Ichiro, un jeune Japonais solitaire, dont ses parents travaillent beaucoup, est d'habitude seul à la maison avec son ami, un inventeur local, qui lui sert de baby-sitter. Dans ses rêves, il visite l'archipel d'Ogasawara, où il joue et explore l'île avec Minilla, qui est attaqué par le monstre Gabara. Cependant, quand il n'est pas endormi, Ichiro se promène dans une usine abandonnée dans laquelle il rencontre deux braqueurs de banque qui le capturent. En utilisant les leçons que Minilla et Godzilla lui ont apprises, Ichiro échappe aux voleurs et aide la police à les capturer, il obtient ensuite la victoire sur ses assaillants, leur montrant qu'il ne prendra plus leurs coups désormais.
L'histoire du film se déroule en 1901. Joanna (Eleanor Parker), une jeune femme élégante et cultivée de La Nouvelle-Orléans, arrive sur une immense plantation située sur les bords du rio Negro au Brésil. Elle doit y rencontrer son nouveau mari, Christopher Leiningen (Charlton Heston), propriétaire de la plantation qu'elle a épousé par procuration.
L'équipage d'un bateau de pêche japonais, le Eikō-Maru, est frappé par un éclair de lumière qui semble jaillir de l'océan, près de l' île Odo. Un message de détresse est envoyé juste avant que le bateau ne sombre. Un bateau de sauvetage, le Bingo-Maru, est envoyé pour enquêter sur l'accident, mais rencontre le même sort. Un deuxième bateau de recherche est envoyé et trouve quelques survivants dans la zone, et comme les deux autres bateaux, fait naufrage.
Le Claridon est un paquebot luxueux qui effectue son dernier trajet dans l'océan Pacifique. Mais une explosion venant d'une chaufferie détruit la salle des machines et plusieurs cabines. Cliff Henderson doit sauver sa femme et sa fille piégées dans une cabine mais à la suite d'un problème, l'eau s'engouffre de toute part.
Des bateaux disparaissent mystérieusement sur les côtes du Japon. Steve Martin, un reporter américain, décide d'enquêter sur l’affaire. Au même moment, les insulaires de la petite île Odo redoutent la colère de Godzilla, un monstre marin vénéré depuis des temps immémoriaux. Leur village est complètement détruit. Le professeur Yamane découvre des traces de radioactivité dans le sol et en conclut que le monstre a été irradié par l'arme atomique...
Alors qu'ils survolent les mers pour repérer des bancs de poissons, les jeunes pilotes Tsukioka et Kobayashi rencontrent Godzilla et un autre monstre en train de se livrer une bataille féroce. Les deux créatures disparaissent dans l'océan, mais refont bientôt surface près d'Osaka, qui sera dès lors le cadre d'un combat à mort entre les deux monstres et les hommes.
Des extraterrestres, venus d'un système nébulaire détruit, planifient l'invasion de la planète Terre en prenant comme couverture un parc d'attractions pour enfants. En réalité, la tour Godzilla qu'ils ont construit leur sert à contrôler Gigan et King Ghidorah qui détruisent tout sur leur chemin. Godzilla et Anguirus tentent d'arrêter les deux monstres de l’espace.
D'après les calculs du professeur Bronson du Cap, la planète Bellus fonce vers la Terre. Alerté par le savant, le professeur Hendron de l'observatoire de New York confirme ses prévisions : il reste moins de 8 mois avant l'inévitable collision avec Bellus, 12 fois plus grosse que la Terre, et la fin du monde est proche. Pourtant les Nations unies, incrédules, refusent d'engager la moindre action. Grâce aux capitaux du banquier Sydney Stanton, un petit groupe dirigé par Hendron décide alors de construire un vaisseau spatial afin de coloniser le satellite de Bellus, Zyra, dont l'atmosphère est similaire à celle de la Terre et qui devrait réchapper du choc entre la Terre et Bellus. Si cette « Arche de Noé spatiale» interplanétaire est achevée à temps, 40 hommes et femmes, tirés au sort parmi des profils sélectionnés (ingénieurs, techniciens, agriculteurs, etc.), pourront échapper à la catastrophe et perpétuer l'espèce sur Zyra.
