2179. Ellen Ripley et ses compagnons rescapés (la jeune Newt, le caporal Hicks et l'androïde Bishop) dorment en biostase à bord du vaisseau spatial USS Sulaco, qui retourne vers la Terre après les évènements du deuxième épisode. Mais un facehugger présent à bord brise l'une des capsule de stase et son sang acide provoque un incendie. L’ordinateur de bord du Sulaco éjecte alors les cryotubes des quatre passagers dans une unité de sauvetage (EEV). La capsule s'écrase peu après sur Fiorina « Fury » 161, une planète-prison où se trouve une colonie minière.
Les Borgs sont des entités moitié organiques, moitié machines. Leur seul but est de conquérir et assimiler toutes les autres races dans le but de devenir des êtres parfaits.
Une entité extraterrestre apparemment hostile, et maître d'une nuée se développant sur plus de 80 unités astronomiques, se dirige tout droit vers la Terre. L'Amiral Kirk est chargé par Starfleet de reconnaître l'entité et évaluer la menace. Il reprend alors les commandes de l'USS Enterprise, qu'il avait abandonnées à la suite de sa promotion, et découvre un vaisseau entièrement remodelé. Le capitaine Will Decker, évincé de son commandement, accepte néanmoins de le seconder grâce à sa connaissance des modifications apportées au vaisseau. Sur la route d'interception de l'entité, l’Enterprise accueille Spock qui revient de sa retraite sur Vulcain. Spock a été en contact mental avec l'entité, qui se fait appeler V'Ger.
En 2058, l'Humanité, proche de sa fin par manque de ressources, s'est réunie au sein de la Force Spatiale Globale Unie afin de lancer la colonisation spatiale. La famille Robinson, famille d'éminents scientifiques, est envoyée dans l'espace à bord du vaisseau Jupiter 2 pour procéder à la construction d'une porte hyperspatiale à proximité de la planète Alpha Prime afin de lancer la colonisation de celle-ci et sauver l'humanité. Mais le Dr Smith — agent du groupe insurrectionnel terroriste "Sédition Globale", qui veut faire échouer le projet — a réussi à pénétrer dans le vaisseau avant son départ et à saboter le robot responsable de la sécurité de la famille. Ce sabotage conduit le vaisseau à s'écarter de sa trajectoire et à foncer droit sur le Soleil. En ultime recours, l'équipage provoque un saut non contrôlé en hyperespace et se retrouve dans un espace et un temps inconnus, le saut ayant propulsé Jupiter 2 dans le futur et dans un système stellaire totalement inconnu et extrêmement dangereux.
En 2285, au cours de leur mission de sauvetage sur Genesis, l’Enterprise a été détruit. C'est donc aux commandes d'un oiseau de proie Klingon volé que Kirk, Spock, McCoy, Sulu, Uhura, Chekov, Scotty et Saavik sont revenus sur Vulcain.
Suite aux événements d'Alien vs. Predator, un vaisseau spatial Predator gravite autour de la Terre. Il transporte la dépouille du Predator Scar mort au combat, de nombreux tubes en verre contenant chacun un Facehugger et un équipage de trois Predators. Un Chestburster hybride, le Predalien jaillit du thorax du Predator mort. Ayant atteint sa taille adulte, le Predalien tue deux des Predators. Témoin de la mort du deuxième Predator, le troisième tire avec son canon d'épaule sur le Predalien. Il rate sa cible et endommage le vaisseau qui tombe immédiatement vers la Terre. Buddy Benson et son fils Sam (Liam James) qui chassent dans une forêt, assistent à l'écrasement du vaisseau à proximité, se rendent sur place et observent l'épave. Buddy décide rapidement de partir prévenir le shérif. Le dernier Predator, blessé, constate que plusieurs Facehuggers se sont échappés et sont en train de sortir du vaisseau. Il commence à activer sa bombe individuelle d'autodestruction sur sa manchette, mais le Predalien l'achève avant qu'il l'enclenche. Les bruits provenant du vaisseau font peur à Buddy et ils s'éloignent en courant. Sam trébuche et tombe, les Facehuggers les rattrapent, Buddy en abat un. Son bras gauche est éclaboussé par du sang acide du Facehugger, son avant-bras se détache. Un Facehugger s'agrippe au visage de Buddy, puis un autre à celui de Sam. Sur une planète lointaine, le Predator Wolf (Ian Whyte) reçoit le signal de détresse du vaisseau. Il consulte les enregistrements du « journal de bord ». Voyant la créature qui a tué ses congénères, il prend son équipement et décolle immédiatement pour se rendre sur place.
