Tous les mille ans, une comète passe près de la terre pendant une période de sept jours. C'est durant cette période que le Pokémon souhait Jirachi sort de son sommeil.
Sacha et ses amis font la connaissance d'Éric, le responsable de la résidence pour Pokémon. Nos héros visitent les lieux et sortent leurs Pokémon qui s'amusent avec tout les Pokémon du jardin. Sacha s'éloigne et rencontre deux Genesect dont un est rouge. Sacha et le Genesect chromatique ayant la capacité de parler comme les humains font connaissance et Sacha monte sur le dos de Genesect pour faire un petit tour. Tout en haut d'un immeuble, on voit Mewtwo avec un flashblack de son passé. Pendant ce temps, Genesect apprend qu'il est le fruit d'une expérience créée par la Team Plasma et qu'il existe quatre autres Genesect. Il devient fou et détruit toute la ville.
Diancie est un fabuleux Pokémon qui est la princesse du royaume des diamants. Ce royaume est essentiellement constitué de Stassie. Cependant, le joyau qui permet à ce royaume de ne pas disparaître est en train de mourir et c'est à Diancie de le restaurer. Cependant, cette dernière n'a pas assez d'énergie pour accomplir la renaissance du joyau et elle part donc à la recherche de Xernéas, qui grâce à son mystérieux pouvoir, lui permettrait d'avoir la force suffisante pour sauver son royaume. Par pur hasard, alors qu'elle est traquée par deux frère et sœur ennemis, elle va croiser Sacha et ses amis qui vont la défendre. Le périple se poursuit alors que Diancie cherche Xernéas (qu'elle peut repérer grâce à l'aura féerique qu'il dégage). Le groupe se retrouve dans une forêt sombre et interdite car elle a été ravagée par un incendie. Cependant, Xernéas est dans cette forêt ainsi que la Team Rocket et les bandits voulant Diancie car elle a le pouvoir de créer des diamants à volonté. Durant un affrontement entre les méchants et Sacha, Séréna, Clem et Lem, un mystérieux cocon se réveille et se fissure. Yveltal, le pokémon légendaire sort de son sommeil et transforme en pierre une partie de la forêt ainsi que des Pokémon dont Pikachu... La situation semble perdue lorsque Xernéas apparaît et calme Yveltal qui retourne sous la forme de cocon. Il offre ensuite le pouvoir nécessaire à Diancie, puis libère de la pierre la forêt et les Pokémon avant de retourner sous la forme d'arbre. Diancie réussi à sauver son royaume à temps et après l'adieu habituel de chaque film, Sacha et ses amis reprennent leur route.
La légende raconte qu'autrefois existait un Pokmon unique divin. Mais un jour, il s'est divisé alors que deux jumeaux se faisaient la guerre. Le premier avait soif de réalité, le deuxième, soif d'idéal. L'un avait dans son camp Zekrom, le Pokémon Noir Idéal, l'autre, Reshiram, le Pokémon Blanc Réalité. Depuis longtemps demeuraient deux légendes à propos de la création d'Unys, mais chacune d'elles se complétaient Sacha, Iris et Rachid arrive à Eindoak, endroit où se trouve un château à présent en ruine que l'on nomme "L'épée de la Terre". Nos héros participeront au festivité de la ville. Par la suite, ils rencontreront un Pokémon, Victini, lequel possède un pouvoir qui peut agir sur les humains et les Pokémon. Ce même jour, Dread Grangil, un descendant du royaume, essaye de réaliser les désires du royaume en s'emparant des pouvoir de Victini, ce qui causera aussi la perte d'Eindoak. Tout ceci était sans compter l'arrivée de Reshiram et Zekrom.
Sacha, Pikachu et leurs amis Pokémon tentent de mettre fin aux agissements de deux bandits qui se cachent à Alto Mare, une ville constituée d'eau. Se joignent à l'aventure deux nouveaux Pokémon, un frère et une sœur se nommant Latios et Latias.
Autrefois, le Peuple des Mers construit un temple et y cacha un trésor : la Couronne des Mers. De nos jours, Sacha et Pikachu rencontrent Lizabeth, descendante du Peuple des Mers et Jackie, Pokémon Ranger chargé de protéger un oeuf de Manaphy et de trouver le Temple. Soudain, les voilà attaqués par Fantôme le pirate qui projette de conquérir le monde et voler la Couronne des Mers, mais pour cela il a besoin de cet oeuf.
