Le film commence dans un bureau des services de renseignements français à Londres. Un officier, du deuxième bureau, assisté de son homologue anglais, interroge John Dougall, sergent de la RAF qui s'est enfui d'Allemagne en compagnie d'un autre détenu, sur les conditions de son arrivée dans la capitale britannique. John Dougall s'exécute de bonne grâce.
Ce film retrace la résistance des cheminots français pendant la Seconde Guerre mondiale et leurs efforts (sabotage des trains et des voies) pour perturber la circulation des trains pendant l'occupation nazie.
Le commandant Gérard et sa troupe de maquisards ont déniché la planque idéale : une maison de santé dans les Alpes où, mêlés à des aliénés mentaux, se cachent également une jeune juive ainsi qu'un médecin suisse qui pourrait bien être un espion à la solde des Allemands…
Paris, sous l'occupation, durant la Seconde Guerre mondiale. L'armée allemande réquisitionne immeubles, véhicules, biens et même vivres. La vie quotidienne des Français est donc difficile, car ils doivent non seulement subir les conséquences de la défaite, mais aussi la présence d'une armée d'occupation (le personnage de Grandgil en fait la remarque durant le film)
Durant la Seconde Guerre mondiale, sur une côte du nord de la France, quatre résistants sont arrêtés par des soldats de la Wehrmacht. Ils sont rapidement jugés et condamnés pour être exécutés dans une heure. On suit, en temps réel, leurs derniers moments passés dans la prison qu’ils partagent avec un autre détenu.
Le docteur Leproux est le maire du village de Courdimanche durant l'Occupation. Humaniste et bon vivant, il aide les maquisards, mais est également en très bonnes relations avec le médecin de la garnison allemande, dont il va voir parfois les blessés. Il entretient une relation amoureuse avec Dany, une jeune maquisarde, et reçoit souvent la visite de sa propre fille, Catherine, hôtesse du médecin-major allemand, et qui doit supporter les avanies qu'elle subit de la part de son mari. Le village subit de temps en temps la visite des avions alliés, et l'alerte est donnée par le tambour du garde-champêtre.
En partant de l'étude du cas de Clermont-Ferrand, le film dresse la chronique de la vie d'une ville française entre 1940 et 1944. Le film élargit son propos factuel à toute l'Auvergne mais comporte aussi des témoignages de personnalités ayant joué un rôle important pendant la guerre (militaires, hommes d'état, témoins-clés) ou ayant participé activement à celle-ci, pas forcément à Clermont-Ferrand ni même en Auvergne.
À Marseille, durant la Seconde Guerre mondiale, Dave et Jim, deux soldats britanniques évadés, trouvent refuge dans le quartier du Vieux-Port cerné par l'armée allemande. Ils s'allient à la résistance locale en venant au secours d'une jeune Marseillaise, Lise, alors qu'elle est agressée par un soldat ennemi. Mais ce quartier en dédales étant devenu le repaire idéal de nombreux dissidents et résistants, l'état-major allemand décide de le détruire totalement en janvier 1943 à l'aide de sept puissantes charges explosives.
Un groupe d'ex-résistants, dont certains s'étaient perdus de vue depuis la fin de la guerre, se retrouvent quinze années plus tard. Ils dînent ensemble dans la demeure de leur ancien chef, Castille, qui a été arrêté et tué dans ce lieu même, événement qui a précipité la chute du réseau.
Durant l'Occupation, dans une ville de province, la jeune veuve de guerre d'un juif communiste, mère d'une fillette, défie un prêtre sur le terrain de la religion. Certaine de sa rhétorique, elle est pourtant déconcertée par les réponses qu'il lui donne. Peu à peu, elle perd pied. Chaque nouvelle rencontre avec ce prêtre la rapprochera de la conversion. Sa résistance cédera devant le travail de la grâce. Une amie lui ouvrira involontairement les yeux sur l'une des raisons de sa conversion : l'Abbé Léon Morin est beau.
Mai 1940 : le film commence dans la petite ville de Fumay dans les Ardennes au début de l'offensive allemande à travers la Belgique. On voit passer des réfugiés belges dans un climat très calme et sous un grand soleil.
En France, sous l'occupation nazie, une maison close est le lieu de plaisir des officiers allemands venus se divertir et le centre d'attention de la Gestapo tandis que la Résistance s'organise par le biais de la mère-maquerelle et de ses filles.
En 1942, pendant l'Occupation, un bombardier britannique embarquant cinq hommes d'équipage est abattu au-dessus de Paris par la Flak, lors d'un retour de raid aérien. Ses occupants sautent en parachute. Deux sont faits prisonniers, les trois autres parviennent à échapper aux Allemands. Le premier, sir Reginald Brook (alias « Big Moustache »), atterrit dans le zoo de Vincennes, le second, Peter Cunningham, sur la nacelle d'un peintre en bâtiment, Augustin Bouvet, et le dernier, Alan MacIntosh, sur le toit de l'opéra Garnier avant de se réfugier dans la loge d'un chef d'orchestre acariâtre, Stanislas Lefort.