À la suite du passage d'une comète à proximité de la Terre, presque toute la population mondiale est décimée. Regina et sa petite sœur de 16 ans, Samantha survivent et vont trouver refuge dans le studio de la radio locale qui continue de diffuser. Elles y rencontrent Hector Gomez, un routier qui a été protégé grâce à la cabine en acier de son engin.
Pour échapper à l'anéantissement de la Terre, le Docteur Milo, Zira et Cornélius s'échappent à bord de la navette spatiale du Capitaine Taylor. Ils se retrouvent alors sur Terre... en 1973 ! Les militaires venus à leur rencontre pensent tout d'abord qu'ils sont les astronautes Taylors, Dodge et Landon, revenus de leur voyage spatial, mais découvrent vite la vérité lorsque les trois protagonistes retirent leur casque. Les militaires décident de les cacher quelque temps au public dans un zoo.
À l'aube du XXI siècle, l'Amérique vit un cauchemar. Une épidémie de peste décime la population. Profitant du désordre apocalyptique, des gangs de hors-la-loi font régner la terreur partout où ils passent.
Amérique du Nord, en 2670 après J-C, soit 600 ans environ après les événements du dernier opus. Le film commence par un orang-outang philosophe racontant l'histoire qui suit au spectateur.
Le film se déploie en trois parties de longueur à-peu-près équivalente, « le monde de la surface », « l'appât » et « le monde d'en bas », encadrées par une séquence d'introduction, celle décrite précédemment, et une séquence de conclusion cruellement ironique.
À la suite d'une exploration de grotte, des scientifiques mettent au jour de terrifiantes créatures, ressemblant à des chauves-souris, qui envahissent la Terre et tuent la population, aussi bien humaine que animale, en la repérant aux bruits qu’elle produit.
Dans le passé, une machine venue de l'Espace atterrit et transforme les humains en mutants. Un puissant guerrier est parvenu à unir les humains pour avoir le dessus sur cette machine qu'ils ont ensevelie. En 2707, quatre mégacorporations : Bauhaus, Capitol, Impérial et Mishima, s'affrontent dans une interminable guerre de tranchées, pour prendre le contrôle du peu de ressources naturelles restantes. Capitol contrôle l'Amérique et l'Ouest de l'Europe. Impérial contrôle l'Océanie et le Sud-Est de l'Afrique. Mishima possède l'Est de l'Asie. Bauhaus dirige l'Est de l'Europe, le Nord-Ouest de l'Afrique et l'Ouest de l'Asie. Sur le front européen entre Bauhaus et Capitol, au cours d'une bataille, les tirs d'artillerie tombant dans le no man's land mettent à jour la machine. Celle-ci se réactive et il en sort des humains mutants. Les mutants sont rapides, agressifs, furtifs et très difficile à mettre hors de combat. Ils attaquent les soldats qui sont rapidement vaincus. Les mutants emportent les cadavres dans la machine où ils sont transformés en mutants. Les mutants de plus en plus nombreux, semblent invincibles. Face à l'urgence de la situation, les quatre corporations unissent leurs forces en oubliant leurs conflits. Les mutants partent à la conquête de la Terre. Le frère Samuel dirige l'ordre religieux gardien du livre racontant les chroniques du passé et la prophétie. Il part rencontrer les ambassadeurs des quatre corporations pour les convaincre de lui confier une équipe des vingt meilleurs soldats, pour constituer un commando qui va s'introduire dans la machine pour la détruire. Les humains privilégiés sont évacués vers Mars, les autres sont abandonnés à une mort certaine. Les billets d'embarquement dans les vaisseaux spatiaux sont très convoités. Un marché noir de billets d'embarquement se développe. Les soldats organisant l'embarquement dans les vaisseaux spatiaux profitent de la situation pour racketter la population désespérée.
À la suite de la découverte d'un bateau abandonné naviguant, des policiers montent à bord, mais se font agresser par une créature sanguinaire qui résiste aux balles, puis plonge dans l'eau.
Dans une vallée retirée, située au cœur de Californie, la famille d'un archéologue, son épouse Martha, sa fille Alice, l'assistant du professeur dénommé Roy et amoureux d'Alice, ainsi que deux enfants dénommés Johnny et Carla, sont réunis pour un pique-nique.
Zac Hobson, un scientifique de la Delenko Corporation, se réveille un matin et découvre que toute trace de vie a disparu. Se retrouvant soudainement seul au monde, passant de la panique au bord de la folie, il finit par comprendre que cet incroyable événement serait le résultat d'une mystérieuse expérience menée au sein même de son entreprise, le projet « Flashlight ».
Face à la pénurie de carburants, une grande société américaine élabore un générateur d'énergie inépuisable à partir d'une technologie allemande qui canalise les flux de l'océan. Cette technologie altère inexorablement le mouvement de rotation de la Terre, provoquant une faille dans le continuum espace-temps qui perturbe les comportements humains. Un acteur amnésique, une ex-vedette du porno, deux frères jumeaux, un sénateur et son équipe sont notamment emportés dans une lutte entre le pouvoir politico-militaire et des groupuscules néo-marxistes de Venice Beach.
Une météorite est tombée sur terre, la vague de feu destructrice engendrée par ce phénomène a déjà rayé de la carte l'Europe ainsi que les USA. Elle est en route vers l'Australie dont les habitants n'ont plus qu'une douzaine d'heure à vivre. C'est dans cette optique que James quitte son amante pour rejoindre sa petite amie à la plus grande fête organisée pour cette fin du monde. En cours de route, James sauve Rose, une fillette qui se faisait agresser faute de policiers dans ce monde qui sombre en plein chaos. Cette enfant dont il ne sait que faire sera-t-elle son ange rédempteur ?
Une épidémie mondiale a transformé une partie de la population en zombies. La quarantaine et l'élimination progressive des infectés, ainsi que l'incendie des champs où le virus pourrait demeurer, laissent penser que le pire est passé, mais les ravages de l'épidémie sont considérables et les dangers nombreux. Un père, Wade Vogel, récupère sa fille Maggie à l'hôpital et la garde avec lui. L'adolescente, infectée, se transforme progressivement en zombie.
Rescapées d'une attaque nucléaire, huit personnes se réfugient dans un bunker et parviennent à survivre grâce à un stock de provisions. Mais des tensions se forment au sein du groupe, et deux d'entre eux finissent par se proclamer "leaders" et font main-basse sur tous les vivres disponibles...
Partant d'une uchronie où l'URSS met fin à la guerre froide par divers bombardements nucléaires sur les États-Unis, la réduisant à l'état de désert où traînent encore quelques radiations. L'Armée rouge a pris le contrôle des ruines, et les quelques survivants survivent tant bien que mal. Lost Vegas est la dernière cité encore debout et est dirigé par Elvis, dernière autorité connue et King du rock 'n' roll. Mais voilà, la radio annonce qu'après des années de règne, le King est mort. Les guitaristes survivants convergent alors tous vers Lost Vegas pour prétendre à la couronne. Buddy (sosie de Buddy Holly), adulte asocial, s'engage lui aussi dans l'aventure, armé de sa caisse creuse et de son vieux katana. Il se fait accompagner par un enfant. Mais la traversée du désert est longue et la Mort pourchasse les éventuels successeurs du King pour instaurer le règne du heavy metal. Finalement, la Mort rattrape Buddy et le tue. L'enfant tue à son tour la Mort, il revête les vêtements de Buddy et continue le chemin vers Lost Vegas.