Promettant à un condamné à mort de recueillir les éléments nécessaires à sa disculpation avant son exécution,
Zatoichi croise la route d'un prêtre imposteur et d'une beauté fatale, avant de confronter un notable corrompu.
Au cours de son voyage, Zatoichi croise la route d'un vieux forgeron, qui le prévient de la prochaine "cassure" de sa fameuse épée. Le masseur prend al nouvelle comme un cadeau du ciel et décide de finalement tenter de se poser; mais l'appel aux armes ne se fait pas attendre très longtemps, ses employeurs étant menacés par un redoutable chef de yakuza prenant le contrôle de la région en collaboration avec un notable corrompu.
In Genoa Francesca, a girl with a purplish birthmark on his left cheek, and Luca, a blind musician, live lonely lives marked by a deep unhappiness. Their casual meeting at the Aquarium of Genoa will give rise to a tormented love story.
Le film s'inspire de la vie de Mirco Mencacci, un ingénieur du son italien aveugle qui réussit à surmonter son handicap et à réaliser ses rêves. L’histoire se passe en 1971 en Italie à Pontedena, une ville en Toscane. A 10 ans, Mirco Balleri remarque un fusil situé au-dessus de la cheminée. Pour s'en saisir, il monte sur un tabouret qu’il a posé sur une chaise : il perd l’équilibre, tombe par terre et lâche l’arme qui se déclenche et le blesse. A partir de ce jour, Mirco ne voit plus que des taches de lumière, en d’autres termes il est devenu malvoyant. Dans les années 70, les non-voyants ne pouvaient pas accéder à l’école ordinaire. C’est pourquoi, cet accident bouleverse la vie de Mirco car il ne peut aller à l’école avec ses camarades. Il est placé en institut spécialisé catholique dirigé par le directeur Cassoni, lui aussi non-voyant. Les personnes qui s’occupent de l’internat et de l’infirmerie sont des sœurs quant au professeur présent, il s’agit d’un prêtre. Dans cet institut à Gênes, les enfants apprennent les métiers de standardistes et de tisseurs de chaises. Lors de son arrivée, le petit garçon a décidé de ne pas apprendre le braille. Après s’être bagarré avec Valerio, forte tête de l’école. Puni dans la salle des professeurs, il découvre la présence d’un magnétophone qu’il utilise pour réaliser son devoir de sciences. Lors de la remise du travail, l’abbé Giulio le félicite, mais le directeur ne le soutient pas car il a utilisé le magnétophone sans permission. Un soir, Mirco se rend compte qu’il est devenu complètement aveugle.
Sur son éternelle route, Ichi est chargé par un mystérieux homme de remettre une lettre à une jeune femme. Arrivé à sa destination, une ville tenue par le corrompu Jinbei, il apprend que son commanditaire n'était autre qu'un assassin en fuite, cherchant à recontacter sa soeur. Ordonné par Jinbei, il a tué un homme avant d'être trahi et exilé sur une île. Ayant juré vengeance, Zatoichi aura une nouvelle fois fort à faire pour sauver la vie de l'homme, s'occuper de l'enlèvement de sa colocatrice, croiser les fantômes de sa jeunesse et rétablir la justice.
A bord du navire qui l'emporte vers la région du Mont Fuji, Zatoïchi s'immisce dans une partie de dés. Avec sa ruse habituelle, il dépouille une bande de yakuzas. Sitôt débarqué, ces derniers vont tendre un piège au masseur roublard. L'affrontement tourne court mais blesse accidentellement la fillette d'une artiste ambulante. Embarrassé, Zatoïchi promet à la mère de gagner l'argent nécessaire à l'achat du coûteux remède qui pourra sauver l'enfant de la gangrène. Il est aidé en cela par Tadasu Jumonji, un samouraï errant pour lequel il s'est pris d'amitié au cours de la traversée : car celui-ci est amateur d'échecs, jeu qu'affectionne aussi le masseur. Leur mission accomplie, les deux hommes continuent de cheminer ensemble vers le Mont Fuji, prétextant la moindre halte pour tâter de l'échiquier.
Au cours de ses nombreux périples, Zatoichi croise la route d'un prêtre aveugle, qui va remettre en question la philosophie même du bretteur aveugle et lui reprocher d'avoir donné "le mauvais exemple" à un jeune garçon en ripostant aux railleries d'un groupe de yakuzas par la violence. Les tentatives de rachat se soldent malheureusement par un échec, renvoyant péniblement le masseur à sa malédiction de ne vivre que pour combattre…