Francis « Frank » D. Corvin, William « Hawk » Hawkins, Jerry O’Neill et Tank Sullivan furent les membres du projet Daedalus, le programme de test de l'U.S. Air Force pour l'exploration spatiale. Leurs espoirs de voyages dans l'espace se sont écroulés en 1958 avec la création de la NASA où l'équipe Daedalus est remplacée par un petit chimpanzé. Aujourd'hui retraités, ils négocient leur retour lorsque le satellite de communication russe Ikon, dans lequel se trouve un module de commande conçu par Frank Corvin, modifie sa trajectoire et menace de s'écraser sur la Terre...
Sur Terre, dans un futur proche, l’ingénieur et astronaute de la NASA Roy McBride s'occupe de la maintenance d'une antenne de 30 km de hauteur. Celle-ci est détruite lors d’une surcharge électrique venue de Neptune, qui cause des ravages également sur Terre.
Dans un futur lointain, les pays de la Terre se sont regroupés au sein de la Fédération, un gouvernement mondial. Cette Fédération se lance alors dans la conquête de l’espace. Les terriens colonisent des planètes et explorent de nouveaux systèmes planétaires. Ils entrent également en relation avec des civilisations extraterrestres. Petit à petit, ils se trouvent menacés par l’une d'entre elles, la belliqueuse civilisation des Arachnides. En effet cette race d’insectes géants lance des attaques ponctuelles depuis son système de Klendathu.
En 2293, les officiers de Starfleet à la retraite James T. Kirk, Montgomery Scott et Pavel Chekov sont invités à l'inauguration du nouveau vaisseau : l’Enterprise NCC-1701-B. Lors de la parade le navire reçoit un appel de détresse de deux vaisseaux transportant des réfugiés El-Aurian, dont la planète vient d'être ravagée par les Borgs, pris au piège dans le Nexus, un ruban énergétique mystérieux. L'opération de sauvetage tourne mal : seulement 47 personnes sauvées. Parmi elles un scientifique El-Aurian, Tolian Soran. Si l'Enterprise B est sauvée, le capitaine Kirk est porté disparu et considéré comme mort au combat.
À la suite des événements précédents, Riddick a dû s'exiler pendant cinq ans sur la planète gelée UV-6, pour protéger ses amis Imam et Jack (les survivants de la planète M6-117). Mais un chasseur de primes, nommé Toombs, retrouve sa trace sur UV-6, et essaye de le capturer contre une importante récompense promise par Imam. Cette tentative échoue et Riddick parvient à s'emparer du vaisseau de Toombs qu'il utilise pour s'enfuir vers Helion Prime, là où habite Imam. Ces derniers temps, Riddick est hanté par les visions d'un personnage nommé Shira, lui expliquant qu'il est le dernier représentant d'une race de guerriers connus sous le nom de Furiens.
Le capitaine Jean-Luc Picard et son équipage doivent commettre l'irréparable pour protéger le secret de la jeunesse éternelle d'un peuple extraterrestre, les Ba'ku contre une autre race extraterrestre et contre la Fédération elle-même.
Durant le voyage-retour du cargo spatial Nostromo après une mission commerciale de routine, l'équipage, cinq hommes et deux femmes plongés en hibernation depuis dix mois sont tirés de leur léthargie plus tôt que prévu par l'ordinateur de bord du vaisseau. Ce dernier a en effet capté des signaux sonores dans l'espace et, du fait d'une clause attenante à leur contrat de navigation, l'équipage du vaisseau est tenu de vérifier tout indice de vie extraterrestre.
En un quart d'heure, la vie du Britannique Arthur Dent (nommé Arthur Accroc dans la traduction française du livre) est bouleversée : sa maison va être détruite pour être remplacée par un échangeur routier, et la Terre va également être détruite par les Vogons pour créer une voie express hyperspatiale. Il est sauvé par son ami Ford Prefect (en français Ford Escort), un extraterrestre auto-stoppeur.
Six membres de l'équipage de la Station spatiale internationale (ISS) réceptionnent une sonde revenant de Mars et contenant un échantillon de sol, qui pourrait contenir des signes de vie extraterrestre. L’exobiologiste Hugh Derry relance une cellule dormante de l'échantillon, et il se développe rapidement en un organisme multi-cellulaire. La mission est suivie sur Terre par la population. Un concours est même lancé pour donner un nom à l'organisme. Des écoliers américains le nomment Calvin.