L'histoire se passe à Tokyo, à la fin des années 1960. Kizuki, le meilleur ami de Watanabe, s’est suicidé. Watanabe quitte alors Kobé et s’installe à Tokyo pour commencer ses études universitaires à l'université Waseda. Il réside dans un dortoir étudiant élitiste et conservateur, Wakeijuku. Alors qu’un peu partout, les étudiants se révoltent contre les institutions, la vie de Watanabe est, elle aussi, bouleversée quand il retrouve Naoko, ancienne petite amie de Kizuki. Fragile et repliée sur elle-même, Naoko n’a pas encore surmonté la mort de Kizuki. Watanabe et Naoko passent les dimanches ensemble et le soir de l’anniversaire des 20 ans de Naoko, ils font l’amour. Mais le lendemain, elle disparaît sans laisser de traces. Watanabe semble alors mettre sa vie en suspension depuis la perte inexplicable de ce premier amour. Lorsque enfin il reçoit une lettre de Naoko, il vient à peine de rencontrer Midori, belle, drôle et vive qui ne demande qu’à lui offrir son amour.
Lors d'une bataille entre Aiolos et Saga, le premier cherchant à protéger le bébé Athéna et le second à la tuer, finiront sur un point d'égalité, Athéna restant en vie. Un peu après, lors d'une expédition au Tibet, Mitsumasa Kido trouve Aiolos (en train d'agoniser) et un bébé qu'il lui présente comme la réincarnation d'Athéna. Celui-ci lui confie Athéna en lui demandant de la protéger et d'attendre ses protecteurs qui seront prêts dans 16 ans.
Naruto a pour mission de capturer Mukade, un ninja déserteur. Il poursuit ce dernier, et le coince dans les ruines historiques de « Rôran ». Le but de Mukade se révèle être une réserve illimitée de chakra souterraine, perdue au milieu des ruines et scellée autrefois par le 4e Hokage. Il absorbe le sceau et relâche la puissance de celle-ci, provoquant une lumière qui enveloppe Naruto, et l'envoie dans le passé 20 ans avant le début de la série. Quand Naruto se réveille, il fait la rencontre d'une jeune femme du nom de Sara, qui est la princesse de « Rôran ». Il affronte des marionnettes contrôlés par du chakra et se retrouve blessé mais est sauvé par Minato, qui soigne ses blessures et lui demande de quitter la cité. Plus tard, Naruto sauve Sara d'une chute mortelle, cette dernière ayant été poussée alors qu'elle saluait ses sujets.
En 1933, alors que l'État-major de la Marine impériale japonaise s'attelle à la construction du plus grand cuirassé du monde nommé le Yamato, le contre-amiral Isoroku Yamamoto, opposé à ce projet, recrute le jeune officier Tadashi Kai, prodige des mathématiques, qui s'interroge sur les différences entre les coûts prévus du projet et les dépenses réels et ne tarde pas à découvrir un complot au sein de la marine.
Alors que nos héros ont fort à faire avec une comète qui risque de détruire notre planète, Slug, un Namek démoniaque et ses comparses débarquent sur Terre. Slug veut mettre la main sur les Dragon Balls pour rajeunir. Il met Piccolo et Son Gohan au tapis avant d’être battu par Son Goku…
Cooler est sur la trace de Son Goku, dernier descendant des Saiyans. Il débarque sur Terre non pas pour venger Freezer, son frère, mais pour venger l'humiliation subi par sa famille du fait que Freezer eut été vaincu par un simple Saiyan, avec ses hommes de mains, le plus puissant d’entre eux est appelé Sauzer. Quatre hommes sont avec lui. Au fur et à mesure, Son Gohan, Krilin, Son Goku, et Piccolo qui les affrontent, furent tous presque achevés par Cooler. Son Gohan est allé à la tour Karin pour apporter des senzus à son père fortement blessé d’une brûlure au dos. Piccolo, lui, avait presque disparu de la bataille à cause de Cooler.
A young man who has inherited the irresponsible character of his father must care for his cancer-stricken mother when she moves in with him in Tokyo. Her wise and responsible nature causes him to reorganize his life.
Alors que la police lance une répression à grande échelle contre le crime organisé, elle déclenche une lutte nationale contre les yakuza entre les Sanno de l'Est et les Hanabishi de l'Ouest à laquelle va se retrouver impliqué Otomo, que tout le monde croyait mort en prison.
Une mystérieuse vague d'accidents ensanglante le Japon. Chaque nouvelle victime semble avoir reçu un message provenant de son propre portable, dans lequel elle peut entendre ou voir ses derniers instants. Alors que la psychose du "portable hanté" se répand dans tout le pays, une étudiante et le frère d'une des victimes décident de trouver la source de toutes les peurs et d'y mettre un terme…
Goemon est un ninja qui vole les riches pour distribuer l'argent aux pauvres. Alors qu'il va voler une boîte qui semble vide, Goemon va s'attirer les foudres de Hideyoshi Toyotomi et entrer dans un complot visant à la conquête du pouvoir de l'empire japonais du XVI siècle.
Au lendemain de la venue du premier Godzilla en 1954, le gouvernement japonais met en place une force spécialisée dans la destruction des monstres. Très efficace, celle-ci résiste à bien des envahisseurs, mais pas à la venue d'un autre Godzilla en 1999. Le gouvernement japonais ne s'avoue pas vaincu et décide de créer un robot, à partir de la technologie de pointe et du squelette du tout premier Godzilla, pour le combattre. Akane Yashiro est nommée pilote.
En mer de Béring, une petite île est la proie d’étranges oiseaux carnivores se nourrissant de ses habitants. Lorsque l’un de ces "Gyaos" subit une mutation physique au contact de la matière radioactive, la situation dégénère. Tokyo se retrouve alors la proie de la créature gigantesque qui cherche un nouveau territoire de chasse. Face à cette menace, le gouvernement va devoir se résoudre à s’allier avec le prédateur ancestral de l’oiseau : le Gamera. Mais une alliance est-elle vraiment possible ?
Dans tout le Japon, les enfants disparaissent tandis que des hordes de monstres s’attaquent aux populations. Ces créatures maléfiques sont manipulées par Kato, un démon en guerre contre les humains. Face à la menace, une poignée de créatures facétieuses appelées « Yokai » fait équipe avec un jeune garçon pour protéger l'humanité grâce à une épée légendaire qui a le pouvoir de le transformer en valeureux guerrier..
Un nouveau Saiyan, Thalès, qui ressemble à s’y méprendre à Son Goku, arrive sur Terre avec une bande d’extraterrestres. Ils plantent un arbre qui puise l’énergie vitale de la planète pour donner naissance à des fruits qui rendent surpuissants. Son Goku et ses alliés feront tout pour les arrêter.