During the 1970s three children, Kazuma Kiryu, Akira Nishikiyama (a.k.a. Nishiki) and his younger sister, Yuko Nishikiyama, are raised in Shintaro Kazama (a.k.a. Fuma)'s Sunflower Orphanage. In summer 1980, Yumi Sawamura, a young girl who had her parents incidentally shot during a gangs shootout joins them. Following a yakuza tradition, the honorable Kazama secretly raises orphans he has directly or indirectly killed the parents. In return, these children look at him as their father and he eventually introduces the teenagers in the Dojima Family, a Tojo Clan affiliate.
Beat Takeshi vit une vie bien remplie et parfois délirante de star du showbiz. Un jour il rencontre un homme qui lui ressemble, sauf qu'il est blond, nommé Kitano. Ce dernier est caissier dans une supérette, mais il voudrait devenir acteur. Après leur rencontre Kitano commence à se prendre pour Beat.
Kunisada, brute féroce de l’underground criminel yakusa, est rattaché au clan Sanada. Il est sauvagement fidèle à son « chef », qu’il considère comme son père. Il est en prison à purger les derniers jours de sa peine. Mais voilà que l’homme flippe complètement en apprenant que le vieux « chef » vient de se faire éliminer par un tueur à gages rattaché au clan rival. Kunisada sort de prison et il a un plan. Son but : foutre un sacré bordel dans le monde du crime organisé pour bien en secouer les branches et faire tomber les fruits les plus pourris. Dans le lot, il est sûr d’arriver à démasquer les assassins de son maître.
Minami, un jeune yakuza est chargé par son patron d'emmener Ozaki qu'il considère comme son frère à la décharge des yakuzas à Nagoya car ce dernier est devenu plus ou moins fou. Mais, Ozaki meurt lors d'un coup de frein trop brutal. Arrivé à Nagoya, alors que Minami essaie de contacter son patron, le corps d'Ozaki disparaît. Il part à sa recherche et rencontre des personnes très étranges. Il réussit enfin à retrouver la trace d'Ozaki, mais celui-ci a désormais les traits d'une jeune femme. Troublé, il ramène celle-ci à son patron, lequel veut avoir une relation sexuelle avec la fille (en ayant une louche enfoncée dans l'anus). Minami entre dans l'appartement de son patron et, en le frappant, celui-ci tombe et la louche s'enfonce trop profondément dans l'anus. Puis Minami électrocute la louche, et son patron meurt. Rentré chez lui, Minami a sa première expérience sexuelle avec la fille. Interrompant ce rapport, une main sort du vagin pour attraper le pénis de Minami. Finalement, Ozaki, en tant qu'homme, sort du corps d'Ozaki - femme.
Zen, une jeune autiste qui a développé un savoir particulier dans les arts martiaux aide sa mère atteinte d'un cancer à récupérer des créances de membres de l'organisation « Numéro 8 ».
Naoki, jeune homme désœuvré, est placé par sa mère en apprentissage au sein d'un clan mafieux. Il va découvrir le quotidien des Yakuzas pendant une année entière. Ensuite, il lui appartiendra de choisir : y rester ou quitter cet univers.
Japon, fin de la période Edo. Le bandit Kunisada Chuji et sa suite, traqués par la police sont en fuite. Au cours de ce long périple, Chuji tombe malade et est trahi par certains de ses partisans.
Après un séjour en prison, Miyamoto (Michitarô Mizushima) récupère des diamants volés qu'il avait réussi à cacher avant de se faire arrêter. Il retourne voir un ancien associé, Oyane, et lui annonce qu’il compte donner les diamants à Mihara (Tôru Abe) qui a perdu l’usage d’une jambe au cours du vol, mais a gardé le silence. Oyane compte bien mettre la main sur les diamants à l’aide de son gang.
Takeo, un jeune yakuza, sort de prison pour réintégrer un monde de kidnappings et meurtres prémédités. Partagé entre le devoir familial, l’instinct de survie et son amour pour sa nouvelle conquete Yoshie, Takeo suit la route de la trahison jusqu’à se rendre compte qu’il n’échappera pas à son destin.
Zatoichi est un yakuza aveugle, il exerce la profession de masseur itinérant. Son voyage le mène à Iioka sur l'invitation du parrain Sukegoro. Ce dernier prépare une guerre contre le clan Sasagawa de son rival, le parrain Shigezo. Il espère que Zatoichi va se ranger à ses côtés, car il connait bien les formidables capacités de bretteur du masseur et sait que le clan adverse a engagé un redoutable rōnin du nom de Miki Hirate. Zatoichi cependant n'est pas très enclin à aider Sukegoro qui se montre quelque peu méprisant envers lui, d'autant qu'il fait la connaissance de Miki Hirate et noue avec lui une relation de respect et d'amitié. Les sens aiguisés de Zatoichi lui permettent de déceler que Hirate souffre de tuberculose.
A Tokyo, dans les années soixante, un détective sauve la vie d'un criminel à sa sortie de prison. Pour le remercier, ce dernier l'introduit dans son gang de trafiquants d'armes dont le repaire est dissimulé dans un garage.
Muraki (Ryō Ikebe) est un yakuza tout juste sorti de prison. Dans une maison de jeu clandestine, il est attiré par une mystérieuse jeune femme prénommée Saeko (Mariko Kaga). Bien que Saeko perde beaucoup, elle demande à Muraki de lui trouver une table où elle puisse parier encore plus gros. Les deux personnages nouent une intense relation réciproque et destructrice.
La prison d'Abashiri est située dans l'endroit le plus froid du Japon. Deux hommes, menottés l'un à l'autre, se sont échappés de la prison, l'un est un yakuza, l'autre un petit délinquant. Bien qu'ils se détestent, ils doivent travailler ensemble s'ils veulent éviter d'être capturés dans ce climat des plus rudes.
À la fin des années 1920, deux frères yakuza tentent d'échapper à leur condition criminelle en se réfugiant dans une communauté ouvrière. Mais leur passé ne va pas tarder à les rattraper sous la forme d'un policier en chaussures rouges. Lorsque le plus jeune frère est tué, l'aîné décide de le venger au cours d'une vendetta particulièrement sanglante.