La Haye, sous l'Occupation. Lorsque la ferme où elle se cachait est détruite par une bombe, Rachel rejoint une filière d'exfiltration de Juifs, dont sa famille, pour gagner la Hollande-Méridionale, déjà libérée. Tous ces Juifs sont fortunés, transportent bijoux, or et dollars. Mais ils sont interceptés par une patrouille nazie dans le delta du Biesbosch, assassinés et le chef des SS s'empare de leurs biens.
Dans l'Allemagne des années 20, deux sœurs jumelles de six ans sont séparées à la mort de leurs parents. L'une part vivre chez sa tante en Hollande, alors que l'autre reste en Allemagne, devenant fermière aux côtés de son oncle
À la fin de la guerre, Antonia rentre avec sa fille Danielle au village où elle est née, aux Pays-Bas. Les deux femmes fonderont une grande famille élargie de type matriarcal. Pendant les quarante années racontées par le film il arrive de tout : amours, mort, travail, religion, sexe, haine et vengeance, mais aussi philosophie, courage et poésie. Un matin Antonia se réveille en sachant que ce jour sera le dernier de sa vie. Elle réunit tout son "clan" et s'éteint entourée par ses chers.
Le 5 décembre 1492, une bande dirigée par l'ancien évêque Nicolas est décimée par des villageois qui veulent se venger du pillage qu'ils ont subi. Dès lors toutes les années où la St Nicolas coïncide avec le jour de la pleine lune, la bande revient, Saint Nicolas à sa tête pour y accomplir meurtre et désolation.
En plein lycée, Jochem est fréquemment malmené par ses trois camarades à cause de son obésité sous les yeux des autres lycéens qui n'osent le soutenir… et David, ayant le cœur brisé, tente de le secourir.
Un père veuf, Blom, vit à Amsterdam avec sa fille Nella Della, son fils Johannes et leur chat Vlieg. Johannes découvre Wiplala, un homme de toute petite taille. il refuse qu'on le désigne comme un lutin bien qu'il en ait tout l'air. Il a même des pouvoirs magiques, mais ne les maîtrise pas vraiment : par erreur, il donne sa taille à ses nouveaux amis, alors qu'ils sont au restaurant. En attendant que Wiplala retrouve le moyen de le redonner leur taille, ils doivent s'enfuir avant d'être découverts. C'est le début de leurs aventures.
À Rotterdam, dans les années 1920, Jacob Katadreuffe vit avec sa mère, Joba, dans une grande pauvreté. Son père, Dreverhaven, un notable que sa mère a toujours refusé d'épouser, ne fait rien pour faciliter l'existence de son fils, bien au contraire. Malgré les difficultés, Jacob se montre avide de connaissance, et met tout en œuvre pour réaliser son rêve, devenir avocat.
Le film raconte l'histoire d'un jeune garçon de treize ans, Michiel van Beusekom, qui tente d'aider la résistance pendant la Seconde Guerre mondiale en évitant à un jeune pilote de la R.A.F. de tomber entre les mains de l'armée allemande qui occupe le pays. Le jeune homme se heurte à son père à qui il reproche de vouloir maintenir le statu quo entre les citoyens et la Wehrmacht. Il vénère son oncle Ben, un aventurier qui a des contacts avec la résistance locale. Pendant l'hiver, son destin et celui de ses proches va basculer.
Amsterdam-Ouest. Aziz, employé de bureau, est très attiré par sa collègue Tess, qui lui fixe rendez-vous pour une soirée en tête à tête. Mais le jour même, il se fait renvoyer par son patron, sous prétexte que son frère Mo l'appelle sans arrêt au bureau. Allant voir celui-ci pour le sermonner, il est par sa faute arrêté par la police. C'est à ce moment qu'un satellite russe s'écrase sur la ville et qu'un virus venu de l'espace transforme les gens en zombis assoiffés de sang. Après avoir rencontré un zombi en sortant, les deux frères se réfugient dans le commissariat accompagnés de Jeffrey et Nolan, deux autres prisonniers, et de Kim, une femme policier, où ils prennent conscience de la situation par le biais de la télévision.
Lindsay et Jenny, deux amies américaines parties faire du tourisme en Europe, se retrouvent bloquées en pleine nuit sur une route perdue après la crevaison d'un pneu de leur voiture de location. Elles décident d'aller chercher de l'aide à pied et arrivent dans une grande maison où vit un ancien chirurgien, le Dr Josef Heiter. Ce dernier les drogue et les attache ensuite sur des lits dans son sous-sol aménagé en laboratoire. Il avait également enlevé un chauffeur de poids-lourd mais finira par le tuer, celui-ci n'étant pas compatible.
Martin, un homme dans la quarantaine atteint d'une déficience intellectuelle, est fan du film The Human Centipede (First Sequence). Il a kidnappé plusieurs personnes afin de reproduire l'expérience dans la réalité. Martin va essayer de réaliser un mille-pattes humain comme dans le film, mais cette fois composé de 12 victimes au lieu de 3…
La scène se passe à Anvers en 1973. Chaya a 20 ans et est étudiante en philosophie. Elle a grandi dans une famille juive modérée, et vient de quitter son travail dans un restaurant. Elle est engagée comme nourrice dans la famille Kalman, une famille respectant scrupuleusement le hassidisme, malgré la désapprobation du père. Elle développera une affection particulière pour Simcha, le plus jeune garçon, âgé de 5 ans et n'ayant encore jamais prononcé un seul mot. Les promenades qu'ils font au parc pour voir les canetons et la confiance que lui inspire Chaya vont amener Simcha à vaincre son incapacité à parler. Il dira « couak couak », et plus tard Chaya se rendra compte qu'il peut prononcer de nombreux mots. Cela ne sembla pas réjouir son père, pour qui un enfant de cet âge devrait pouvoir dire ses prières. La fête de Pessa'h approchant, Chaya aida Simcha à apprendre les 4 questions que les enfants récitent à cette occasion. Simcha parviendra à réaliser cette prouesse, mais son père lui reprocha une erreur à la première question. Ceci provoqua une dispute entre ce dernier et Chaya, qui trouva injuste que M. Kalmann traite son fils de cette façon. Cette dispute permettra à Chaya de prendre conscience de la douleur de ses parents lors de la déportation des juifs.
Le magicien Kwark trouve un œuf dans la forêt des sorcières. De cet œuf sort une toute petite fille, une mini sorcière, qui s'appelle Fuchsia. Elle peut aller à l'école de sorcières dirigée par la sorcière des marais, Minuul. Fuchsia apprend des tours de magie à l'école, mais se trompe parfois. Elle survole les environs sur son balai, et aperçoit un garçon, Tommie. C'est un humain, et Kwark l'a avertie que leur monde était dangereux. Mais la curieuse Fuchsia veut faire sa connaissance.
La méchante sorcière Conçuela, désireuse de plonger le monde dans une nuit perpétuelle, lance un astre noir vers le soleil pour le pulvériser. Les quatre autres sorcières de son clan, Astra, Luna, Pandora et Solara, arrivent trop tard, mais elle parviennent à l'immobiliser. Elles demandent au sorcier Grimbeck d'enfermer Conçuela. Elles tentent de détruire l'astre noir, mais il leur faut être cinq pour ce faire. Elles envoient Grimbeck à la recherche d'une sorcière, d'une personne douée de pouvoirs magiques. Pour la trouver, ils peuvent suivre la trace de l'amulette de Conçuela, partie à la recherche d'une nouvelle sorcière.