Deux amis espions industriels, Fox et X, veulent finir leur carrière en apothéose. Ils engagent donc Sandii, une très jolie chanteuse d'un bar de nuit. Elle est chargée de séduire un généticien japonais, Hiroshi, pour qu'il quitte son entreprise actuelle, Maas corporation, pour entrer dans la Hosaka corporation.
Dans un futur post-apocalyptique, un groupuscule tente de renverser le maire à demi-fou de Yokohama. Alors qu'un vagabond les soutient dans leur action, un flic dur-à-cuire tente de les éliminer. Alors que le lien entre les trois épisodes de la saga n'est pas évident de prime abord, c'est dans ce dernier épisode qu'il est révélé.
En 2080, le monde est partagé et divisé entre l'espèce humaine d'un côté et les machines de l'autre (les cyborgs). Tous vivent dans une mégalopole et son ghetto.
En 2038, les ressources naturelles de la Terre sont quasiment épuisées. La lutte est âpre pour s'approprier les dernières portions minérales disponibles sur les autres planètes. Des corporations se créent. Lorsque l'une d'elles voit disparaître ses robots, elle fait appel à des prisonniers pour la défendre. Au sein de l'équipe, la tension monte.
À Berlin en 2052, le chaos règne entre immigrants et autochtones dans cette ville où l'Est affronte l'Ouest. Leo Beiler (Alexander Skarsgård), un barman muet, est enlevé alors qu'il affronte les truands de sa ville afin de retrouver une femme disparue qui est sa seule raison de vivre. Durant sa plongée dans les entrailles de la ville, deux étranges chirurgiens américains (Paul Rudd et Justin Theroux) semblent être le seul fil rouge, et Leo ne sait pas s'il peut leur faire confiance.
Dans le contexte du futur pollué de la Terre, une femme agent du FBI retire Danner, un androïde de plaisir d'un asile afin de le contraindre à l'aider à traquer le psychopathe criminel Plughead. Mais Plughead, qui s'est déjà mêlé à Danner, a ses propres plans car il oblige une femme scientifique à l'aider à fabriquer des puces à longue durée de vie qu'il a l'intention de vendre à des clients riches et puissants.
Dans un futur proche, les sociétés privées ont acquis un pouvoir immense. Luke Gibson et son épouse Ronnie, qui est enceinte, sont tous deux victimes d'un accident de voiture. Ronnie ne survit pas, mais Luke Gibson est sauvé in extremis par la société Hope Corpoation, qui lui a implanté une puce spéciale dans le cerveau. Gibson a perdu tout souvenir de son passé, mais il est victime d'hallucinations, il voit notamment apparaître des acteurs de publicités qui viennent débiter leur argumentaire commercial directement dans sa tête. Comprenant assez vite que quelque chose ne se passe pas normalement, et aidé de son entraînement militaire, Gibson commence à se rebeller contre son « bienfaiteur », la société Hope, qui décide alors de le tuer à distance à l'aide de la puce implantée. Mais cela ne fonctionne pas, des hackers interceptent la commande et parviennent à aider Gibson à survivre. Il fait vite leur connaissance : il s'agit d'un frère et une sœur, punk blue et punk red, et d'un père et son fils handicapé, Hal et Keyboard, qui se sont donné pour mission de détruire la Hope Corporation. Luke Gibson apprend alors que l'accident dont il a été victime avait été provoqué sciemment, et qu'il avait été choisi par vengeance par un ancien camarade de régiment dont il avait dénoncé les activités illégales.
Dans un futur où la plupart des humains se sont déplacés sous terre pour échapper à la pollution, l'un des rares plaisirs qui reste est une sorte de narcotique sous forme de puces qui peuvent être branchées directement dans le cerveau. Lori, une garde du corps, vole une caisse de telles puces et s'enfuit sous terre de Los Angeles avec Danner, un androïde de plaisir afin qu'ils puissent faire passer les puces en contrebande à New York. À sa poursuite se trouve Plughead, un dangereux criminel ainsi nommé en raison des nombreuses prises et ports qui ornent son cuir chevelu afin qu'il puisse tester et utiliser les puces qu'il recherche.
Alors que l'équipe des S.E.E.S doit affronter toujours et encore des Shadows, ils doivent malheureusement faire face à la mort de proches. Cela leur permettant d'être plus fort, les S.E.E.S sont plus déterminés que jamais à en finir avec la Dark Hour. C'est à ce moment là que Makoto fait la rencontre d'un élève plutôt mystérieux du nom Ryoji Mochizuki, un tout nouvel élève transféré dans sa classe.