L'histoire d'Into The Woods se situe « dans un pays et en un temps imaginaires. » Nous savons seulement que l'action démarre dans un village sis à l'orée d'un bois. La comédie musicale met en scène quatre contes de fées : Cendrillon, Jack et le Haricot magique, Le Petit Chaperon rouge et Raiponce. Ces quatre contes se croisent et s'articulent avec les aventures d'un couple de boulangers.
L'histoire se déroule dans le Japon médiéval (ère Muromachi). Ashitaka, le prince de la tribu des Emishis, un peuple reclus au nord de Honshū, est frappé d'une malédiction après avoir tué Nago, un dieu sanglier devenu un démon : son bras est animé d'une force surnaturelle mais est rongé par l'entité démoniaque. La chamane du village le dit condamné à mourir et lui conseille de quitter le village afin d'aller chercher à l'ouest la cause de la colère de la nature et l'espoir de trouver la raison de sa malédiction.
Six mois après les événements d’Underworld 2 : Évolution, les humains ont découvert l'existence des vampires et des lycans et tentent de les exterminer. Selene est capturée par les humains. Elle se réveille en plein milieu d'un laboratoire appelé « Antigen » après avoir été plongée dans un coma artificiel pendant douze ans. Elle découvre que le monde qu'elle connaissait a bien changé pendant ce temps, mais garde espoir de retrouver Michael.
Zach Cooper quitte New York avec sa mère pour emménager dans la petite ville de Madison dans le Delaware, ce qui est loin de l'enchanter. Mais rapidement il fait la connaissance de sa jeune et jolie voisine, Hannah, et l'avenir apparaît plus radieux. Malheureusement le père d'Hannah, Mr Shivers, un homme très antipathique, lui interdit de s'approcher de sa fille. Jusqu'au jour où Zach entend des cris dans la maison des Shivers.
Une nuit de pleine lune, Will Randall, éditeur new-yorkais réputé, est mordu par un loup renversé par une voiture dans le Vermont. Très vite, il change et devient incontrôlable. Licencié par le magnat Alden qui confie l'édition à son protégé Stewart, puis trompé par sa femme Charlotte avec le même jeune homme, Will fait la rencontre de Laura, la fille d'Alden. Les semaines passent et Will développe des instincts de plus en plus sauvages, proches de ceux du loup qui l'a mordu. Il tente alors de reprendre sa maison d'édition de force au jeune Stewart.
En 1967, lors de la « 2e année de la Révolution culturelle », le jeune étudiant chinois Chen Zhen est envoyé pour 2 ans en Mongolie-Intérieure pour enseigner et apporter la culture à une tribu de bergers nomades. Là-bas, il capture alors un louveteau pour l’apprivoiser. Alors qu'une relation se développe entre lui et l'animal, les loups sont menacés par un officier du gouvernement qui décide par tous les moyens d’éliminer les loups de la région.
Alors que l'on célèbre le mariage de son fils William, Edward Bloom raconte, pour la énième fois, mais avec talent, comment, le jour de la naissance de Will, il a attrapé un énorme poisson en utilisant comme appât sa propre alliance. Will est embarrassé et explique à son épouse, Joséphine, qu'à cause des mensonges que raconte son père sur tous les sujets, il ne peut lui faire confiance. Par la suite, les relations entre le père et le fils deviennent si tendues qu'ils ne se parlent pas durant trois ans. Mais, quand il apprend que son père est mourant, Will vient le voir en compagnie de Joséphine, enceinte. Dans l'avion qui le mène en Alabama, Will se remémore une histoire de son père où il prétendait qu'étant enfant il s'était aventuré dans un marais et avait rencontré une sorcière qui lui avait dévoilé l'instant de sa mort dans son œil de verre.
Traquée par les siens avec Michael Corvin, Selene doit neutraliser le dernier chef des Anciens, transformé en un être hybride, qui cherche à libérer son frère, un lycan sanguinaire. Elle découvre également la vérité sur ses origines.
L'un croit aux contes et à la magie, l'autre a les pieds sur terre. Les deux frères Grimm, respectivement Jacob et Wilhelm, parcourent l'Europe à l'écoute de villageois terrorisés, jamais à court d'histoires extraordinaires. Ils leur proposent des remèdes tout aussi farfelus pour déjouer ces sortilèges, qui sont en fait des mises en scène qu'ils organisent avec l'aide de deux complices. Ces subterfuges leur permettent d'obtenir la gloire et la fortune. Leur notoriété parvient aux oreilles du général Delatombe, qui doit faire face dans sa propre circonscription à des événements étranges. Ce dernier les envoie dans le village de Marbaden escorté du maître ès tortures, Mercurio Cavaldi di Parma, pour retrouver et libérer des enfants disparus. Guidés par la sœur aînée de deux d'entre eux, la belle chasseresse Angelika Krauss, ils finissent par s'aventurer dans la forêt enchantée où ont eu lieu les disparitions, jusqu'aux ruines envahies par la forêt d'un village maudit autrefois décimé par la peste et dominé par une immense tour sans accès.
En Europe, durant la période du Paléolithique supérieur, le jeune Keda tente de retrouver sa tribu qui le croit mort après une chute lors de la chasse au bison des steppes. Durant son voyage, il va se lier avec un loup blessé, qu'il nommera plus tard Alpha.
Depuis des siècles, deux races immortelles et légendaires, les lycans (plus connu sous le nom de loup-garous), et les vampires, se livrent un conflit sans merci, à l'insu du regard des humains. Dans ce conflit ancestral qui perdure de nos jours, Selene, une guerrière vampire impitoyable appartenant aux Death Dealers, chargés d'éradiquer les lycans, cherche à venger sa famille, exterminée par ses adversaires. Lors d'une fusillade dans le métro, Selene parvient à empêcher qu'un être humain se fasse kidnapper par les lycans. De retour dans le repaire des Vampires, un château, elle découvre que la colonie de loups-garous vivant dans les bas-fonds de la Cité s'intéressait de près à un être humain nommé Michael Corvin, interne en médecine et cherche à comprendre les raisons qui poussent ses ennemis à s'intéresser à cet homme. Selene raconte les événements à ses confrères, mais Kraven, chef des vampires, ne la soutient pas et lui ordonne de laisser tomber. Ne lâchant pas prise, elle se rend dans l'appartement de Michael et tombe sur Lucian, chef des lycans supposé mort après avoir été vaincu par Kraven, qui finit par mordre Michael, avant que Selene ne parvienne à s'échapper avec Michael afin de l'emmener dans son repaire.
Clarissa « Clary » Fray, quinze ans, est une jeune adolescente qui vit à New York. Lors d'une soirée dans un club new-yorkais, le Pandemonium, elle découvre un spectacle effrayant : trois personnes habillées en noir tuent une autre personne. Quand sa mère disparaît, capturée par de ténébreuses créatures, Clary découvre le monde des Chasseurs d'Ombres et des Créatures Obscures telles que les vampires, les loups-garous et les démons. Accompagnée de Jace et d'autres Chasseurs d'Ombres de l'Institut, Clary va tenter de comprendre ce monde particulier et de sauver sa mère, découvrant au fil du temps des révélations de plus en plus surprenantes.