Assassin's Creed se déroule dans un univers fictif dans lequel le monde a été créé par Ceux qui étaient là avant, des individus disposant d'une puissance technologique très avancée. À leur disparition, ils laissent sur Terre des artefacts (du nom de fragments d'Éden) permettant d'assurer le progrès de l'Humanité. Opposés par leurs idéaux, les Assassins et les Templiers ne considèrent pas de la même façon comment l'Homme doit évoluer, ainsi, les Assassins recherchent la liberté individuelle tandis que les Templiers veulent contrôler les populations et les guider.
Dans les années 1920, les parents de Katherine Coleman apprennent que leur fille possède un don pour les sciences, qu'elle doit parfaire en fréquentant une école pour Noirs (les Blancs étant dans des écoles séparées) car elle est dotée d'aptitudes intellectuelles supérieures. En 1962, devenue mathématicienne, Katherine Coleman (désormais Goble) travaille au sein d'un groupe de calculatrices humaines, sur le campus ouest du Centre de recherche Langley à Hampton, en Virginie, aux États-Unis, avec deux amies et collègues : l'aspirante ingénieure Mary Jackson et la superviseure d'équipe Dorothy Vaughan. À la suite du lancement réussi de Spoutnik 1, Al Harrison, directeur du Space Task Group, exige encore plus d'efforts de la part des employés sous sa supervision, de crainte que les Soviétiques ne mettent en orbite une bombe H pouvant exploser au-dessus du sol américain. Goble est envoyée dans son groupe pour vérifier les calculs, devenant la première Afro-Américaine à participer à ce groupe de recherche. Au début, elle est ignorée de ses collègues blancs et doit travailler à partir de données partiellement masquées (Goble n'ayant pas le niveau d'habilitation nécessaire) sous les ordres de Paul Stafford, un homme croyant en sa supériorité intellectuelle et refusant de reconnaître le travail de Katherine.
En 1951, les inspecteurs Nock et Staehl sont responsables du dossier sur le cambriolage du domicile d'Alan Turing. Étonnés autant par le fait qu'il ne semble pas y avoir eu vol que par le fait que le professeur Turing semble souhaiter qu'ils évitent d'enquêter, ils fouillent alors le passé de celui-ci.
1979, Téhéran dans l’effervescence de la révolution islamique iranienne. L'ambassade américaine est envahie par des émeutiers cautionnés par le régime de Khomeyni, les employés sont retenus prisonniers par les Gardiens de la Révolution qui tentent de s'en servir comme monnaie d'échange pour récupérer et juger le Chah réfugié aux États-Unis (cf. Crise iranienne des otages).
Karen Christence Dinesen (Meryl Streep) est une jeune aristocrate danoise qui rejoint le Kenya — à l'époque coloniale britannique — pour épouser le frère de l'amant qui n'a pas voulu d'elle. Par son mariage, elle devient la baronne Karen Blixen. Elle en vient vite à éprouver un amour profond pour l'Afrique, alors que l'Europe entre dans la Première Guerre mondiale. Elle fait pousser des caféiers dans sa ferme à l'initiative de son époux, le projet initial étant une laiterie, dans l'espoir de protéger la tribu africaine qui y vit. Délaissée par son mari volage, Karen s'éprend violemment d'un chasseur farouche, épris d'aventures, Denys Finch Hatton (Robert Redford).
Au début des années 1960, la Ford Motor Company connait des problèmes financiers. Henry Ford II met alors la pression à ses employés pour trouver des solutions. Lee Iacocca suggère alors de relancer la marque dans l'univers de la compétition automobile. Il est alors envisagé que Ford rachète Ferrari. Mais la rencontre avec Enzo Ferrari tourne au fiasco et c'est finalement Fiat qui signe l'accord. Le « Commendatore » est même très insultant envers la marque américaine et son patron, Henry Ford II. Ce dernier, piqué au vif, en fait une affaire personnelle. Ford décide alors de faire appel à Carroll Shelby, le seul américain vainqueur des 24 Heures du Mans (en 1959). Il est chargé de construire une voiture capable d'anéantir la suprématie de Ferrari pour les 24 Heures du Mans 1966. Carroll Shelby va ainsi développer la Ford GT40 Mk II avec l'aide de Ken Miles, un pilote au caractère bien trempé qui ne plait pas trop au sein de Ford.
