C'est l'histoire d'un amour impossible entre Babi, une jeune fille de 17 ans issue de la haute société et de Hugo (surnommé "H"), un jeune homme rebelle, insouciant, mal dans sa peau, qui a l'habitude de ne sortir qu'avec des filles plus extravagantes... Alors que tout les oppose, ils tombent amoureux. Et s'ensuit une histoire pas comme les autres.
En 1945, alors que la Seconde Guerre mondiale s'achève, trois personnes frappent à la porte d’une maison isolée, perdue dans le brouillard, sur l'île de Jersey. Une jeune femme pâle leur ouvre. Il s’agit de Grace, mère de deux enfants atteints d’une maladie rare et incurable (ils sont atteints de protoporphyrie érythropoïétique), et qui attend toujours des nouvelles de son mari, parti au front. Ces trois personnes, Monsieur Tuttle, Madame Mills et Lydia, une jeune fille muette depuis un mystérieux traumatisme, sont d'anciens domestiques de la maison à la recherche d’un travail. Grace, qui a justement besoin de domestiques et d’une nouvelle nounou pour s'occuper des enfants, les engage.
Un couple et ses trois garçons partent en vacances en Thaïlande, à Khao Lak. Ils arrivent la veille du terrible Tsunami du 26 décembre 2004. Surpris par la vague géante au moment où ils sont dans la piscine de leur hôtel, ils sont séparés en deux groupes mais réussissent à survivre malgré de graves blessures. Au milieu du chaos, de toutes ces personnes traumatisées perdues et endeuillées, ils continuent leurs recherches, ne lâchent pas prise et vont se retrouver.
Ruiné, le courtier Jeffrey Desange tue sa femme avant d'emmener ses enfants, Victoria, trois ans, et Lily, un an. Conduisant dangereusement vite sur une route enneigée, Jeffrey a un accident. Il emmène ses filles dans une cabane abandonnée. Prévoyant de les tuer avant de se suicider, il s'apprête à passer à l'acte, lorsqu'une étrange silhouette, indistincte aux yeux de Victoria dont les lunettes sont cassées, le tue. Plus tard, la silhouette réapparaît pour apporter de la nourriture aux deux filles.
Tout est normal sur la planète 51. Le ciel est bleu, les habitants sont vert pomme et les Cadillacs volent. Lorsque Chuck, un astronaute venant de la planète Terre, aussi futé qu'une huître, y déboule avec sa fusée, les habitants s'enfuient en hurlant.
Raimunda vit à Madrid avec son compagnon Paco, et sa fille de 14 ans, Paula. Par un jour de grand vent, elle se rend dans son village natal avec sa sœur Sole pour entretenir la tombe de ses parents, morts trois ans auparavant dans un incendie. Elle en profite pour rendre visite à sa tante Paula qui perd un peu la tête.
Au printemps 1944, la guerre d'Espagne est achevée depuis 5 ans, et l'Espagne est désormais sous la coupe de Franco. Les maquisards se terrent dans les montagnes. La jeune Ofelia, une enfant rêveuse aimant les contes de fées, voyage avec sa mère Carmen, enceinte et de constitution fragile. Celle-ci est partie rejoindre son nouveau mari, le tyrannique et sanguinaire capitaine Vidal de l'armée franquiste, qui a pour tâche d'éliminer la résistance des maquisards dans la région. La nuit de son arrivée, Ofelia est guidée par un étrange insecte qu'elle prend pour une fée, et découvre au cœur d'un antique labyrinthe voisin de sa nouvelle maison un faune inquiétant. Il lui révèle qu'elle serait la réincarnation de la princesse Moanna, du monde souterrain et égarée sur la Terre. Pour en être certaine et afin de retrouver ses vrais parents, Ofelia doit réussir trois épreuves. Pendant ce temps, Vidal assassine sauvagement deux paysans qu'il suspecte d'être affiliés à la guérilla anti-franquiste.
Rafa (Dani Rovira) n'a jamais quitté sa ville natale (Séville), jusqu'à ce qu'il rencontre une fille du nom d'Amaia (Clara Lago), qui résiste à ses techniques de séduction. Après avoir passé la nuit chez Rafa, Amaia oublie son sac à main chez lui. Contre l'avis de ses amis, Rafa la suit jusqu'au Pays basque. Une série de malentendus contraint Rafa à se faire passer pour un Basque pur-sang avec huit noms, et il devient de plus en plus empêtré dans son personnage pour arriver à ses fins. Rafa refuse de se marier avec Amaia.
Laura a passé son enfance dans un orphelinat entourée d'autres enfants qu'elle aimait comme ses frères et sœurs. Adulte, elle retourne sur les lieux avec son mari et son fils de sept ans, Simon, avec l'intention de restaurer la vieille maison et d'en faire un lieu d'accueil pour enfants handicapés. La demeure réveille l'imagination de Simon, qui commence à se livrer à d'étranges jeux avec « ses amis invisibles ». Le jour de l'inauguration du nouvel établissement, une dispute éclate entre Simon et Laura : Simon refuse de descendre pour accueillir les nouveaux arrivants (les enfants handicapés) ; refusant de céder à un caprice, Laura laisse Simon seul et va s'occuper des invités. Pendant la fête, elle retourne voir Simon et s'aperçoit qu'il a disparu.
Pour les dix-sept ans de son fils unique Esteban, Manuela l'emmène au théâtre voir Huma Rojo, son actrice préférée, dans la pièce Un tramway nommé Désir. Mais la soirée vire au cauchemar : cherchant à obtenir un autographe de la vedette, Esteban est mortellement renversé par une voiture sous les yeux de sa mère, qui ne peut rien faire.
Quelque temps après le début de l'épidémie vue dans le film précédent, la quasi-totalité de la population du Royaume-Uni a été contaminée par le « virus de la rage ».
Le rideau se lève sur un spectacle de danse, une représentation du Café Müller de Pina Bausch. Dans la salle, nous voyons deux spectateurs placés côte à côte, qui ne se connaissent pas : le premier, Benigno, remarque que son voisin, Marco, semble bouleversé et pleure.
Dean Corso (Johnny Depp), un libraire de livres rares de la ville de New York, gagne sa vie en obligeant des gens à lui vendre des livres antiques de valeur à bas prix, puis en les revendant à des collectionneurs privés. Corso rencontre le riche collectionneur de livres Boris Balkan (Frank Langella), qui a récemment acquis un exemplaire des « Neuf portes du royaume des ombres » d'Aristide Torchia, auteur du XVIIe siècle, l'un des trois exemplaires existants. L'auteur a adapté le livre à partir d'un livre dit écrit par le diable lui-même et a été brûlé pour hérésie. « Les Neuf Portes » contient prétendument les moyens d'appeler le diable et d'acquérir invincibilité et immortalité. Balkan pense que deux des trois exemplaires sont des faux. Il engage Corso pour vérifier les trois et acquérir le vrai par tous les moyens nécessaires.
À la suite d'un accident dont il a été victime dans sa jeunesse, Ramón ne peut plus bouger que la tête. « Enfermé dans son corps », il vit depuis presque trente ans prostré dans un lit. Sa seule ouverture sur le monde est la fenêtre de sa chambre à travers laquelle il voyage jusqu'à la mer toute proche, cette mer qui lui a tant donné et tout pris.
Dans les années 1980, Ignacio et Enrique se retrouvent. Ensemble ils ont grandi vingt ans auparavant dans une école religieuse et ont tous les deux subi l'omniprésence, les émois sexuels, ainsi que les mauvais traitements du père Manolo, un professeur de littérature et prêtre pédophile passionnément épris d'Ignacio.