Ancien membre de la Delta Force, puis agent spécial du FBI, Frank Castle s'apprête à prendre sa retraite pour vivre une vie paisible aux côtés de sa femme et de son fils. Sa dernière opération a coûté la vie du fils de Howard Saint (John Travolta), parrain de la mafia, et celui-ci veut se venger. Ses hommes tuent la femme et le fils de Frank Castle ainsi que toute sa famille, et laissent ce dernier pour mort. Mais Frank survit, et décide de se venger à son tour de Saint, sous le costume du justicier The Punisher.
Frank Castle est de retour. Il s'attaque désormais au terrible mafieux Billy Russoti. Défiguré par Castle, Russoti est à présent surnommé Jigsaw et a mis sur pied une équipe de malfrats redoutables. Le Punisher devra faire face à ce terrible adversaire tout en échappant à la justice.
Après la mort de sa femme et de ses filles, Frank Castle veut tuer tous les mafieux de la ville, dont Gianni Franco. Mais le fils de celui-ci est enlevé par un gang japonais, et le Punisher se voit contraint de faire équipe avec lui pour libérer l'enfant à condition qu'il l'achève après.