Sacha et son Pikachu arrive à Fula où se tient l'annuel Festival du Vent. Cette célébration honore le Pokémon légendaire Lugia qui avait fait don de ses vents à la ville après avoir vu les liens qui unissaient les Pokémon et leurs dresseurs. Mais les festivités tournent au cauchemar: les vents s'arrêtent soudainement de souffler et la Team Rocket diffuse accidentellement un nuage toxique sur la ville. Sacha doit alors s'allier de compagnons insolites afin de sauver les habitants: un menteur compulsif, la fille du maire, une vielle dame refusant tout contact avec les Pokémon, un scientifique timide et une athlète en manque de confiance. Alors que tous coopèrent pour sauver le festival, un Pokémon mystérieux, Zeraora, tâche de sauver les Pokémon de la forêt.
Dans une ville déserte au bord de mer, Sacha, Pikachu et leurs amis rencontrent Hoopa, le Pokémon fabuleux qui a le talent de faire apparaître des personnes et des Pokémon grâce à ses anneaux magiques. Suite à un incident effrayant, une histoire ancienne leur apprend que les méfaits d'un Pokémon terrifiant ont été arrêtés il y a bien longtemps par un héros courageux. La menace, enfouie pendant de nombreuses années, est désormais prête à se déchaîner à nouveau ! Sacha peut-il aider son nouvel ami à surmonter son côté obscur... ou un secret dangereux va-t-il se transformer en un choc de légendes ?
Les frères Mario, Mario et Luigi, sont deux plombiers italo-américains de Brooklyn. Ils se retrouvent transportés dans une autre dimension où ils doivent affronter le roi Koopa, dictateur d'un peuple constitué de dinosaures ayant évolué en humain. Koopa a kidnappé Daisy, jeune et belle archéologue, qui détient une pierre possédant un pouvoir mystérieux.
Dans cette nouvelle aventure, Sacha rencontre le Pokémon fabuleux Volcanion, tombé du ciel dans un nuage de poussière. Une force mystérieuse les unit alors ! Volcanion méprise les humains et tente de s'enfuir, mais il se voit obligé d'entraîner Sacha avec lui dans sa mission de sauvetage. Ils arrivent dans une ville de rouages et de mécanismes où un ministre corrompu a volé l'invention suprême : Magearna, un Pokémon Artificiel créé 500 ans plus tôt. Il a l'intention d'utiliser son pouvoir mystérieux pour prendre le contrôle de ce royaume mécanique ! Sacha et Volcanion pourront-il combattre ensemble pour sauver Magearna ? Un des plus grands combats de l'histoire Pokémon est sur le point de se dérouler !
Dans le royaume imaginaire d'Ehb, théâtre d'une guerre sans merci que se livrent le roi Konreid et son ennemi, le diabolique Gallian, l'héroïque Farmer, voué à être prince, se lance à la recherche de Solana, sa femme kidnappée, et tente de venger la mort de son fils, tué par des monstres appelés Krugs.
Chun-Li est une enfant issu d’une famille riche. Protégée par l’amour de ses parents, ces derniers aspirent à ce qu’elle devienne une grande pianiste. Initiée aux arts martiaux grâce à son père, Chun-Li vit une vie édénique. Jusqu’au jour où M. Bison enleva et contraignit son père à l’aider à construire son empire. Les années s’écoulèrent, Chun-Li devenue une grande pianiste sera rattrapée par son destin en recevant un parchemin qui l’emmènera à Bangkok à la rencontre de Gen, elle comprendra que sa destinée est de mettre fin aux ambitions démesurées de M. Bison et de son organisation Shadaloo.
Le détective Edward Carnby est parti sur l'île de Shadow Island pour enquêter sur le meurtre d'un ami. Sur place, il fera équipe avec une anthropologue se nommant Aline Cedrac et sera poursuivi par des créatures de l'ombre.
En s'étendant à travers l'espace, la Confédération Terrienne est tombée sur une race mi-humaine mi-féline, les Kilrathis. D'une nature extrêmement belliqueuse, ceux-ci ont déclaré la guerre à l'humanité sans avertissement, guerre qui dure depuis des années. En 2654, Les Kilrathis organisent une attaque surprise contre la Base Pégasus, une base stratégique de la Confédération, et s'emparent du système central de navigation, le "Navcom", qui permet de calculer les voies d'accès directes à la Terre. La 3e Flotte défendant le Système Solaire étant trop loin pour intervenir à temps, un navire marchand devant rejoindre le dernier vaisseau de guerre encore présent dans la zone attaquée, le Porte-Vaisseau Tigerclaw, est mandaté pour transmettre de nouveaux ordres: repérer et retarder la flotte kilrathie par tous les moyens.