Deux reporters, Ichiro Sakai et Junko Nakanishi, sont envoyés sur un site industriel dévasté par un violent cyclone. Ils y découvrent une étrange substance.
Dans la Vallée des fées (Pixie Hollow en VO) que dirige la reine Clarion, naît la Fée Clochette. Désignée par la magie des lieux comme une fée « bricoleuse », elle souhaite aller dans l'autre monde, celui des humains. Mais la règle de la vallée n'autorise à s'y rendre que les fées de la nature : les fées des eaux, des jardins, des animaux, de la lumière et voltigeuses. À l'image de ses amies Rosélia (Rosetta en VO), fée des jardins, Iridessa, fée de la lumière, Ondine (Silvermist en VO), fée de l'eau et Noa (Fawn en VO), fée des animaux, Clochette tente de devenir une fée de la nature mais crée beaucoup trop de problèmes et saccage la préparation du printemps. Mais elle se rappelle qu'elle est bricoleuse et fabrique des machines qui permettent de travailler plus vite et de tout réparer. Elle va alors aider ses amies et sauver la préparation du printemps. Grâce à cette aide précieuse sans laquelle le printemps dans l'autre monde aurait été retardé, la Reine Clarion donne l'autorisation exceptionnelle à Clochette de se rendre dans l'autre monde pour le printemps.
Pendant l'automne, la fée Clochette se voit confier le soin de créer un trésor capable de régénérer le Lutin de l'Arbre à poussière. Mais quand son ami Terence lui offre son aide, son tempérament et son obstination ont raison d'elle, au point de démolir sa création et son amitié pour lui. Pour réparer cela, elle entame un périple vers le nord du Pays Imaginaire, où elle découvrira un trésor bien plus important encore.
Quand la petite Anabel Greening apprend que son père, qui conduit une calèche dans Central Park, a postulé pour le rôle vedette d'un grand spectacle musical, elle est fort inquiète. S'il échoue, adieu la vie citadine. Elle sera obligée de partir pour le Nebraska. Quel cauchemar! Aussi demande-t-elle l'aide des fées. C'est alors que surgit Murray, un magicien plein de bonnes intentions mais inepte qui tout de go transforme son papa en statue de pierre. De plus une méchante fée s'est introduite au congrès national des fées pour leur dérober leur baguette magique.
Les Trix sont de retour : elles veulent siéger sur le trône de l'Empereur pour obtenir son pouvoir. En essayant, elles libèrent sans faire exprès Politéa. Maudite, elle s'allie avec les Trix. Elle leur dit qu'il faut récupérer Tritannus pour activer le trône de l'empereur et qu'elles auront besoin de la force vitale d'un Roi. Les Trix penseront à Sky, le roi d'Eraklyon, mais surtout le petit ami de Bloom. Bloom et Sky passent une journée ensemble à Gardenia. Les Trix kidnappent Sky, Bloom ne peut rien faire toute seule contre les Trix. Les Winx aideront Bloom à sauver Sky mais aussi pour l'équilibre de tout l'Océan Infini.
Un étrange astéroïde s'écrase sur Terre et l'équipe du professeur Murai part enquêter sur place. Pendant ce temps, une femme étrange prétendant être une Martienne annonce que, si l'humanité ne se repent pas, elle sera détruite. La Martienne prophétise le retour de Godzilla et Rodan, ainsi que la venue d'un monstre de l'espace appelé King Ghidorah. Les prophéties se réalisent et Ghidorah sème la terreur. Seule solution : Godzilla, Rodan et Mothra doivent accepter de coopérer pour vaincre le monstre de l'espace.
Prêt à tout pour retrouver son frère, Yata, disparu en mer, Ryota vole un yacht et embarque avec Ichino, un ami, peu intelligent. Le yacht appartient a Yoshimura, un cambrioleur. Il part également avec eux. Une fois arrivé près de l’île de Letchi dans les mers du sud, le bateau est attaqué par un crustacé géant, Ebirah. Ils se retrouvent donc coincés sur cette île. L’île est gouvernée par l’organisation du Bamboo rouge. Cette organisation exploite les indigènes. Ryota et ses amis rencontre une habitante de Infant Island et se reposent dans une grotte. Celle-ci leur apprend que Mothra peut venir les aider. Mais Mothra ne pourra pas combattre Ebirah et secourir les prisonniers. Ils décident alors de ressusciter Godzilla, bloqué par des rochers. Ils espèrent qu’il pourra battre Ebirah.
À la fin du XX siècle, les monstres sont parqués sur l’île d’Ogasawara. Ils sont retenus sur l’île par des moyens prodigieux. Mais un jour, les barrières se dissipent et les monstres s’évadent. L’équipe du SY-3 est chargée d’enquêter. Ils se retrouvent face aux Kilaaks, des extraterrestres, auteurs du dysfonctionnement. Ils prévoient d’utiliser les monstres de l’île pour prendre le contrôle de la planète. Les monstres attaquent les capitales des plus grands pays simultanément. Un seul moyen de les arrêter, couper la liaison mentale entre les monstres et les Kilaaks.
Ce film aborde le thème du folklore païen, de la possession, du paganisme, de l'animisme, des hallucinogènes, de la parapsychologie et des fées. Il s'inspire de l'affaire des fées de Cottingley.
D'après le catalogue Pathé:
« C'est l'hiver, La neige tombe. L’aspect désolé de la campagne jette sur ce tableau sa note mélancolique. Une pauvre paysanne attend son mari, parti chercher du bois dans la forêt. Quand il arrive enfin, ils se lamentent sur leur triste sort. S’ils avaient seulement un enfant ! Ce vœu a été entendu par la fée Printemps qui leur apparaît. D’un coup de sa baguette magique, elle transforme le décor qui se change en un paysage riant et fleuri. Eux-mêmes sont recouverts de riches costumes. La fée appelle les fleurs qui viennent dans sa main former un magnifique bouquet aussitôt changé en un joli bébé rose qu’elle leur remet. Puis elle disparaît les laissant au comble de leur joie et de leurs désirs. »
La princesse Azurine est fiancée au prince Bel-Azor en présence des fées-marraines. Mais le Roi a oublié d'inviter la Sorcière qui, furieuse, se venge en faisant enlever la princesse pendant son sommeil. Bel-Azor se lance à sa recherche avec l'aide de la fée Aurora. Après bien des aventures et des épreuves, il la délivre et l'épouse au milieu des réjouissances de la Cour.
Une ancienne attraction de parc à thème en 3D à Sanrio Puroland. Un vaisseau spatial appelé Terre est envoyé pour enquêter sur la disparition de son homologue sur une planète pleine de monstres au-delà de notre système solaire. Une fois sur place, il repère rapidement le vaisseau abattu et est rapidement attaqué par Mothra et Rodan. Elle repère Godzilla et ouvre le feu sur lui, donnant à la Planète le temps de s'échapper.