L’Avalon, un vaisseau spatial de la compagnie Homestead, se dirige vers la planète Homestead II. À son bord se trouvent 5000 passagers dont 258 membres d’équipage dont le but est de fonder une colonie spatiale, alors que la Terre est surpeuplée. Le voyage doit durer 120 ans et tous les voyageurs sont placés en biostase dans des capsules individuelles. Mais après 30 ans, l'Avalon traverse un champ d'astéroïdes dont l'un d'eux trop gros pour le bouclier du vaisseau créé plusieurs avaries, qui se propagent à l'une des capsules d'hibernation et déclenchent le processus de réveil de son occupant, Jim Preston, un mécatronicien.
La planète Mars, qui se nomme en réalité Barsoom, est loin d'être dépourvue de vie. Cependant, les affrontements entre les différents peuples qui y vivent la mènent progressivement au déclin. Les martiens rouges, d'apparence très proche des humains, sont divisés en nations rivales. Parmi elles, la cité guerrière itinérante de Zodanga ravage les autres nations les unes après les autres. Seule la cité d'Helium lui résiste encore. Un jour, le vaisseau volant de Sab Than, roi de Zodanga, se perd dans une tempête de sable où il est pris en chasse par deux vaisseaux héliumites, mais sauvé in extremis par trois mystérieux moines dotés de pouvoirs surnaturels, qui se présentent comme des Therns, au service de la déesse Issus. Les Therns offrent à Sab Than le contrôle du Neuvième rayon, une technologie aux pouvoirs colossaux. Zodanga peut alors reprendre le dessus dans le conflit en cours.
Lilo est une petite Hawaiienne orpheline de six ans au caractère bien trempé qui est élevée tant bien que mal par sa sœur ainée. Un jour, malgré les réticences de sa grande sœur, elle adopte dans un refuge un étrange animal, vorace et indomptable : Stitch, qui s'avère être un fugitif extraterrestre. Une relation d'amitié va naître entre ces deux êtres mais malheureusement les choses vont se compliquer : un groupe d'extraterrestres chargé de capturer Stitch pour le renvoyer en prison débarque sur Terre...
L'histoire débute un jour de 1914, dans un temple d’Égypte. Un archéologue italien décrit à son assistant anglophone sa compréhension d'une fresque gravée sur un mur du bâtiment : il s'agirait d'une sorte de plan de bataille. D'un côté se trouve l'ennemi absolu, le Mal, dont la venue est permise par un alignement de planètes qui a lieu tous les 5000 ans. Il y a de l'autre côté quatre éléments qui entourent un cinquième mis à part, de forme humanoïde. La représentation d'une arme absolue permettant de combattre le Mal est gravée de part et d'autre des antagonistes.
Dans le futur, Mars est colonisée et exploitée pour le turbinium enfoui dans son sous-sol. La planète est tyranniquement administrée par Vilos Cohaagen, qui contrôle les mines et l'approvisionnement en oxygène.
En 1975, Jean Grey provoque un accident de voiture qui tue sa mère et blesse son père. Terrorisée et orpheline, la fillette est recueillie par le Professeur Xavier, qui lui présente son Institut.
1 000 ans auparavant, la dégradation environnementale extrême de la Terre par les humains les a poussés au départ vers la planète Nova Prime. Cependant, sur cette dernière, des créatures créées génétiquement, les Ursas, tuent les êtres humains.
Durant la préparation de la mission Prometheus, Peter Weyland ordonne à un androïde de prendre part à la mission. Weyland se présente comme le « créateur » de l'être synthétique et lui explique que cette mission a pour but de connaitre les créateurs des humains. Weyland demande ensuite à l’androïde de se choisir lui-même un prénom. Après avoir contemplé la célébrissime statue de Michel-Ange, il choisit alors « David ».