En 2003, l'étudiant à l'université Harvard Mark Zuckerberg (Jesse Eisenberg) est largué par sa copine Erica Albright (Rooney Mara) durant une soirée. Il revient ivre à sa résidence d'étudiants et rédige un blog pour la discréditer. Cela lui donne l'idée de créer un site interactif nommé Facemash qui permettra aux utilisateurs du campus d'élire l'étudiante la plus jolie par le biais de leurs photos piratées sur les trombinoscopes des différentes résidences. Pour obtenir un classement unique de toutes les étudiantes à partir des comparaisons deux à deux de leur attractivité, il s'inspire du classement Elo, utilisé pour les joueurs d'échecs. L'idée fonctionne, le succès est immédiat et conduit au crash du réseau local du campus au milieu de la nuit.
À la fin du XII siècle, en France, une troupe de croisés vient trouver un forgeron nommé Balian dont la femme, inconsolable depuis la mort de leur enfant à la naissance, s'est récemment suicidée. Balian accueille froidement la visite du chef croisé, le baron Godefroy d'Ibelin, qui lui révèle être son père et lui propose de l'accompagner à Jérusalem, où il possède des terres. Balian refuse cette offre. Cependant, il doit répondre du meurtre d'un prêtre qu'il a tué car celui-ci avait dérobé la croix d'argent que son épouse portait au cou et ordonné sa décapitation avant son enterrement (motivée par l'infamie du suicide aux yeux de l'Église). En fuite, Balian rejoint son père, qui est ensuite blessé par les hommes de l'évêque et du seigneur du village lancés à la poursuite de Balian. Godefroy meurt quelque temps plus tard à Messine, port italien d'où partent les navires pour la Terre sainte, non sans l'avoir adoubé chevalier et convaincu de poursuivre sa route.
Dans la Nouvelle-Angleterre des années 1860, un père part pour un voyage laissant ses quatre filles et sa femme derrière lui. Elles vont faire la connaissance du jeune Laurie plein de ressources…
Dans les années 1930, John Dillinger (Johnny Depp) a trouvé sa vocation dans le braquage de banques. Le FBI fait de lui l'ennemi public numéro 1 et demande à Melvin Purvis (Christian Bale) de le traquer.
Howard Hughes est un richissime homme d'affaires, passionné par les avions et le cinéma. En 1930, il produit et réalise ainsi le film Les Anges de l'enfer dans lequel il investit des sommes colossales. Il devient rapidement une célébrité et entretient des relations tumultueuses avec les stars de cinéma de l'époque comme Katharine Hepburn et Ava Gardner. Il engage également un bras de fer avec la compagnie aérienne Pan Am, pour permettre à sa compagnie, la TWA, de pouvoir couvrir les lignes à l'international. Mais dans l'intimité, Howard Hughes souffre de multiples troubles obsessionnels compulsifs qui évoluent rapidement et le rongeront jusqu'à la fin de ses jours.
Au XIIIe siècle, Édouard Ier d'Angleterre, surnommé Longshanks (« aux longues jambes ») mais aussi The Hammer of Scots par les Anglais, occupe une bonne partie du sud de l'Écosse. Son oppression conduit à la mort du père et du frère du jeune William Wallace. Des années plus tard, après que Wallace a été élevé à l'étranger par son oncle, les Écossais continuent de vivre sous les lois cruelles d'Édouard Ier. Wallace revient dans son village natal avec l'intention de vivre comme paysan et d'éviter de s'impliquer dans les troubles qui agitent le pays. Il retrouve son amie et amour d'enfance, Murron MacClannough, à laquelle il montre le chardon, soigneusement préservé, qu'elle lui avait donné quand ils étaient enfants. Les deux jeunes gens se marient en secret afin d'éviter le décret du noctis primae (droit de la « première nuit ») que le roi a énoncé. Plus tard, quand un soldat anglais brutalise Murron et tente de la violer, Wallace vole à son secours. Il l'aide à monter à cheval pour qu'elle s'échappe pendant qu'il retient les soldats. Mais elle est finalement capturée et le shérif lui coupe la gorge en public, en proclamant : « une attaque contre les soldats du roi est pareille à une attaque contre le roi lui-même ». En représailles, Wallace, bientôt rejoint par les villageois, massacre la garnison anglaise et tranche la gorge du shérif à l'endroit même où celui-ci a tué Murron, et avec le même poignard. Ainsi débute la quête de Wallace pour l'indépendance de l'Écosse.