Jaffa, leader d'une des organisations extrémistes les plus dangereuses au monde, est arrêté lors du mariage de sa fille. Son adjoint, Nadji Hassan, exige sa libération en échange des passagers d'un Boeing 747 (Vol 343) qu'il a pris en otages. L'avion transporte également un lot de gaz toxique qu'il menace de répandre sur Washington. Le Colonel Austin Travis et son équipe et le Dr David Grant des Services de renseignements pour l'Armée américaine proposent alors d'aborder le vol 343 au moyen d'un avion furtif expérimental d'un ingénieur en aéronautique et d'y introduire un commando d'élite chargé de neutraliser les terroristes et de récupérer les explosifs.
Après la défaite française au Vietnam, les États-Unis se préparent à intervenir. Le lieutenant-colonel Hal Moore secondé du sergent-major Plumley reçoit de nouveaux officiers qu'il forme et entraîne, il explique quelle va être la tactique employée au Vietnam : la rotation d'hélicoptères. Moore va commander le 7e de cavalerie, le légendaire régiment de Custer durant les guerres indiennes. Une fois au Vietnam, Moore se rend compte que les enseignements de la guerre d’Indochine n'ont pas été pris en compte notamment par le manque de renseignement et la méconnaissance du terrain. En novembre 1965, durant la bataille de la Drang (premier affrontement significatif de la guerre du Viêt Nam entre les forces américaines et nord-vietnamiennes), le 7e de cavalerie combat avec 400 hommes dans une clairière, encerclée par plus de 4 000 soldats ennemis. 1 800 soldats vietnamiens mourront de bombardements, de mitraillages et de lance-flammes. Moore en réchappera mais ne se pardonnera jamais de rentrer tandis que nombre de ses hommes sont morts, dont le jeune lieutenant Jack Geoghegan.
La Terre subit une invasion extraterrestre. les humains nomment les extraterrestres « les Autres ». Le plan d'invasion des Autres pour s'approprier la Terre se déroule en plusieurs étapes. Les « Vagues » correspondent aux différentes étapes. La première vague est une impulsion électromagnétique qui détruit toute source électrique et les composants électroniques. Cassie Sullivan, est une américaine de 17 ans. Elle a un frère Sammy plus jeune. La deuxième vague est un gigantesque tremblement de terre provoquant des tsunamis et des tempêtes détruisant les infrastructures et les villes. La troisième vague est une épidémie mondiale dérivée de la grippe aviaire. La mère de Cassie, infirmière, tente de secourir les malades infectés. Elle est contaminée et meurt. Après avoir enterré sa femme, le père de Cassie décide de quitter leur maison pour aller se réfugier dans un camp de survivants dans la forêt. Le père de Cassie lui donne un pistolet pour qu'elle puisse se défendre. Un détachement de l'armée arrive au camp. Le colonel annonce que la quatrième vague de l'invasion des Autres pour exterminer les humains survivants a débuté. Les soldats vont emporter les enfants dans des bus vers une base militaire pour les mettre en sécurité, puis reviendront chercher les adultes. Dans le bus, Sammy s'aperçoit qu'il a oublié son ours en peluche. Cassie descend du bus, retourne en courant dans la tente, récupère le nounours de Sammy sur son lit et retourne vers le bus. Le bus démarre. Cassie court après le bus en vain. Le colonel fait réunir les adultes dans une salle et leur explique que les Autres ont pris possession de certains humains.
Le film commence par le raid de Doolittle sur Tokyo, mentionne brièvement la bataille de la mer de Corail, puis raconte la bataille de Midway qui décida du sort de la guerre dans le Pacifique. Jusque-là, la marine japonaise était invaincue et surclassait l’US Navy.
Le film évoque la bataille de Guadalcanal dans le Pacifique en 1942, qui opposa les Américains aux Japonais lors de la Seconde Guerre mondiale. Dans un paysage paradisiaque, les soldats vont se livrer une bataille sanglante où tous perdront une partie d'eux-mêmes. « Les monologues intérieurs des personnages finissent par se confondre, pour ne former qu'une seule voix. Une seule âme aux milliers de visages. Et les deviner tous si fragiles, si démunis, si éphémères aussi, procure, à chaque fois le même bouleversement. ».