Dans les années 1920, les parents de Katherine Coleman apprennent que leur fille possède un don pour les sciences, qu'elle doit parfaire en fréquentant une école pour Noirs (les Blancs étant dans des écoles séparées) car elle est dotée d'aptitudes intellectuelles supérieures. En 1962, devenue mathématicienne, Katherine Coleman (désormais Goble) travaille au sein d'un groupe de calculatrices humaines, sur le campus ouest du Centre de recherche Langley à Hampton, en Virginie, aux États-Unis, avec deux amies et collègues : l'aspirante ingénieure Mary Jackson et la superviseure d'équipe Dorothy Vaughan. À la suite du lancement réussi de Spoutnik 1, Al Harrison, directeur du Space Task Group, exige encore plus d'efforts de la part des employés sous sa supervision, de crainte que les Soviétiques ne mettent en orbite une bombe H pouvant exploser au-dessus du sol américain. Goble est envoyée dans son groupe pour vérifier les calculs, devenant la première Afro-Américaine à participer à ce groupe de recherche. Au début, elle est ignorée de ses collègues blancs et doit travailler à partir de données partiellement masquées (Goble n'ayant pas le niveau d'habilitation nécessaire) sous les ordres de Paul Stafford, un homme croyant en sa supériorité intellectuelle et refusant de reconnaître le travail de Katherine.
En 2019, une succession de catastrophes naturelles laisse la planète endeuillée. Une vingtaine de pays parmi les plus riches et les plus avancés technologiquement décident de s'unir en construisant un dispositif satellitaire visant à réguler le climat. Celui-ci est baptisé Dutch Boy (Le doigt de gamin, en français), et les États-Unis en assurent le commandement. Son contrôle opérationnel a lieu via la station spatiale internationale, considérablement agrandie et dotée d'effectifs humains importants, permettant de juguler canicules et autres tempêtes. L'Humanité est ainsi protégée. Mais, à la veille du transfert du commandement à la communauté internationale, un village complètement gelé est découvert en plein milieu de l'Afghanistan, puis une explosion de gaz frappe Hong Kong après une brusque élévation des températures. Ceci laisse penser à une utilisation détournée du dispositif, ainsi transformé en une arme qui, si elle n'est pas stoppée, pourrait provoquer une tempête d'envergure mondiale : une géotempête.
L'agent secret britannique James Bond enquête sur la disparition d'une navette spatiale américaine, « Moonraker », confiée au gouvernement britannique. 007 se rend aux États-Unis pour interroger le responsable de la construction de la navette, Sir Hugo Drax. Guidé par la pilote de Drax, Corinne Dufour, Bond rencontre ce dernier, qui semble collaborer afin de retrouver la navette, mais une fois Bond parti, il ordonne à Chang, son complice, de tuer Bond.
Le docteur Daniel Jackson est rejeté par la communauté des autres égyptologues en raison de ses théories controversées sur la fonction des pyramides d'Égypte qui seraient des lieux d'atterrissage de vaisseaux spatiaux. Cependant, à la sortie d'une conférence, il est recruté par Catherine Langford pour travailler sur un projet secret de l’armée américaine.
Le général Zod et ses sbires, Ursa et Non, tentent de voler un puissant cristal sur Krypton. Ayant échoué dans leur tentative, ils sont jugés par Jor-El qui les condamne à être emprisonnés dans la Zone Fantôme.
L'action se déroule en 1985 dans une Amérique alternative, dans laquelle des héros costumés ont modifié l'histoire. Une première équipe de super-héros, les Minutemen, s'est constituée à la fin des années 1930 et une deuxième équipe, les Watchmen, s'est formée quelques décennies plus tard. Les États-Unis ont gagné la guerre du Viêt Nam grâce au docteur Manhattan et Richard Nixon en est à son cinquième mandat présidentiel, mais les héros costumés ont été déclarés illégaux par le Congrès. Ils ont tous pris leur retraite sauf deux : le brutal et cynique Comédien, qui travaille à présent pour le gouvernement, et le paranoïaque et incontrôlable Rorschach qui est recherché par la police. Le monde se dirige quant à lui vers une guerre nucléaire entre les États-Unis et l'Union soviétique.