leblanc, officier de la Légion étrangère, est chargé de conduire un groupe ayant pour objectif de capturer Ben Bled, un responsable FLN. La première partie de l'opération réussit, mais le retour se révèle d'autant plus difficile que la situation politique a évolué en raison des pourparlers de paix.
Dans une Algérie colonisée par la France, au fin fond de la campagne (aux Aurès), une mère cherche désespérément son fils raflé par l’armée française et incarcéré depuis plusieurs semaines dans un camp.
Élise s'ennuie à Bordeaux. Elle a l'impression de ne pas vivre la vraie vie. Elle monte à Paris rejoindre son frère Lucien. Il est ouvrier et sympathisant du FLN. Bientôt, Élise est poussée par la nécessité à travailler en usine. Elle y rencontre et se lie avec Arezki, un militant algérien. Leur liaison amoureuse est rendue difficile par le racisme environnant et, de surcroît, dangereuse en raison d'une étroite surveillance policière. Lucien meurt. Quand Arezki est arrêté, Élise retourne à Bordeaux.
Paris, été 1960. Michel doit bientôt partir en Algérie pour le service militaire. En attendant, il est machiniste à la télévision et fait la connaissance de Liliane et Juliette, deux amies inséparables comme des amandes « philippines ». Michel songe à ses derniers jours de liberté, quitte son travail et part en vacances sur les routes de Corse où les deux filles décident de le rejoindre.
Septembre 1962. Hélène Aughain, femme au début de la quarantaine et antiquaire à domicile, vit à Boulogne-sur-Mer avec Bernard Aughain, son beau-fils qui revient d'Algérie. Elle fait revenir son amour de jeunesse, Alphonse Noyard, un homme dissimulateur, charmeur et habile. Il arrive accompagné d'une jeune femme, Françoise, actrice débutante, qu'il fait passer pour sa nièce. Hélène les accueille et la cohabitation des membres du groupe va s'avérer source de tensions : rémanence des histoires propres à chacun, résolution du passé et amours contrariées.
Thomas Vlassenroot, jeune Luxembourgeois, a combattu en Kabylie dans la Légion étrangère française pendant la guerre d'Algérie. En 1961, après le putsch des généraux et alors que l'OAS tentait de conserver l'Algérie à la France, Thomas a déserté et s'est réfugié à Alger chez son amie Maria. Son lieutenant, passé à l'OAS, lui propose de participer à une opération de commando : il s'agit d'enlever une avocate, Dominique Servet, venue défendre deux révolutionnaires algériens. En paiement, Thomas recevra assez d'argent pour rentrer au Luxembourg. L'enlèvement est mené à bien, avec l'aide d'un pied noir, Amério. Dominique est incarcérée en compagnie d'un autre prisonnier, Félicien, sous la garde d'Amério et de Thomas. Celui-ci, apitoyé par la jeune femme, l'aide à s'échapper après avoir abattu Amério.
Lors d'un débat télévisé sur la guerre d'Algérie au début des années 1980, le professeur Paulet (Jean Vigny) dénonce les méthodes du capitaine Caron (Jacques Perrin), tué au combat en 1957. La veuve du capitaine, Patricia (Nicole Garcia), décide d'intenter un procès en diffamation à Paulet. Elle est représentée par son oncle bâtonnier (Georges Wilson) et par une amie, la jeune avocate Maître Valouin (Claude Jade) de Quimper ; Paulet, lui, est défendu par Maître Gillard (Charles Denner).
C'est un film de fiction historique : Dans l'Algérie coloniale, un indigène s'engage dans l'armée française après que des colons ont assassiné les siens le jour de son mariage. Il est muté par la suite en Indochine.