En 1937, le zeppelin allemand Hindenburg, symbole de l'Allemagne hitlérienne, doit effectuer un voyage à destination des États-Unis. Mais les autorités ont vent d'une tentative d'attentat visant à détruire le zeppelin. Le colonel Ritter est envoyé à bord afin de veiller à la sécurité et de démasquer les terroristes.
Après que la NASA ait officiellement mis fin au programme Apollo en 1974, une dernière mission sur la Lune aurait été effectuée. Le film, basé sur le tournage récupéré de l’équipage, raconte l’alunissage d’Apollo 18 et les raisons de sa dissimulation. Le capitaine Benjamin Anderson et le major Nathan Walker, ainsi que le lieutenant-colonel John Gray, ont été choisis pour le mener à bien en secret. Cependant, les causes qui ont conduit à l'échec et qui sont capturées dans la bande retrouvée n'ont jamais été rendues publiques par le gouvernement américain, car il s'agissait d'une preuve de contact pour la première fois avec des êtres extraterrestres, dont le ministère de la Défense (DOD) des États-Unis et le gouvernement de l'Union soviétique connaissaient déjà l’existence. Le film révèle ensuite le secret le mieux gardé de l’agence spatiale américaine et explique pourquoi aucune autre mission habitée n'a été envoyée vers la Lune. ll montre également que les astronautes ont trouvé les restes d’une mission soviétique qui avait la même finalité que la leur.
L'armée tente encore et toujours de tuer Godzilla, tandis que le Pr Shinoda suit le monstre à la trace pour tenter de percer le secret de son invulnérabilité. Un étrange météore est retrouvé au fond de l'eau et remonté. Le météore ne tarde pas à dévoiler sa vraie nature : un OVNI dont l'occupant s'intéresse de très près au pouvoir régénérateur de Godzilla ...
Un terrible virus tue 90 % des habitants de l'Écosse. Pour endiguer l'épidémie, le gouvernement britannique construit un mur infranchissable autour du territoire.
Tsuyoshi Matsuoka (Satoshi Tsumabuki) est un médecin travaillant à l'Accueil et traitement des urgences d'un hôpital. Il reçoit un patient ayant une forte fièvre, des convulsions, des vomissements de sang, etc. Ces symptômes atypiques sont engendrés par un virus qui se diffuse immédiatement dans l’hôpital où Matsuoka travaille. On envoie à l'hôpital Eiko Kobayashi (Rei Dan), une médecin de l'Organisation mondiale de la santé. Kobayashi prévoit les effets dévastateurs que pourrait engendrer la pandémie et des mesures sont prises pour l'enrayer...
Quand Biollante meurt, Mothra emporte son corps dérivant dans l'espace et le laisse tomber sur une autre planète où une cellule alien mange ses restes.
Un météore s'écrase en plein Pacifique. L'impact a mis au jour sur l'île de Infant Island un œuf gigantesque, mais a aussi permis au monstre Battra de se réveiller après des milliers d'années. Des personnes sont envoyées sur Infant Island pour récupérer l’œuf et font connaissance des Shobijins, sortes de petites fées, qui expliquent que l’œuf est celui de Mothra, protecteur de la Terre, tandis que Battra est un équivalent sombre de Mothra, qui possède une rancune envers l'humanité et souhaite la détruire. Mothra devra donc faire face à Battra, mais c'est sans oublier Godzilla, également réveillé par le météore, qui se joindra à la bataille.
47 ans se sont écoulés depuis l'apparition de Godzilla et aujourd'hui, le grand monstre est de plus en plus considéré comme une simple légende. Mais d'étranges disparitions de navires commencent à se produire et bientôt, leur origine ne fait plus de doute : Godzilla est de retour pour réduire le Japon en miettes. Au même moment, Yuri, une jeune journaliste, rencontre un vieux prophète qui lui annonce que le combat ultime pour la survie du pays est sur le point de commencer. Car cette fois, le Japon n'est pas sans défense face au roi des monstres : Baragon, Mothra et King Ghidorah, ses monstres protecteurs, vont sortir de leur sommeil pour tenter de le vaincre. Et personne ne sortira indemne de la « battle royale » qui s'annonce.
Dans une petite ville américaine dont les habitants ont été évacués à cause d'un barrage qui va céder sous la pression de pluies diluviennes, deux convoyeurs de fonds font leur tournée. Mais, bloqués par l'inondation, ils sont, en plus, victimes d'un braquage et l'un d'eux est abattu. Le survivant, Tom (Christian Slater), parvient à cacher l'argent. Les braqueurs se lancent à sa poursuite mais Tom va devoir faire alliance avec eux, l'argent attirant la convoitise des rares personnes restées sur place...
Une épidémie mortelle ravage Bundang, la banlieue de Seongnam à Séoul. Après un groupe d'immigrants clandestins dans cette ville, Byung-woo meurt d'un virus inconnu qui commence à infester des dizaines de résidents. C'est le chaos. Dans le pire des cas, le gouvernement ordonne d'isoler la banlieue en plein moment où In-hye et Ji-goo tentent de fuir vers la ville close…
L'étudiante Chloe Steele (Cassi Thomson) a pris un vol pour retrouver sa famille dont son père, le pilote Rayford Steele (Nicolas Cage), afin de le surpendre pour sa fête d'anniversaire. Sa mère l'appelle cependant pour l'informer que son père ne pourra pas être présent. À l'aéroport, Chloé rencontre un journaliste, Cameron. Surviendront alors des événements qu'ils ne comprendront pas : la disparition inexpliquée de millions de personnes.
Dans un monde apocalyptique, pour être en sécurité, un père de famille vit reclus avec sa femme et son fils dans leur maison isolée. Un jour, une famille trouve refuge chez eux. Le père les avertit : il ne faut jamais sortir la nuit, pour des raisons de sécurité.
Les débris de Mecha-King Ghidorah sont récupérés afin de mettre au point l'arme ultime pour détruire Godzilla : Mechagodzilla. Pendant ce temps des archéologues découvrent un œuf géant sur une île et sont attaqués par Rodan et Godzilla. L'œuf est rappatrié au Japon et un bébé Godzilla en sort, celui-ci commence à émettre des signaux qui attirent Godzilla et Rodan en ville...
Le film se déroule en 1996, après la mort de SpaceGodzilla. Pendant que le cœur nucléaire de Godzilla rentre en fusion, menaçant d'exploser et d'anéantir la Terre à tout moment, un parasite mutant apparaît et attaque la population
En mer de Béring, une petite île est la proie d’étranges oiseaux carnivores se nourrissant de ses habitants. Lorsque l’un de ces "Gyaos" subit une mutation physique au contact de la matière radioactive, la situation dégénère. Tokyo se retrouve alors la proie de la créature gigantesque qui cherche un nouveau territoire de chasse. Face à cette menace, le gouvernement va devoir se résoudre à s’allier avec le prédateur ancestral de l’oiseau : le Gamera. Mais une alliance est-elle vraiment possible ?