À la fin du XX siècle, les monstres sont parqués sur l’île d’Ogasawara. Ils sont retenus sur l’île par des moyens prodigieux. Mais un jour, les barrières se dissipent et les monstres s’évadent. L’équipe du SY-3 est chargée d’enquêter. Ils se retrouvent face aux Kilaaks, des extraterrestres, auteurs du dysfonctionnement. Ils prévoient d’utiliser les monstres de l’île pour prendre le contrôle de la planète. Les monstres attaquent les capitales des plus grands pays simultanément. Un seul moyen de les arrêter, couper la liaison mentale entre les monstres et les Kilaaks.
Dans un village karen au nord de la Thaïlande, une jeune fille, Nora, et son petit frère, Luka, s'occupent des animaux en utilisant le don qu'a Luka pour communiquer par télépathie avec toutes les formes de vie. Ils sont accompagnés de leur animal familier, un tapir de Malaisie. Dans leur village, qui s'élève à l'orée d'une forêt, Nora suit l'enseignement d'une prêtresse âgée et bienveillante qui vit dans une grande proximité avec la nature. Un jour, après avoir pris soin d'un oisillon perdu, ils contemplent avec inquiétude l'apparition dans le ciel d'étranges zébrures de feu. Peu après, Sam, un jeune scout fils du Président Johnson, Président de Capitalville, la capitale mondiale, tombe par erreur dans un ravin près de leur village. Nora, Luka et les villageois le soignent mais, à son réveil, il commence par se montrer écœuré et moqueur en découvrant leur mode de vie. Sam est un passionné de nouvelles technologies d'information et de communication qui ne peut pas vivre sans son ordinateur portable et sa montre-téléphone dotée d'un GPS. Mais il peine à se faire prendre au sérieux par son père le Président, d'autant que juste avant son accident il a perturbé une importante cérémonie scout internationale annuelle en tentant d'atterrir en deltaplane et non en hélicoptère. Nora et Luka sont d'abord en colère contre Sam, mais leur dispute est interrompue par un cataclysme mondial : des crevasses de feu s'ouvrent dans le ciel, correspondant à des trous dans la couche d'ozone, et il en tombe tous les satellites artificiels jusque-là en orbite autour de la Terre. Des créatures inconnues, minuscules, très rapides et qui semblent faites de feu, ont pris le contrôle des satellites et tentent d'envahir la région en pénétrant dans toutes les machines électriques ou électroniques pour les changer en pantins dévastateurs. Lorsque les créatures s'engouffrent toutes dans l'ordinateur portable de Sam, Nora parvient à les détruire en expédiant l'objet dans une mare. Nora et Luka acceptent à contrecœur de le raccompagner chez lui. Sur la route, Sam découvre le savoir et les talents de Nora et de Luka pour comprendre leur milieu naturel, mettre à profit la flore sans la gâcher et communiquer avec la faune. Une amitié commence à se nouer entre les trois enfants.
Des mineurs sont attaqués dans un chantier près du Mont Aso. Les policiers envoyés les chercher sont retrouvés déchiquetés. On identifie les coupables : des Meganulons, des larves de libellules préhistoriques géantes. Un des mineurs est retrouvé amnésique et en état de choc ; il déclare avoir vu un œuf géant éclore dans les mines. Quelque temps plus tard des avions sont détruits par un mystérieux objet volant...
Une ancienne légende dit que le soleil deviendra rouge et qu'un monstre du ciel viendra détruire la Terre avant d'être arrêté par deux monstres terrestres. Peu de temps après la découverte d'une grotte dédiée à une divinité ancienne, un robot ressemblant à Godzilla et envoyé par des extraterrestres apparaît et commence à tout détruire...
Ralph Burton, un mineur afro-américain, inspecte seul une mine en Pennsylvanie lorsqu'un éboulement se produit, le piégeant sous terre. Les secours ne tardent pas à creuser dans sa direction, mais au fur et à mesure que les jours passent, les secours ralentissent puis arrêtent définitivement de creuser. Paniqué, il se met à creuser de son côté. Une fois arrivé à la surface, il se retrouve dans un monde dévasté. Dans le bureau principal de la mine, il découvre l'horrible vérité grâce à deux journaux titrant « U.N. retaliates for use of atomic poison » (littéralement Les Nations Unies se vengent à la suite de l'utilisation du poison atomique) et « Millions flee from cities! End of the world » (littéralement Des millions de gens fuient les villes! C'est la fin du monde.). Ne trouvant personne dans sa ville, Ralph décide d'aller à New York. Mais là non plus, il n'y a personne. Dans une station de radio, des enregistrements lui apprennent qu'il y a bien eu une guerre nucléaire totale et que l'arme utilisée est une poussière d'isotopes radioactifs qui devient inoffensive au-delà de 5 jours.