En 1821, l'armée mexicaine est sur le point de libérer Mexico du colonialisme espagnol. Vers Las Californias, le cruel gouverneur espagnol Don Rafael Montero est sur le point d'être renversé. Dans un dernier effort pour capturer son ennemi juré, l'épéiste masqué Zorro (Anthony Hopkins), Montero prépare l'exécution de trois innocents. Avec l'assistance de deux frères orphelins, Joaquin et Alejandro Murrieta, Zorro libère les prisonniers. Il récompense les frères Murrieta en leur donnant un médaillon lui appartenant et s'échappe sur son cheval, Tornado, après avoir marqué d'un Z le cou de Montero avec son épée.
Malgré la promesse faite dix ans auparavant à sa femme Elena, Alejandro doit à nouveau enfiler la tenue de Zorro pour combattre un complot des Chevaliers d'Aragon visant à empêcher la Californie d'intégrer les États-Unis en tant qu'État de l'Union.
Le Capitaine Esteban règne en maître sur le pauvre peuple n'hésitant pas à utiliser la torture. Don Diego de la Vega, révolté, décide de faire revivre la légende de son père : El Zorro. Aidé de son serviteur muet Paco, il s'oppose au Capitaine mais alors qu'il fuyait les soldats, il se foule la cheville. Dépité et ne sachant plus quoi faire, l'arrivée de son frère jumeau Bunny lui permet de trouver une solution. Bunny, très efféminé, accepte de le remplacer sous quelques conditions, en commençant par la couleur du costume, qui sera dorénavant pourpre.
Alors qu'il revient en Californie sur l'appel de son père, Don Diego Vega constate que la dictature et l'injustice sont monnaies courantes dans le pays et il décide de prendre les armes sous le nom de « Zorro ».
Dans une vieille ville de Californie espagnole, au XIX siècle, un cavalier du nom de Zorro se bat contre le gouverneur pour défendre les pauvres et les opprimés. Zorro apparaît rapidement comme l'éclair avec un certain humour. Il sort toujours vainqueur de ses combats avec ses adversaires et laisse sa marque : un « Z » signé à la pointe de l'épée.
Don César est un jeune homme très doué tant à l'épée qu'au fouet. Alors qu'il est en Espagne pour parfaire son éducation, il tombe amoureux de la belle Dolores en même temps que Don Sebastian, officier de la Reine. L'archiduc d'Autriche, Paul, soutient Don César dans son approche amoureuse mais alors qu'il se moque de Don Sebastian, ce dernier le tue et maquille le meurtre en faisant accuser Don César.
Au début du XIX siècle, de retour d'Espagne où il faisait ses études, Don Diego de la Vega découvre que Los Angeles est tyrannisée par le commandant de la garnison de cette petite ville de la Californie espagnole. Le jeune noble décide alors de combattre ces abus de pouvoir et prend les armes sous le nom de Zorro (renard en espagnol).
Un homme retourne chez lui après s'être battu durant la Guerre Civile et découvre que la région est contrôlée par des politiciens corrompus qui terrorisent les citoyens. Il revêt le costume de son ancêtre, le célèbre Zorro, et décide de ramener la justice.
1865, le télégraphe se dirige vers l'ouest. George Crane, souhaitant garder la loi et l'ordre hors de son territoire, cherche à stopper sa construction. L'un des principaux ingénieurs y travaillant est Ken Mason, le petit-fils de Zorro. Alors que Crane engagent des hommes pour stopper le travail, Mason découvre le rôle légendaire de son ancêtre.
Le commandant Sebastian règne sur la Californie espagnole d'une main de fer. Zorro tente de s'y opposer mais il se retrouve accusé du meurtre du nouveau gouverneur. La fille de celui-ci, Lady Isabella est nommée gouverneur et jure de venger la mort de son père en capturant le bandit Zorro...
Suite à la découverte d'or en Californie mexicaine en 1844, des Cosaques russes menés par le Comte Ivan Raspinoff, allié au Général Jason Burr, tentent d'envahir la Californie et de la transformer en colonie russe avec Burr comme dictateur. En parallèle, ils réunissent des esclaves pour travailler dans les mines et le Général Burr a fait assassiner le père et le frère de Don Loring pour prendre possession de leurs terres riches en minerai.
Dans la Californie des années 1930, le scélérat J. A. Marsden vise à prendre le contrôle de la compagnie de chemin de fer California-Yucatan Railroad avec l'aide de son homme de main El Lobo. Les véritables propriétaires, Joyce et Phillip Andrews, s'y opposent naturellement. Leur associé, Don Manuel Vega appelle son neveu, James Vega, pour les aider car celui-ci est le petit-fils du Zorro original, Don Diego de la Vega. Il est cependant désappointé de découvrir que son neveu est inutile, trop intéressé par son apparence et ses vêtements.
1825, six mois après l'adoption de la nouvelle constitution, la jeune république mexicaine doit faire face à l'instabilité interne dû à des traîtres et des pilleurs. Le gouvernement a besoin de l'or de la mine de San Mendolito, la mine la plus riche du Mexique, pour asseoir son pouvoir face aux puissances étrangères.