Été 1990, Anthony Swofford, fils et petit-fils de militaires, est envoyé dans le désert saoudien alors qu'il vient de fêter ses 20 ans. Alors que la guerre du Golfe vient d'éclater, son bataillon de Marines est l'un des premiers à se déployer dans cet immense désert.
Le 1er maître Randall est une légende du sauvetage en mer, le nageur-sauveteur le plus décoré de l'United States Coast Guard, les garde-côtes américains. À la suite d'un accident en haute mer dans lequel presque toute son équipe trouve la mort, il est envoyé en Floride pour former les futurs nageurs des Coast Guards. On suivra donc la formation et la sélection impitoyable des futurs nageurs sauveteurs… Parmi les nouvelles recrues, Jack Fischer, un jeune champion de natation aussi doué que frimeur et inconscient. Randall voit en lui un potentiel énorme et va tenter de lui montrer ce qu'est vraiment le métier de sauveteur en mer.
Le 13 décembre 1941, une jeune femme (Susan Backlinie), qui fait partie d'un club de nageurs par tous les temps, va se baigner toute nue le matin de bonne heure. Elle se retrouve accrochée au périscope d'un sous-marin japonais, venu pour détruire un objectif, qui fait surface. Quand l'équipage l'aperçoit toute nue, il comprend qu'il est arrivé à destination : Hollywood, et il plonge tandis que la jeune femme regagne le bord. Le sous-marin héberge aussi en tant qu'observateur un commandant nazi également très exigeant sur les actions à mener.
Au début du conflit en Irak, en 2003, le chief Roy Miller de l'US Army est chargé avec son équipe de retrouver des armes de destruction massive (ADM) censées se trouver dans le pays. Mais, ballotté de site en site, il ne retrouve aucune trace de ces armes et commence à se poser des questions sur la fiabilité des renseignements de la source de l'armée. Il en fait part à sa hiérarchie qui le rappelle à l'ordre.
Pendant la guerre de Bosnie (1992-1995), deux pilotes de F/A-18 Hornet de l'United States Navy, envoyés en mission de reconnaissance de l'OTAN au-dessus de l'ex-Yougoslavie, prennent l'initiative de survoler la zone d'exclusion et sont abattus. L'un d'eux survit, mais découvre un charnier.
Dans un Nigéria plongé en pleine guerre civile à la suite de l'assassinat de son président, l'armée américaine doit évacuer des civils étrangers parmi lesquels la docteure Lena Kendricks qui dirige une équipe médicale humanitaire s'y retrouve avec deux nonnes et un prêtre.
L'histoire vraie de Carl Brashear, premier Afro-Américain à avoir intégré la Navy en tant que plongeur-scaphandrier. Au lendemain de la Seconde Guerre mondiale, et bien que la marine américaine ait officiellement mis fin à la ségrégation raciale en son sein, sa couleur de peau le fait se heurter à des obstacles qu'il combat sans relâche.
Le film retrace l'épopée des Indiens Navajos recrutés par l'armée américaine durant la Seconde Guerre mondiale et affectés aux postes d'opérateurs radio. L'utilisation de leur langue rare sécurisait les communications, les Japonais étant dans l'incapacité de traduire les messages qu'ils interceptaient. Pour leur protection, ou plutôt celle du code, ils sont chacun affublés d'un ange gardien (Nicolas Cage et Christian Slater). Ces anges gardiens doivent absolument protéger la vie de ces Navajos. Mais s'il existe un quelconque risque que leur Navajo tombe entre les mains des Japonais, alors l'ange gardien doit se transformer en ange exterminateur : il faut protéger le code à tout prix.
Trois pilotes d'essai d'avions de combat (les meilleurs) volant sur F/A-37 Talon, des jets ultra-modernes à propulsion à détonation pulsée, sont promus sur un porte-avions de l'US Navy pour tester un nouvel équipier. Ce nouveau partenaire s'avère être un drone : le E.D.I. Il est doté d'une intelligence artificielle basée sur un ordinateur quantique. Lors d'une mission de bombardement, il est touché par la foudre et échappe à leur contrôle. Il devient alors très dangereux.