Dans les derniers jours de la Seconde Guerre mondiale, le Mount Kyle, un cargo britannique est torpillé par un U-Boot dans le delta de l'Orénoque, un fleuve du Venezuela, et l'équipage est massacré. Murphy, simple cuistot irlandais, est l'un des deux seuls survivants avec un pilote aviateur, le lieutenant Ellis qui est grièvement blessé. Ils trouvent refuge dans une mission dirigée par le Docteur Hayden, une femme médecin quaker, auprès de laquelle est abandonné depuis le début de la guerre Louis Brezon, un ingénieur français travaillant pour une compagnie pétrolière. Ayant intercepté une conversation radio, les Allemands se présentent à la mission, abattent Ellis afin que personne ne retrouve leurs traces et détruisent la radio. Bien décidé à se venger, Murphy répare l'hydravion du lieutenant Ellis et s'en va bombarder le sous-marin. Il le rate et le U-Boot surgit afin de détruire la mission. Murphy décide alors de retrouver le U-Boot et de le couler afin de venger la mort de ses amis, quand on apprend la fin de la guerre. Mais la fin de la Seconde Guerre mondiale ne met pas fin à la colère de Murphy qui cherche ensuite toujours à se venger. [...]Voir plus...
À l’exception du commandant Van Meer, l’équipage du navire devient lentement fou à cause de l’exposition aux produits chimiques de la peinture à bord et croit qu’un exercice d’essai de missiles est en fait une guerre nucléaire. Il explore l’incapacité des structures de commandement américaines à contrôler et à empêcher les officiers de sous-marins malhonnêtes de lancer des missiles balistiques.
L'US Navy retrouve le « Nautilus » en parfait état dans une faille de l'Océan Atlantique. Son commandant, le capitaine Nemo, est ramené à la vie après avoir été maintenu en animation suspendue grâce au gel marin. Le gouvernement américain remet en état le sous-marin et l'équipe de nouvelles technologies afin que le célèbre capitaine affronte un savant fou, le professeur Cunningham, qui menace Washington avec un missile en échange d'un milliard de dollars. Nemo pourra continuer sa quête de la cité d'Atlantis après cette mission.
1866, un monstre marin écume les mers en détruisant les navires marchands et militaires. La marine américaine envoie un expert en biologie marine sur l'un de ses navires afin de détruire le monstre. Mais à la suite de l'attaque du prétendu monstre, seuls deux rescapés, le marin Ned Land et le professeur Arronax font la connaissance de l'esprit derrière cette attaque : le capitaine Némo.
L'année 1886 est marquée par des événements mystérieux survenus en mer : une créature étrange et gigantesque, que les meilleurs scientifiques ne peuvent identifier, s'attaque aux navires en transperçant leur coque.
Le film se passe à l’aube d’un nouvel âge pour la marine militaire. En effet, la Guerre de Sécession américaine a donné lieu à deux premières dans l’histoire militaire :
Le sous-marin nucléaire soviétique "K219" patrouille dans les eaux internationales de l'océan Atlantique avec à bord seize missiles pointes vers les Etats-Unis. Un sous-marin américain le détecte et commence à le prendre en chasse. Le commandant russe fait effectuer une manoeuvre périlleuse a son équipage pour affoler les Américains. C'est la collision. Le feu se déclare a bord du sous-marin soviétique. Pour les équipages des deux navires, commence alors une bataille contre le désastre qui risque de s'abattre sur les plus grandes villes des Etats-Unis.
Mme Brenner, veuve d'un officier allemand, est accusée d'espionnage. Au service d'un savant allemand réfugié aux U.S.A., elle a contribué, en croyant sauver son mari, à faire tomber ledit savant aux mains des nazis, qui l'enlèvent dans un sous-marin.
L'USS Santa Maria SSN-727 est attaqué par un sous-marin nord coréen de classe inconnue. Son commandant est affecté sur l'USS Poseidon SSN-729, tandis que le sous-marin japonais Yushio de classe Osaka, est torpillé.